Microphthalmia transcription factor (MiT)家族易位肾细胞癌（tRCC）是一种罕见的肾癌，目前尚未得到很好的表征。
2022年12月5日，复旦大学丁琛、叶定伟和上海交通大学赵健元共同通讯在Nature Communications发表题为“Proteogenomic characterization of MiT family translocation renal cell carcinoma”的研究论文，该研究展示了tRCC肿瘤和正常邻近组织的综合蛋白质基因组学分析，以阐明这种疾病的分子景观。研究表明，有缺陷的DNA修复在tRCC致癌和进展中起着重要作用。代谢过程在mRNA和蛋白质水平上都明显失调。
蛋白质组学和磷酸化蛋白质组数据将mTOR信号通路确定为潜在的治疗靶点。此外，分子分型和免疫浸润分析表征了tRCC的肿瘤间异质性。多组学整合揭示了受基因组改变影响的细胞过程失调，包括氧化磷酸化、自噬、转录因子活性和蛋白酶体功能。本研究代表了tRCC的综合蛋白质基因组学分析，为其生物学机制、疾病诊断和预后提供了有价值的见解。
另外，2022年11月30日，复旦大学丁琛，贺福初及上海交通大学Yang Wenjun共同通讯在Nature Communications 发表题为“Integrated proteomic and transcriptomic landscape of macrophages in mouse tissues”的研究论文，该研究使用质谱和批量RNA测序分别评估来自七个小鼠组织，骨髓来源巨噬细胞和细胞系RAW264.7的10个原代巨噬细胞群的蛋白质组学和转录组学模式。总之，这些数据集和整合所有信息的开放式蛋白质组服务器（http://macrophage.mouseprotein.cn）将为小鼠巨噬细胞的未来功能和机制研究提供宝贵的资源（点击阅读）。
2022年11月25日，复旦大学丁琛，贺福初及侯英勇共同通讯在Journal of Hematology & Oncology 上在线发表题为“Proteogenomic insights into the biology and treatment of pancreatic ductal adenocarcinoma”的研究论文，该研究对217例PDAC肿瘤与配对的非肿瘤相邻组织进行了综合多组学分析，其中包括全外显子组测序、RNA-seq、蛋白质组学和磷蛋白质组学分析，并进一步进行了体内功能实验以阐明与PDAC肿瘤发生和进展相关的生物学事件。总之，该研究为更好的理解和治疗PDAC提供了重要信息（点击阅读）。
2022年10月28日，复旦大学赵曜、丁琛及张启麟共同通讯在Cell Research（IF=46）在线发表题为“Integrated proteogenomic characterization across major histological types of pituitary neuroendocrine tumors”的研究论文，该研究采用整合蛋白基因组学拓展了人们对垂体神经内分泌肿瘤的病理生理学理解。这种跨越传统组织学边界的蛋白质基因组分析提高了目前对PitNET病理生理学的理解，并提出了新的治疗靶点和策略（点击阅读）。
2022年9月29日，复旦大学丁琛、侯英勇、 刘天舒、沈坤堂及上海交通大学赵健元共同通讯在Nature Communications 发表题为“Proteomic characterization of gastric cancer response to chemotherapy and targeted therapy reveals new therapeutic strategies”的研究论文，该研究报告了来自接受化疗或基于抗HER2治疗的GC患者的206个肿瘤组织的蛋白质组。该研究为研究胃癌化疗和靶向治疗的机制和指标提供了丰富的资源（点击阅读）。
2022年7月18日，复旦大学侯英勇，丁琛及北京生命科学研究所贺福初共同通讯在Nature Communications 在线发表题为“Proteomic analysis reveals key differences between squamous cell carcinomas and adenocarcinomas across multiple tissues”的研究论文，该研究报告了对 17 个器官的 333 个 SCC 和 7 个器官的 69 个 ACs 的深度蛋白质组学分析。这种蛋白质组学架构代表了研究人员寻求更好地了解 SCC 和 AC 的公共资源（点击阅读）。
2022年6月3日，复旦大学丁琛，郭剑明及侯英勇共同通讯在Journal of Hematology & Oncology上在线发表题为“Integrated proteogenomic characterization of urothelial carcinoma of the bladder”的研究论文，该研究对116例UC患者进行了整合的多组学分析，包括全外显子组测序、RNA-seq、蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析。本研究为研究人员和临床医生进一步确定膀胱尿路上皮癌的分子发病机制和治疗机会提供了重要依据（点击阅读）。
