南京林业大学曹福亮院士团队开发植物可变剪接快速鉴定新方法

近日，南京林业大学曹福亮院士团队在生物学TOP期刊《New Phytologist》(IF5-years: 10.5)发表了题为“QuantAS: a comprehensive pipeline to study alternative splicing by absolute quantification of splice isoforms”的研究论文。南京林业大学为第一完成单位。南京林业大学生科院植物学博士研究生宋宇宸为论文第一作者，生科院朱福远教授、林草学院曹福亮院士为通讯作者。美国科罗拉多州立大学也参与了此项研究。

可变剪接（AS）是一种转录后调控机制，其大量参与植物生命活动的调节，具有重要意义。随着高通量测序技术的发展，数量众多且结构复杂的剪接本的鉴定和定量成为难点。目前木本植物内的可变剪接研究还较少，以木本模式植物杨树为代表的可变剪接研究能够很大程度上提高对于林木生长发育与抗逆机制的了解，有效挖掘林木抗逆新基因，为林木增产抗逆研究提供新的视角。

曹福亮院士研究团队开发了一种快速鉴定植物可变剪接事件的方法QuantAS，该方法基于绝对定量PCR技术，通过特异性引物对不同剪接本进行精确定量。QuantAS根据剪接本的蛋白编码区结构，进行剪接本的重新分类，减少了重复鉴定。利用特异性引物与绝对定量技术确定不同剪接本的拷贝数与表达情况，有助于进一步理解植物生命活动的调控模式，同时，相比较于传统的半定量RT-PCR，QuantAS在AS鉴定中更具优势，除了灵敏度高、兼容性强、操作简单、鉴定成本低等特点，还能够显著降低PCR过程中的扩增偏好性，也可以在一个反应中检测多个转录本，适用于对转录组数据的高效验证。QuantAS的高效鉴定让该方法在多个植物学研究领域具有广泛应用前景，例如一些疾病的marker突变检测，或辅助植物系统进化领域的研究等。该论文以杨树发生可变剪接基因为例，描述了QuantAS的特点与优势，并提供了完整详实的操作步骤，为植物基因可变剪接的研究提供了强有力的工具。

曹福亮院士团队由一批团队意识强、理论功底深、科研水平高、成果丰硕的跨院系和跨学科的中青年教师组成，包括经济林树种分子遗传育种、精准栽培、高效利用、科学普及等四个方向，系统开展银杏、红豆杉、蓝莓、枸杞、红花油茶、文冠果等重要经济林树种；阿里沙棘、江孜沙棘、红柳、乌柳等西藏地区重要经济生态树种；云南滇金丝猴和陕西佛坪大熊猫保护区重要生态树种和竹种等三个版块的创新研究，努力探索开展有组织科研、建设一流科研平台、产生一批高水平创新成果、培育一支优秀科研人才的改革和创新之路。

来源：南京林业大学

转自：“植物研究进展”微信公众号

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