科研人员开发出首个DNA损伤修复测序数据资源库

近日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心吴薇研究组与广州国家实验室完成的最新合作研究成果（DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair）。该研究整合开发了首个DNA损伤修复高通量测序数据的数据资源库（DNA Damage Atlas，DDA）。 

DNA损伤在细胞正常生命代谢活动中时有发生，发生损伤后如不能及时修复或修复时发生错误，易形成体细胞突变和结构变异，引起肿瘤等重大疾病。为研究DNA损伤修复过程，科研人员开发了多项用于直接或间接检测DNA损伤和修复过程的高通量测序技术。然而，随着各种测序技术所产生数据的快速累积，如何进行统一的标准化分析并整合以供研究使用是亟需解决的问题。

DDA收录了来自262个数据集的6030个样本数据，涵盖了针对不同DNA损伤类型的59种测序技术。基于对数据进行质控、回贴等标准化处理，DDA进一步鉴定了DNA损伤修复热点（hotspots），并其特征展开一系列下游分析。高度重复序列端粒和核糖体DNA（ribosomal DNA，rDNA）是DNA损伤的热点，但既往研究中，因分析困难而在测序数据分析中被忽视。因此，DDA专门构建了新的分析流程，挖掘端粒和rDNA区域的损伤修复信号。此外，DDA为用户提供了交互友好的界面（http://www.bioinformaticspa.com/DDA/），包括浏览、搜索、genome browser可视化、下载、样品间比较等功能模块。

DDA作为大规模、高质量的DNA损伤修复数据库，为DNA损伤修复分子机制研究提供了资源平台，有助于剖析疾病中突变发生机理和挖掘治疗靶点。研究工作得到国家重点研发计划、上海市市级科技重大专项和广州国家实验室的支持。

来源：中国科学院分子细胞科学卓越创新中心

转自：“中科院之声”微信公众号

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