2022年6月18日，复旦大学丁琛，侯英勇，樊嘉，周俭，赵健元，纪元，施国明及徐晨共同通讯在Hepatology 在线发表题为“Proteogenomic Characterization of Cholangiocarcinoma”的研究论文，该研究对 217 个 CCA 和 197 个配对正常相邻组织的蛋白质组学景观进行了表征，并确定了它们的亚型和潜在的治疗靶点。与其他数据库的多组学分析和一些功能验证表明了有关 CCA 管理的临床、生物学和治疗方法的策略（点击阅读）。
2022年4月19日，复旦大学丁琛，叶定伟，张海梁及上海交通大学赵健元共同通讯在Nature Communications 在线发表题为”A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population“的研究论文，该研究通过与肿瘤邻近组织的比较，发现透明细胞肾细胞癌(ccRCC)表现出广泛的代谢失调和增强的免疫反应。本研究为ccRCC的生物学基础和预后评估提供了见解，揭示了可靶向的代谢脆弱性。
小眼转录因子（MiT）家族易位性肾细胞癌（tRCC）是一种罕见的肾癌亚型，其特征是染色体易位涉及转录因子E3（TFE3）或EB（TFEB）（分别在染色体位点Xp11.2和6p21上）基因与各种伴侣融合。由于具有TFE3和TFEB基因融合的tRCC具有许多临床，组织病理学和遗传学相似性，因此2013年国际泌尿病理学会（ISUP）温哥华分类将这两种亚型分组为一个实体，称为MiT家族tRCC。
到目前为止，已经在tRCC患者中发现了几种TFE3基因融合，包括ASPSCR1（ASPL），PRCC，SFPQ（PSF），NONO，CLTC，DVL2，LUC7L3，PARP14，MED15，KHSRP，RBM10，ARID1B，MATR3，FUBP1，NEAT1，KAT6A，GRIPAP1和EWSR1。ASPSCR1和PRCC被确定为TFE3最常见的融合伴侣。此外，一些病例报告报告了TFEB的不同融合伴侣，例如MALAT1，CLTC，ACTB，KHDRBS2，COL21A1，CADM2，EWSR1和PPP1R10。
在组织学上，tRCC几乎与肾细胞癌（RCC）的所有亚型相似。它可以表现为状结构和具有大量透明或嗜酸性粒细胞质的细胞。有些病例甚至包括血管周围上皮样肿瘤样或黑色素瘤样分化细胞，这给诊断和治疗带来了严峻的挑战。临床上，tRCC通常影响儿科患者和年轻人，但近年来在老年患者中也观察到了这种疾病。tRCC占20–40%的儿科RCC和1-4%的成人RCC。tRCC的发病率存在争议，因为诊断困难且亚型多样。
对文献中403例tRCC病例的分析表明，该病在女性中的发病率略高。tRCC的预后仍存在争议，从惰性到高度侵袭性不等。一些研究声称，成人发病的tRCC更具侵入性和侵袭性，特别是在男性患者中，但在儿童患者中相对惰性。一般来说，tRCC与透明细胞RCC（ccRCC）具有相似的预后，但结局比乳头状RCC差。在所有tRCC类型中，ASPSCR1融合患者的预后最差，淋巴结转移更常见；然而，融合类型与预后的相关性尚不清楚。
最近，一些研究报告了TFE3的不同融合伴侣，但由于此类肿瘤的罕见性，对tRCC分子特征和潜在机制的一般了解受到限制。在16例tRCC病例中检测到拷贝数变异（CNV）表明，最常见的突变是17q增益和9p缺失，不同的体细胞CNV与预后不良有关。然而，由于以前的研究仅限于相对较小的队列，并且专注于检测基因组改变，因此它们不足以解释tRCC的生物学特征。因此，迫切需要多组学分析，特别是蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析。
在这项工作中，研究了86个tRCC样品的基因组，转录组，蛋白质组和磷酸化蛋白质组学特征，并将这些发现与临床病理学特征相关联。研究发现mTOR信号通路在tRCC肿瘤组织中的蛋白质组和磷酸化蛋白质组水平上调，这表明mTOR信号传导是潜在的治疗靶点。此外，研究揭示了tRCC基因组改变对临床结果和分子特征的影响，为tRCC致癌和发展的生物学见解提供了依据。
MiT家族tRCC的分子谱图（图源自Nature Communications ）
这项研究有几个局限性，尽管研究是迄今为止调查tRCC多组学特征的患者数量最多的，但数量仍然不足，尤其是TFEB-tRCC和TFEB扩增的RCC病例。更重要的是，tRCC肿瘤发生和发展的潜在机制仍然未知，需要进一步研究。这项研究的回顾性和单中心设计也导致了一些固有的偏倚，如选择偏倚。总之，尽管存在这些局限性，tRCC的蛋白质基因组学分析为tRCC的生物学基础、疾病诊断、预后评估和治疗选择提供了宝贵的见解。
参考消息：
https://doi.org/10.1038/s41467-022-34460-w
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