Nucleic Acids Research| 安徽农业大学发布山茶属植物基因组数据库与分析平台

近日，茶树生物学与资源利用国家重点实验室夏恩华教授团队在国际权威期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research; IF=14.9）发表题为《TPIA2：一个山茶属植物基因组信息档案》（TPIA2: an updated tea plant information archive for Camellia genomics）的研究论文。该工作是团队在前期系统解析茶树基因组（Wei et al., 2018, PNAS; Xia et al., 2020, Mol Plant）并构建茶树基因组数据库（Xia et al., 2019, Plant Biotechnol J）的基础上，进一步整合海量的山茶属植物遗传数据开发的多功能基因组数据库与分析平台（TPIA2: http://tpia.teaplants.cn），旨在加速茶树及其野生近缘植物的功能基因组学研究，促进世界对茶的科学认识、传播与利用。

数据库目前主要包括7个栽培茶树品种和3个野生近缘种的参考基因组、21类茶树叶片发育/组织和生物与非生物胁迫的基因表达谱、116种山茶属植物的转录组、350种代表性茶树品种的遗传变异谱、107种山茶属植物的代谢谱（儿茶素，茶氨酸和咖啡碱）、17个茶树低温条件下的DNA甲基化组、10个基因组之间的共线块和直系同源基因以及系统的基因功能注释等信息。

针对数据库中的海量数据，数据库还集成/开发了11类简单且实用的数据分析工具，包括基因组浏览器、基因功能搜索、序列批量获取、序列比对（BLAST）、基因ID转换、KEGG/GO功能富集分析、群体遗传分析、相关性分析、开放阅读框查找、引物设计、SSR分子标记开发等，以辅助茶树功能基因组学和遗传育种研究。

茶树生物学与资源利用国家重点实验室博士后高琪娟、童伟副教授为论文共同第一作者，夏恩华教授为通讯作者。宛晓春教授、李方东高级实验师、吴琼博士、王艳丽参与了此项研究工作。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、安徽省高校知名专家和安徽农业大学神农优才计划等项目的资助。

图1 山茶属植物基因组数据库开发框架

图2 山茶属植物基因组数据库主要功能模块

（A）基因组共线性模块；（B）基因与代谢物相关性模块；（C）遗传变异模块；（D）基因ID转换模块；（E）基因序列比对模块

本文转载自茶树生物学与资源利用国家重点实验室

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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