以下文章来源于One Health Advances ，作者OHAD
Intercontinental spread and clonal expansion of ColRNA1 plasmid-bearing Salmonella Corvallis ST1541 strains: a genomic epidemiological study
第一作者：陈开超、谢苗苗
通讯作者：陈声
研究背景
沙门氏菌是一种重要的食源性病原菌。多数情况下，沙门氏菌感染呈自限性。然而，对于贫血、败血症、脑膜炎、免疫力低下等病人，抗菌药物是治疗沙门氏菌感染的首要选择。目前，环丙沙星和头孢类抗菌药是美国FDA已批准的可用于治疗非伤寒型沙门氏菌侵袭性感染。沙门氏菌针对喹诺酮类耐药机制主要由喹诺酮抗性决定区（QRDR）基因突变和质粒介导的喹诺酮耐药（PMQR）基因介导。近年来，非伤寒型沙门氏菌的氟喹诺酮类耐药性增长迅速，其中质粒介导的 PMQR基因的广泛传播成为主要因素。
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（1）本研究系统分析了来自全球20个国家388株S. Corvallis（分离自临床、食物、动物和环境样本）的基因组遗传特征。
（2）明确了S. Corvallis菌株的喹诺酮耐药主要由PMQR基因介导，其中qnrS1基因的检出率（53.6%）高于qnrB基因的检出率（10.8%） 。qnrS1基因主要由ColRNA1型质粒携带，该质粒序列与p10k-like 质粒序列 (MK356559) 高度同源；qnrB基因除由ColRNA1型质粒携带之外, 还存在于新型IncHI2型多重耐药质粒上，该质粒还携带qnrB17, aac(6’)-Ib-cr, tet(A), ARR-3, dfrA27, sul1, aph(3’’)-la 和floR等耐药基因。
（3）基于核心基因组的最小生成树（MST）显示S. Corvallis由多个MST簇构成。其中，第一类亚群61株菌株传播范围最广，来源于7个国家。剩余亚群菌株多数来源于2个国家。多株英国临床菌株与包括中国、爱尔兰和斯里兰卡的菌株存在克隆传播现象（图1）；贝叶斯算法推测中国流行的S. Corvallis菌株主要起源于英国，统计学分析也支持上述结论。
图1 ST1541 S. Corvallis菌株的时间系统发育树和系统地域传播分析
（A）时间比例尺以年为单位，每个系统发育树的分支后验概率>90%并根据不同来源国家着色，末端红色节点代表采样时间。（B）S. Corvallis种群的遗传多样性的历史变化。红色实线表示中位数，红色阴影部分表示95%的中位数。红色阴影区域代表遗传多样性估计的95% HPD。（C）通过贝叶斯分析推测S. Corvallis菌株的全球传播路线。曲线展示了S. Corvallis菌株在各国之间的传播路径，BF>3表示这种传播路径的假设得到了较强的统计学证据支持。每个箭头的颜色表示不同国家间传播的不同贝叶斯系数。
编辑荐语
“One World，One Health”，全球化的加速使得各国贸易和交流频繁，耐药病原菌在各国间传播的案例时有报道。本研究证实了S. Corvallis菌株的进化趋势和全球传播路径，再次提示各国应加强耐药菌防控领域的合作和交流。
作者介绍
通讯作者：陈声
香港理工大学食品科学及营养学系主任，讲席教授。主要从事兽医、食品和医学微生物领域的细菌抗生素耐药性、毒力和耐受性及新抗菌药物开发研究工作；主持和参与“973” 国家重点基础研究发展计划、 “十三五”国家重点研发计划等科研课题40余项。作为通讯作者在The Lancet Infectious Diseases、The Lancet Microbe、Signal Transduction and Targeted Therapy、Nature Microbiology、Nature Communications等国际期刊发表论文270余篇。被引用7 500余次，H指数43。
原文链接
Chen, K., Xie, M., Wang, H. et al. Intercontinental spread and clonal expansion of ColRNA1 plasmid-bearing Salmonella Corvallis ST1541 strains: a genomic epidemiological study. One Health Adv. 1, 16 (2023).
https://doi.org/10.1186/s44280-023-00017-9
转自：“BMC科研永不止步”微信公众号
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