生物学
Biology
Cysteine carboxyethylation generates neoantigens to induce HLA-restricted autoimmunity
半胱氨酸羧乙基化产生新抗原以诱导HLA限制性自身免疫
（导读Brenda）强直性脊柱炎（AS）等自身免疫性疾病可能是由破坏免疫耐受的新抗原引起的。本研究通过使用质谱法，鉴定了一组被羧乙基化差异修饰的半胱氨酸残基，并通过被溶酶体降解产生羧乙基化肽，被进一步呈递来诱导自身抗体的产生。代谢产物诱导的半胱氨酸羧乙基化可以产生致病性新抗原，导致自身免疫性疾病中自身反应性CD4+T细胞反应和自身抗体的产生。[论文详细信息]
Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases
BIRC6-客户蛋白复合物结构阐释SMAC介导的半胱天冬酶释放机制
（导读 领研网）细胞凋亡的严格调控对于动物发育和疾病预防至关重要，而半胱天冬酶激活是细胞凋亡的核心，其中细胞凋亡蛋白抑制因子（IAPs）发挥关键作用。本研究揭示了人源全长IAP重复包含蛋白6（BIRC6）与SMAC、半胱天冬酶和HTRA2结合的冷冻电镜结构，从分子层面理解BIRC6-介导的半胱天冬酶抑制与释放机制。 [相关报道：Science三篇齐发｜揭开BIRC6/SMAC复合体调节自噬与凋亡的结构基础]
Structural basis for regulation of apoptosis and autophagy by the BIRC6/SMAC complex
BIRC6/SMAC复合物调节细胞凋亡和自噬的结构基础
（导读 领研网）本研究将BIRC6与Casp-9，HTRA2，SMAC和LC3B结合，分别展开结构-功能分析，冷冻电镜结构解析结果表明BIRC6形成马蹄状的二聚体结构，包含客户蛋白质的受体位点，多价结合SMAC可阻挡客户蛋白结合，影响自噬和细胞凋亡底物的泛素化。基于所有数据，研究人员阐释了BIRC6/SMAC复合物可作为应激诱导核心，调控细胞调防和自噬驱动因子。[相关报道：Science三篇齐发｜揭开BIRC6/SMAC复合体调节自噬与凋亡的结构基础]
Structural basis for SMAC-mediated antagonism of caspase inhibition by the giant ubiquitin ligase BIRC6
巨型泛素连接酶BIRC6通过SMAC介导对半胱天冬酶发挥抑制作用的结构基础
（导读 领研网）本研究表明BIRC6直接限制半胱天冬酶（Casp）-3和Casp-7，通过非经典E1，UBA6泛素化Casp-3，Casp-7和Casp-9，而SMAC可抑制这两种机制。冷冻电镜结构解析则表明BIRC6是反平行二聚体，将底物结合模块与催化结构域并列，SMA与BIRC6多位点结合导致亚纳米摩尔水平的亲和力相互作用。[相关报道：Science三篇齐发｜揭开BIRC6/SMAC复合体调节自噬与凋亡的结构基础]
Evolutionary-scale prediction of atomic-level protein structure with a language model
语言模型从演化尺度预测原子级蛋白质结构
（导读 阿金）机器学习的快速进展给蛋白质结构预测领域带来了更多新信息。本研究使用大型语言模型从主序列直接推断出完整的原子级蛋白质结构，语言模型中蛋白质序列参数达到150亿，原子分辨率的蛋白质结构图谱出现在学习过的表征中，推动高分辨率结构预测的数量级加速。结果预测了超过6.17亿个宏基因组蛋白序列的结构，为探索更广阔多样的天然蛋白质提供新思路。[论文详细信息]
Evolutionary transitions from camouflage to aposematism: Hidden signals play a pivotal role
从伪装到警戒的演化转变：隐秘的信号发挥关键作用
（导读 阿金）猎物呈现的警告信号的最初演化，即警戒作用，往往看上去像悖论，因为任何可疑的突变都更容易被识别出来。本研究对两栖动物抗掠食警告色的演化转变展开大规模分析，发现从伪装到警戒的演化转别很少是直接发生的，而倾向于先进入一个中间阶段，该阶段有助于解决警戒作用悖论，从而加深对警戒作用演化的理解。[论文详细信息]
Mechanism of STMN2 cryptic splice-polyadenylation and its correction for TDP-43 proteinopathies
DNA治疗或可延缓ALS患者的瘫痪
（导读 领研网）几乎所有肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者和约一半的额颞叶痴呆（FTD）患者的大脑中，都存在一种名为TDP-43的蛋白质的功能异常。本研究科鉴定出TDP-43识别和作用的mRNA序列，明确了TDP-43能结合mRNA上的特定位点，在空间上阻断其它能发生可变剪接和多腺苷酸化的位点，在此基础上设计出两种替代TDP-73功能的方案。该结构有望成为治疗ALS等相关疾病的新手段。[论文详细信息]
Bacteria require phase separation for fitness in the mammalian gut
细菌需要相分离才能适应哺乳动物肠道
（导读 一晴）细菌在肠道定植的机制能够为临床干预提供有价值的信息。本研究发现细菌可以利用相分离来增强哺乳动物肠道的适应性。广泛存在且高度保守的转录终止因子Rho的内在无序区(IDR)是人类共生拟杆菌的相分离的基础。相分离以依赖IDR的方式增加Rho的转录终止。此外，IDR对肠道中的基因调控也至关重要。这些研究结果揭示了相分离对宿主-共生细菌相互作用至关重要，并有望用于新的临床应用中。[相关报道：Science | 相分离能力帮助肠道菌群提高适应性]
材料科学
Materials Science
Chemical scissor–mediated structural editing of layered transition metal carbides
化学剪刀介导层状过渡金属碳化物的结构编辑
（导读 领研网）Mxene是多孔二维层状结构的过渡金属碳/氮化物，兼具金属材料及陶瓷材料独特的优良性能。本研究先用路易斯酸熔融盐蚀刻A层，同时用另一种元素（如氯）取代其中的元素，使材料处于易发生化学反应的状态，然后用锌等金属与特定的化学键反应使其断裂，像化学剪刀一样精确地将两片原子层裁切开，再在二者间嵌入新元素，构建新的MAX相，进一步制造出新的Mxene结构。[相关报道：用化学剪刀精确制造Mxenes]
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