PBJ |通过文库小型化来实现经济、高效精准的植物全长RNA测序新方法

随着测序成本的持续性降低和测序仪通量的增加，高通量测序已经成为基因组研究项目不可或缺的一部分。但对于单个样本的mRNA测序而言，其所需数据量通常远远低于测序仪单个测序反应所能产出数据量，因此通常会对多个样本单独进行文库构建，然后进行混合测序，这使得文库制备步骤成为许多 RNAseq 项目中最昂贵的部分。因此，降低文库制备成本成为重要的研究方向。目前也有多种策略提出来优化文库制备过程或减少人工操作步骤（引入自动化仪器）来降低成本，但通常需要昂贵的仪器设备或产出的数据会影响后续的进一步分析，如变异检测和新转录本的鉴定。

近日，来自德国杜塞尔多夫大学的Benjamin Stich课题组在Plant Biotechnol Journal上发表题为“Affordable, accurate and unbiased RNA sequencing by manual library miniaturization: A case study in barley”的文章，作者提出了一种易于重复的和仅需少量手动操作的全长 RNA 测序 (RNAseq) 文库制备工作流程，且不需要购置昂贵的实验室设备，显着降低了文库制备成本。作者并以大麦为研究对象提供了一系列广泛的质量控制分析结果，进一步评估改进方法对产出测序数据的影响。

通过对已成熟的商业化 RNAseq 文库制备方案进行最小程度的调整，作者能够将文库制备小型化高达8倍（即使用商业化文库制备方案中使用的所有试剂的13%）。与未进行小型化的相同文库制备方案相比，成本节省高达 54.5%，与黄金标准（使用RNeasy Plant Mini Kit（Qiagen, Germany）进行RNA提取和使用TruSeq RNA Library Prep Kit v2 (Illumina, USA)进行文库制备）相比，成本节省高达 86.1%。随后，作者也对所得测序数据及其应用场景进行严格的质量控制分析，未发现任何由文库小型化引起的偏差或不准确的现象。

因此，作者认为本研究中所制备的所有文库都是高质量的，并且可以广泛的应用到多种项目中。作者也认为，即使所需的测序reads的增加可能会引起的潜在效率下降也没有改变这样一个事实：即作者在本研究中提出的方法是一种简单的，可以降低 RNAseq 文库制备成本，且无需较长的时间投入和昂贵的实验室自动化设备需求。

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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