Nature Medicine：沈柏用/陈赛娟/方海/印彤团队首次将临床蛋白组学用于胰腺癌临床诊疗

胰腺癌是目前治疗效果最差的恶性肿瘤，5年存活率仅为7-10%，被称为“癌中之王”。由于胰腺癌发病后很快就会进展为全身状态，以手术为代表的局部治疗对胰腺癌的长期存活贡献有限。近年来，业内试图对可切除胰腺癌先行新辅助化疗后再手术。然而，这一操作也面临巨大风险。如果患者对化疗不敏感，新辅助化疗后肿瘤极有可能进展，从而丧失手术机会。因此，谁对化疗敏感？对什么化疗敏感？是目前胰腺癌治疗中的两个关键问题。

21世纪高以来，随着高通量测序技术的发展，国内外多个研究团队揭示了胰腺癌的关键突变基因，如KRAS、CDKN2A、TP53、SMAD4等，并通过转录组信息将胰腺癌分为“基底样型（Basal-like）”和“经典型（Classical）” 。基因和转录组层面的分子特征加快了分子病理学在临床决策中的应用。多个前瞻性的临床研究探讨了分子分型用于胰腺癌的分层治疗方案和预测治疗敏感的实用性。

在2020年后，蛋白质谱技术的快速发展揭示了多维度的胰腺癌生物学特征，包括基因组、转录组、蛋白组、磷酸化蛋白组、糖基化蛋白组等，以辅助胰腺癌的早期诊断，并助力发现新的治疗靶点。然而，由于缺乏整合繁冗组学数据的有效方法和患者辅助治疗信息的不足，先前关于胰腺癌相关多组学的研究未能深入探讨胰腺癌组学特征与化疗敏感性的关系。

2024年1月29日，上海交通大学医学院附属瑞金医院胰腺中心-上海市胰腺肿瘤转化研究重点实验室沈柏用教授，转化医学国家重大科技基础设施（上海）陈赛娟院士、方海教授、印彤教授团队，及长海医院金刚教授、上海肿瘤医院施思教授团队合作，在 Nature Medicine 期刊发表了题为：Prospective observational study on biomarkers of response in pancreatic ductal adenocarcinoma 的研究论文。

这项前瞻性观察研究，纳入了1171例接受根治性切除术胰腺癌患者，并随机挑选了191例患者的临床组织标本，通过显微切割方式获取了胰腺癌肿瘤区域的高质量组学数据资源，揭示了胰腺癌独特的蛋白模块及其临床意义；建立了胰腺癌蛋白组学水平的预后风险模型，并借助国际外部队列证实了该预后模型的有效性和可靠性。

更为重要的是，该团队利用临床和蛋白组学数据开展了“化疗-蛋白标记物”交互作用回归分析，成功鉴定出两个可用于预测辅助化疗敏感性的蛋白标志物，分别是NDUFB8和CEMIP2。这两个新型蛋白标记物在独立的内部队列（n=386）和国际多中心的外部队列（法国多中心队列：n=230；中国华东多中心队列：n=466）中得到了进一步验证，证明了它们的可靠性和广泛适用性。此外，在胰腺癌细胞系和类器官的功能性实验中也证实了这两个蛋白标志物对化疗敏感性的功能作用。

胰腺癌患者队列前瞻性观察研究的思路概括图，并展示主要研究内容与结果

这项研究不仅是首次将临床蛋白组数据应用于指导患者预后，还探索预测辅助治疗疗效的蛋白标志物，为制定胰腺癌临床诊疗方案提供了有力支持，同时为肿瘤领域的研究者们提供了一个深层次挖掘现有的肿瘤临床组学大数据的实际操作案例。

在研究过程中，该团队还自主研发并创建了交互式网站PD[AC]2（http://www.genetictargets.com/pdac2），以指导用户在线学习临床蛋白组数据整合分析技术。通过该网站提供的原始数据、代码和资源，研究者们可以重现文章中的所有分析结果，参考研究的思路和方法，深入掌握临床组学整合分析的基本方法，真正实现科研数据和代码资源的无偿共享。

PD[AC]2网站的首页，由转化医学国家重大科技基础设施（上海）瑞金基地生信大数据平台自主创建并负责维护。

上海交通大学医学院附属瑞金医院胰腺中心沈柏用教授，转化医学国家重大科技基础设施（上海）陈赛娟院士、方海教授、印彤教授，上海长海医院金刚教授，上海肿瘤医院施思教授为该论文共同通讯作者。瑞金医院胰腺疾病研究所蒋玲曦研究员、秦洁洁博士，转化医学国家重大科技基础设施（上海）代雨婷副研究员，瑞金医院胰腺外科赵舒霖医生、詹茜医生，燃石医学崔鹏博士为论文共同通讯作者。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41591-023-02790-x

转自：“生物世界”微信公众号

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