【答疑篇】薛定谔软件中配体太大不显示2D相互作用图怎么办？

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问题描述

在薛定谔软件中，受体-配体复合物中配体的结构较大而不显示2D相互作用图怎么办？

如使用Ligand Interaction Diagram模块查看mTOR激酶复合物结构（PDB ID：4DRI）中原配体的2D相互作用图，提示No available ligand。

解决方案

该复合物结构中的原配体为Rapamycin（雷帕霉素），是大环内酯类抗生素，2D结构如下：

使用Ligand Interaction Diagram模块不能查看2D相互作用图，是因为该配体的原子数目超过了软件默认设置的可识别为配体的最大原子数目。

我们只需在菜单栏点击Edit>Preferences打开设置窗口，在左侧列表中找到Ligand Detection选项，将Maximum atom count后面的数值改大，如200（默认的为130，而雷帕霉素的原子数目为144）。

再重新打开Ligand Interaction Diagram即可查看2D相互作用图：

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