以菌为镜：人类微生物如何推动抗菌素耐药性扩散？

发表期刊：Microbiome

论文标题：人类微生物群推动医院相关抗菌素耐药性在城市环境中的扩散，并反映了患者的病例率 (Human microbiota drives hospital-associated antimicrobial resistance dissemination in the urban environment and mirrors patient case rates)

通讯作者：Gregorio Iraola

第一作者：Cecilia Salazar

DOI：10.1186/s40168-022-01407-8

发表日期：2022年12月02日

城市环境中的微生物群落组成主要由人类活动决定。使用宏基因组学来探究城市微生物群落如何形成，将为调整关于公共卫生举措、建筑设计和城市复原力的决策提供一种新的视角。值得注意的是，城市污水系统是细菌、药物和抗菌素耐药性（AMR）基因的复杂储存库，可以成为获取流行病学信息的重要来源。医院废水富含人源性细菌，因此很容易成为抗生素耐药性病原体的发源地和热区，并最终进入环境。然而，人们对医院感染爆发对城市环境的影响程度仍然知之甚少。

专栏：Collection: Gut Microbiome and Animal Health

本工作广泛表明，来自小溪、海滩、污水泄洪道和集水管的不同城市水域含有离散的微生物群落，包含不同程度的人源性细菌污染和混合。人源性细菌丰度与环境中AMR基因的丰度相关，其中β-内酰胺酶是区分低影响和高影响城市环境的首要贡献类别。事实上，城市环境中的β-内酰胺酶抗性和碳青霉烯抗性决定因素的丰度在一年内显著增加。这与同期报道的耐碳青霉烯类药物院内感染显著增加相一致，主要由感染爆发引起的产碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌（KPC）ST-11菌株所驱动。这次感染爆发前后对城市水域进行宏基因组学研究以及高分辨率全基因组测序，证实了ST-11菌株和一种新型KPC巨大质粒从医院传播到城市环境。全市范围的分析表明，KPC巨大质粒在城市环境中的地理空间传播与排污系统的基础设施成反比。

本文展示了如何将城市宏基因组学和感染爆发基因组监测相结合，为感染控制、抗生素管理和病原体流行病学提供相关信息。研究结果强调，需要更好地描述和理解人源性细菌和抗菌素耐药性如何在城市环境中传播，以便今后将这些信息纳入污水处理基础设施和公共卫生政策的发展中。

转自：“BMC科研永不止步”微信公众号

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