质粒是染色体外能够进行自主复制的遗传单位，当前通常用其来特指细菌、真菌、酵母菌和放线菌等生物中染色体以外的 DNA分子。在基因工程领域，质粒常常被当做基因的载体使用。在分子生物学中，质粒 DNA被当做基因运载工具具有非常广泛的应用。
在细菌中提取质粒DNA通常按照以下步骤进行:
第一步，培养细菌，使质粒扩增;
第二步，进行细菌的收集和裂解;
第三步，质粒 DNA的分离和纯化。
在质粒DNA的提取过程中，其提取效果和其大小呈现出正比例关系，越小越容易进行提取，这主要是由于，如果质粒DNA比较大的话，其特性机会和染色体DNA比较接近，这样想要将二者分离开来难度就会变大。
在进行质粒DNA的分离时，适宜的条件是非常重要的，主要包括pH值、SDS浓度、时间和溶菌温度等，在适宜的条件下质粒DNA和染色体DNA 才能够更好的分离开来。
细菌浓度对于质粒 DNA的提取也是非常重要的，如果细菌的浓度比较高，那么在溶菌时，溶菌液很难和细菌液充分混合，导致溶菌不彻底的问题，这样会造成质粒的回收率比较低；
而如果细菌溶度比较低，溶菌液和菌液均分混合，会造成溶液中含有较多的蛋白质、染色体以及菌体碎片，在这样的情况下，沉淀时质粒回合这些物质共沉，进而导致质粒的回收率也会比较低。
在生物学的相关研究之中，细菌质粒DNA的提取是比较常规的技术和操作，主要的方法有碱裂解法、煮沸法以及SDS裂解法等，下面对碱裂解法进行介绍。
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碱裂解法
碱裂解法是当前应用比较广泛的质粒 DNA提取方法，这种方法的优点在于提取的质粒DNA纯度高，操作便捷，缺点是需要较长的提纯时间。研究人员在缩短这一方法的提纯时间方面做了大量的研究，但是没有得到理想的效果，当前这一方法提取 DNA 的时间都在1.5h 以上。
碱裂解法提取质粒 DNA的基本原理:首选，在菌液中加入溶液Ⅰ，细菌细胞悬浮，同时其中的EDTA会和Ca2+以及 Mg2+鳌合，起到抑制DNase活性的作用；然后，加入溶液Ⅱ，将细胞裂解，在这个过程中蛋白质和少量质粒将会变质；
再次，加入溶液Ⅲ ，使多数蛋白质以及染色体DNA被沉淀，并使得质粒DNA复性。其中，该方法中起到裂解细菌作用的主要是溶液Ⅱ中的 NaOH，正因如此该方法被称为碱裂解法，如果将其换为SDS，也能够提取出少量的质粒DNA，这是由于SDS也是碱性的，可以一定程度上破坏细菌的细胞膜。
在这一方法中需要注意，NaOH溶液要现用现配，这个主要是由于其能够和空气中的CO2反应，从而使溶液的碱性降低，这样会影响提纯的效率。
另外在加入溶液Ⅱ之后，操作时间不能够过长，这是因为染色体DNA在碱性条件下片段会慢慢断裂。另外需要注意的是，在操作过程中，混匀是一定要轻柔，从而在保证细菌沉淀可以充分的扩散在试剂中的前提下，避免已变性质粒 DNA和染色体基因组 DNA被机械剪切。
此外，在溶液Ⅲ加入之后，其中的SDS会和蛋白质结合，会产生大量的沉淀， SDS 还会和醋酸钾结合，生成PDS，这一物质的溶解度远低于SDS，从而可以将大部分蛋白质和染色体DNA共沉淀，进而获得质粒。
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质粒纯化柱与PCR产物纯化柱可否混用？
会出现这个问题是由于实验室常用的质粒提取试剂盒和PCR产物回收试剂盒的纯化柱经常就少了。试剂盒一般buffer试剂会多给，纯化柱子是绝对不会多给的。
这个问题先说答案，是可以的。
纯化柱一般是由一层硅胶膜起主要作用，硅胶膜可以选择性吸附DNA，RNA。而且这个过程是可逆的。
原理如下：大多数离心柱中吸附DNA的是一层硅胶膜，实际上就是一层玻璃纤维，其表面有大量修饰的硅羟基（Si-OH），硅羟基在溶液中解离后带负电，然后与带正电盐离子、带负电DNA形成电桥，从而吸附住DNA，使得DNA双链变单链，不会被生物大分子溶剂洗脱，但能经水溶性缓冲液水化后，被定量回收，从而实现纯化分离。
硅胶膜在高盐（如4M 盐酸胍）低PH（如PH5.0-6.5）会选择性的吸附DNA，RNA。
硅胶膜在低盐浓度高PH（如PH8.0）会释放DNA，RNA。可以利用硅胶膜的这个特性，达到纯化DNA，RNA的目的。
所以一般在PCR纯化要加binding buffer，其中目的之一就是降低pH。上柱前溶液的PH值应小于7；其次，洗涤液中的乙醇浓度不得低于50%，一般70%--80%之间。最后洗脱，可以用去离子水或者TE（10 mmol/LTris-Cl，1 mmol/L EDTA (pH8.0)）。一般长期保存推荐用TE，但是现在很少有人长期保存DNA，不行就重新提取了DNA。
转自：“Super Lab”微信公众号
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