数据库攻略 | 一文了解蛋白质分类、蛋白质结构、功能和相互作用分析的数据库

蛋白质是氨基酸的聚合物，二十种不同类型的氨基酸天然存在于蛋白质中，根据构成多肽主链的氨基酸的类型、数量和序列，蛋白质彼此不同。蛋白质是生物体内执行各种功能的复杂分子，在DNA复制、转录、翻译等多个细胞过程中发挥作用。

了解蛋白质的结构、功能和相互作用对于理解生物系统的底层机制和开发新的疾病治疗方法至关重要。

蛋白质分析工具提供了研究蛋白质结构、功能和相互作用的方法。这些工具使用各种技术，包括序列分析、结构预测和相互作用分析，以洞察蛋白质的特性。蛋白质分析包括蛋白质分类、结构预测以及相互作用分析。

ExPAsy：蛋白质分类

蛋白质分类根据蛋白质的序列和结构相似性将蛋白质分为家族。这种分析有助于研究人员了解不同蛋白质之间的进化关系，并识别具有相似功能的蛋白质。

ExPASy 是一个生物信息学资源网站，提供对各种蛋白质分析工具的访问。ExPASy 还包括一个蛋白质分类数据库，允许研究人员根据蛋白质的序列和结构相似性搜索蛋白质。该数据库包括有关蛋白质家族、域和结构的信息，并为蛋白质分析提供了宝贵的资源。

ExPASy 还提供对其他几种蛋白质分析工具的访问，包括用于蛋白质结构预测、蛋白质功能预测和蛋白质-蛋白质相互作用分析的工具。这些工具是免费的，提供了一种分析蛋白质数据的便捷方式。

PDB：蛋白质结构预测

蛋白质结构预测是根据蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构的过程。这种分析有助于研究人员了解蛋白质的结构和功能，并确定潜在的药物靶点。

PDB是一个蛋白质结构数据库，提供了丰富的蛋白质三维结构信息。它包括蛋白质、核酸、小分子和复合物的结构。PDB广泛应用于科学界，为蛋白质结构预测提供了宝贵的资源。

PDB 包含超过 170,000 个蛋白质结构，并且该数据库会定期更新新结构，数据库提供了一个搜索工具，使研究人员可以根据蛋白质的序列或结构搜索蛋白质。

STRING：蛋白质-蛋白质相互作用分析

蛋白质-蛋白质相互作用分析是识别与特定蛋白质相互作用的蛋白质的过程。这种分析有助于研究人员了解细胞过程背后的蛋白质网络并确定潜在的药物靶点。

STRING 是一个蛋白质-蛋白质相互作用的数据库，为研究蛋白质网络提供了全面的资源。它包括有关蛋白质相互作用的信息，以及有关蛋白质表达和功能的信息。

STRING 广泛应用于科学界，为蛋白质-蛋白质相互作用分析提供了宝贵的资源，包含来自 5,000 多种不同生物的超过 2,400 万种蛋白质的信息，并且该数据库会定期更新。该数据库也提供了一个强大的搜索工具，使研究人员能够根据蛋白质的序列或功能搜索蛋白质。

来源：生物信息技术

转自：“MDL科研助手”微信公众号

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