一、基因组所介绍
中国农业科学院深圳农业基因组研究所（简称“基因组所”）成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，开展科研自主权改革试点工作，被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”，建立了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了1000多人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”、“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。2019年以来连续三年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，多项成果入选“十三五”、 “农业科技十大标志性成果”、“中国生命科学十大进展”、“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金奖”、“周光召基础科学奖”、“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”、“深圳市市长奖”等奖励。
二、周永锋课题组简介
周永锋，研究员，博士生导师，国家海外优青，中国农科院青年英才，深圳市海外高层次人才。主要利用多组学大数据整合分析、群体遗传学和数量遗传学、机器学习和深度学习算法等，解析重要农艺性状相关的有益变异、有害变异与结构变异的群体遗传动态特征，在葡萄中实践全基因组人工智能设计育种。主持国家自然科学基金海外优青项目和面上项目等。迄今已在国际学术期刊发表论文50余篇，近五年以第一作者或通讯作者在Nature Plants、PNAS、MBE 等杂志发表SCI论文20余篇，担任PNAS、Nature Plants、Nature Communications、MBE、PLOS Genetics 等期刊审稿人，欧盟科学研究基金(ERC)评委，Horticulture Research 副主编，Journal of Integrative Agriculture、《果树学报》 等期刊编委成员，SMBE、GSA、ISHS、ESEB等学会会员。
团队研究方向
我国农业未来将面临重大挑战，一方面，人口急剧增长而耕地面积逐年减少，另一方面，全球正在以惊人的速度变暖。种质创新是推动我国农业发展的核心动力，而全基因组设计育种是实现种质创新的重要手段。本课题组通过结合多组学大数据、群体遗传学、数量遗传学以及气候环境等大数据，应用机器学习与人工智能算法，检测关键农艺性状相关的适应性变异、有害变异与结构变异。更进一步，实践葡萄全基因组人工智能设计育种。围绕作物群体遗传学与葡萄智能设计育种，主要开展以下工作：
（1）葡萄等作物的群体遗传学和数量遗传学；
（2）葡萄及其野生近缘种的种质资源收集、保存、评价与创新；
（3）解析葡萄重要农艺性状的遗传基础与调控网络；
（4）机器学习与葡萄全基因组设计育种。
研究进展
课题组拟通过利用群体基因组学、数量遗传学，以及多组学整合分析等方法，实现筛选重要农艺性状、指导未来育种的目的。针对上述问题，我们开展了一系列的研究：
（1）基于群体遗传学研究，揭示了葡萄、水稻等作物的“驯化成本”，首次阐释了有害变异和结构变异在葡萄中的进化选择作用；
（2）全球范围内收集并评价了葡萄栽培和野生种质资源10,000多份，创建葡萄种质资源圃，应用群体遗传学研究葡萄驯化、气候适应性以及濒危种群的保护；
（3）利用多组学整合的手段，阐释了葡萄重要农艺性状的相关机理，如果实性别决定、种子败育、果实大小、果皮颜色、糖酸以及可溶性固形物含量、风味物质形成，以及抗虫抗病调控；
（4）构建了首个葡萄完整参考基因组（PN_T2T）；应用机器学习和群体遗传学方法，挖掘了葡萄基因组中的有害变异和结构变异，初步建立了基于机器学习的葡萄多性状全基因组选择平台。
代表性论著
1. Xiao H, Liu ZJ, Wang N, Long QM, Cao S, Huang GZ, Liu WW, Peng YL, Riaz S, Walker AM, Gaut BS*, Zhou YF* 2023. Adaptive and maladaptive introgression in grapevine domestication. PNAS10.1073/pnas.2222041120.
2. Wang N, Cao S, Liu Z, Xiao H, Hu J, Xu X, Chen P, Ma Z, Ye J, Chai L, et al. Zhou YF* & Deng XX* 2023. Genomic conservation of crop wild relatives: A case study of citrus. PLoS Genetics19:e1010811.
3. Shi X, Cao S, Wang X, Huang S, Wang Y, Liu Z, Liu W, Leng X, Peng Y, Wang N, et al. & Zhou YF* 2023.The complete reference genome for grapevine (Vitis vinifera L.) genetics and breeding. Horticulture Research (Cover). uhad061.
4. Kou Y, Liao Y, Toivainen T, Lv Y, Tian X, Emerson JJ, Gaut BS*, Zhou YF*. 2020. Evolutionary genomics of structural variation in Asian rice (Oryza sativa) domestication. Molecular Biology and Evolution 37:3507–3524.
5. Zhou YF*, Gaut BS*. 2020. Large chromosomal variants drive adaptation in sunflowers. Nature Plants 6:734–735.
6. Zhou YF, Minio A, Solares E, Lyu Y, Cantu D#& Gaut BS# (2019) Population genetics of structural variation in grapevine domestication. Nature Plants 5, 965–979.
7. Gaut BS, Seymour D, Liu QP, & Zhou YF# (2018) Demography and its effects on genomic variation in crop domestication. Nature Plants 4: 512–520.
