PyMOL绘图简明教程--蛋白通道的分析与可视化

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

在之后的推文中，我们会为大家分享一些使用PyMOL使用及绘图的教程，前面的内容我们为大家分享了一些PyMOL的实用教程，包括基本操作和绘图实例等。本期内容为大家介绍在PyMOL中如何进行蛋白通道的分析与可视化。

CAVER插件

CAVER是捷克研究者开发的一款用于研究底物/产物通道的软件，可以分析和可视化蛋白质结构中的通道。其开发出了对应的PyMOL插件--Caver，可以识别从特定位点到蛋白表面的可能通道，对药物设计和分子酶学研究具有重要意义。最新版的Caver 3还可用于动态结构中通道的快速、准确和全自动计算，也就是说可以用于分子动力学过程的通道分析。

要使用Caver 3插件，需要先安装Java，下载地址如下，根据提示安装即可：

https://java.com/en/download/

Caver 3插件下载地址：

https://github.com/loschmidt/caver-pymol-plugin/archive/master.zip

下载完成后，打开PyMOL，在菜单栏点击“Plugin -> Plugin Manager -> Install New Plugin -> Choose File…”选择下载好的“caver-pymol-plugin-master.zip”文件进行安装即可。

安装完成后，通过菜单栏点击“Plugin -> Legacy Plugins -> Caver 3.0.3”可打开Caver 3.0.3面板。

在PyMOL中导入蛋白质结构，选择感兴趣的氨基酸或原子，在Caver 3.0.3面板点击“Convert to x,y,z”按钮可设置分析起点的坐标；在“Output directories”设置工作路径，分析产生的结果会保存在该路径中；如果有多个对象可以在“Input model”进行选择，其它参数一般设置默认即可；点击“Compute tunnels”进行分析。在PyMOL中每个通道都以不同的对象和颜色进行区分。

分析的结果文件均保存在工作路径，特别是“analysis”文件夹，从中可以获得每个通道最小/最大半径、平均半径、长度、曲率、涉及的残基/原子等信息。

转自：“叮当学术”微信公众号

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