环境DNA揭秘近海水域鲨鱼和鳐鱼真正的多样性 | BMC Ecology and Evolution

发表期刊：BMC Ecology and Evolution

论文标题：透过沉积物水域观察：环境DNA技术降低了混浊的海洋栖息地中鲨鱼和鳐鱼的幽灵多样性（Seeing through sedimented waters: environmental DNA reduces the phantom diversity of sharks and rays in turbid marine habitats）

通讯作者兼第一作者：Yin Cheong Aden Ip

DOI：10.1186/s12862-021-01895-6

发表日期：2021年9月6日

背景:

由于大量的副捕和许多亚洲地区对鱼肉和鳍相关产品的庞大需求，鲨鱼和鳐鱼成为最受威胁的海洋生物类群之一。至少有25%的鲨鱼和鳐鱼物种被认为面临灭绝的威胁。特别是，太平洋珊瑚礁鲨鱼密度已经下降到人类出现之前的3-10%。在高度城市化和浑浊的环境中，软骨鱼类动物被认为十分稀有。低能见度以及鲨鱼和鳐鱼难以捉摸的行为对其多样性评估和生物监测工作带来挑战，目前的观察仅限于偶然遇见或渔网捕获。因此，我们利用环境DNA（eDNA）宏条形码技术来提高沿海城市海洋环境中软骨鱼类动物多样性评估的精准度。

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结果：

我们在海水样本中应用eDNA宏条形码，以检测新加坡沿海城市水域中的软骨鱼类动物种类。我们针对两个基因——脊椎动物12S和软骨鱼类动物COI——进行了靶向检测，并对扩增子进行了Illumina高通量测序。在从9个地点收集的84个水样本中，我们发现了47个鲨鱼和鳐鱼分子操作分类单元，其中16个具有物种级别的身份。当将数据与历史收集和实时观察进行比较时，eDNA检测到了14个当地已知的物种以及两个可能的新记录。

结论：

eDNA揭示的软骨鱼类动物多样性大于过去二十年间所发现的7个物种，因此降低了幽灵多样性。本文研究结果表明，尽管物理环境带来挑战，eDNA宏条形码仍能有效检测鲨鱼和鳐鱼物种，为监测这些极其难以捉摸和受威胁的物种提供了更加一致的方法。

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Seeing through sedimented waters: environmental DNA reduces the phantom diversity of sharks and rays in turbid marine habitats

转自：“BMC科研永不止步”微信公众号

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