8. Zhou YF, Massonnet M, Sanjak J, Cantu D, & Gaut BS# (2017) Evolutionary genomics of grape (Vitis vinifera ssp. vinifera) domestication. PNAS 114: 11715–11720.
9. Zhou YF, Zhang LR, Liu JQ, Wu GL, Savolainen O* (2014) Climatic adaptation and ecological divergence between two closely related pines species in Southeast China. Molecular Ecology 23: 3504–3522.
10. Zhou YF (2014) Demographic history and climatic adaptation in ecological divergence between two closely related parapatric pine species. Acta Universitatis Ouluensis. A, Scientiae rerum naturalium, ISSN: 0355–3191.
11. Zhou YF, Abbott RJ, Jiang ZY, Du, FK, Milne RI, Liu JQ (2010) Gene flow and species delimitation: a case study of two pine species with overlapping distributions in southeast China. Evolution 64: 2342–2352.
团队承担项目
国家自然科学基金，优秀青年科学基金项目（海外），群体基因组学和果树育种，2022~2024，300万，在研，主持；
国家自然科学基金，面上项目，酿酒葡萄体细胞结构变异的群体基因组学及其育种意义，32372662，2024~2027，50万，在研，主持；
国家自然科学基金，青年科学基金项目，刺葡萄复合群的系统发育基因组学与适应性渐渗，32300191，2024~2026，30万，在研，主持；
国家自然科学基金，青年科学基金，利用多元统计方法去除微生物宏基因组数据批次间的差异，32200077，2022~2025，30万，在研，主持；
深圳基础研究院项目，葡萄人工智能设计育种团队，2021~2025，600万，在研，主持。
三、招聘岗位
招聘岗位：博士后3~5名
在遗传学、数量遗传学、群体遗传学，植物学、作物学、园艺学，统计学、计算生物学等相关研究方向，拟招聘博士后3~5名。将从事分子生物学实验和生物信息学分析，联合分析基因组和表观组等多组学数据，为深入解析关键农艺性状的遗传基础提供理论依据并开发相关分析方法，并开展葡萄育种研究。
应聘条件：
1. 热爱科研，有理想，并乐于为理想而脚踏实地的奋斗；
2. 具有良好的中英文阅读及写作能力。能独立撰写英文论文，能熟练掌握相关领域国际前沿的研究动态；
3. 具有良好的中英文口头和书面沟通技巧，以及参与和组织团队工作所必需的技能；
4. 具备管理和督促完成研究项目的能力，并能够根据研究进展发起与设计新的研究项目；
5. 已获得或即将获得遗传学、生物信息学、数量遗传学、植物学、作物遗传育种、统计学等相关专业的博士学位；如有强烈兴趣，其它学科的博士也可联系。
博士后待遇：
1. 普通博后待遇超过全国90%以上副研；优秀博后(Top 50%)优于全国90%以上正研。
博士后：基因组所标准博后待遇+深圳市博士后补贴
符合新区及研究所正常入站博士后条件，都能够参评新区D类人才补贴36万（每月1万元奖励，任期3年）。符合条件有多篇高水平文章或承担基金的优秀博士后或相当于副研究员岗位人员，可参评新区C类人才补贴60万类（每月1万，支持5年，条件参考获国自然青年及以上项目）
食堂补贴：每月饭卡补贴600元
项目绩效：博士后独立主持国自然青年、博后基金等项目，课题组配套一定比例作为绩效工资
文章成果奖励：国内一流奖励水平
企业联合博后：与武汉希望组联合招聘博后专攻三代测序建库和数据分析方向，将额外享受企业人才补贴
海外博后计划：世界排名前200大学、前100或前50的海外博士入站，还有不同额度的补贴
具体金额可根据入选者背景、潜力面谈，一事一议。
2. 附深圳博后政策：
按照深圳市、大鹏新区相关规定，博士后在站期间享受在站博士后生活补贴，具体金额以政府最新规定为准。
按照研究所的相关规定提供博士后的工资、五险一金和绩效待遇。
符合条件的，可申请"博士后创新人才支持计划"、"博士后国际交流计划派出项目、引进项目"、广东省海外博士后人才支持项目、中国农业科学院博士后"优农计划"，在站期间可申报"中国农业科学院优秀博士后"评审，入选者给予奖金奖励。
博士后人员进站后，可选择落户深圳市，其配偶及未成年子女可办理随迁入户。
符合条件的博士后可申请评定专业技术资格。
深圳市对出站博士后留深工作、签订3年劳动合同的，给予30万元资助，用于科研投入或创业前期费用。
提供良好的工作环境和充足的研究经费，配备研究需要的设备和仪器，科研方向给予较高自由度。
四、申请方式
申请者请将个人简历（包含教育经历、研究经历、论文发表）、代表作和研究意向以电子邮件形式发送至：zhouyongfeng@caas.cn；
邮件主题和材料压缩文件请注明“姓名+博士后申请”；
团队会仔细分析并保密所有申请资料，并在收到申请的一个月内与初审合格者电话或E-mail联系，安排面试；
资格审查未通过者，不再另行告知。
转自：“园艺研究”微信公众号
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