PBJ | 四川农业大学黄琳凯团队建立我国首个以牧草为主的多组学数据库平台

美洲狼尾草一类的millets是抗非生物胁迫能力强、营养丰富的禾本科优质牧草及粗粮。因此，可保证生活在极端气候条件地区人们的粮食安全，并为其它作物提供了与耐非生物胁迫有关的遗传资源。由于millets的重要性日益显著，联合国宣布今年是Millets年（International Year of Millets 2023）。随着组学技术的快速发展，相关数据量日益激增，但对于大部分科研工作者来讲，利用数据快速挖掘基因仍是挑战。目前尚未有一个全面、系统的millets多组学数据分析平台，严重阻碍了重要候选基因的挖掘和分子育种进程。

为此，四川农业大学草业科技学院黄琳凯团队开发了一个免费、易操作、数据全面，功能多样、以狼尾草为主的多组学数据库平台(Milletdb, http://milletdb.novogene.com/)。Milletdb包含millets一类7个属的基因组和1800份不同的组学数据，包括了图形泛基因组学、基因组、转录组学、表观基因组学、变异组学和表型组学等数据。Milletdb还集成了20种实用工具，可以帮助用户从多角度(同源搜索、序列blast、性状)快速识别单个基因，从多个层面(转座子、转录因子、表达水平、蛋白水平)构建调控网络，并表征基因集(序列特征、表达模式、功能富集)。可快速查找候选基因及基因的相关信息。

Milletdb是迄今为止最全面的millets类以及狼尾草多组学数据库，也是我国首个以牧草为主的多组学数据库。它包含并可视化了大量的多组学数据，使得用户可以从对单个基因的研究扩展到遗传网络的水平。Milletdb界面友好、双语，并提供所有工具的操作手册。可有效助推狼尾草类的基因功能研究和分子育种进程。

论文“Milletdb: a multi‐omics database to accelerate the research of functional genomics and molecular breeding of millets”于2023年8月3日正式发表在学术期刊Plant Biotechnology Journal（IF 2023=13.8）上。四川农业大学（第一作者和第一通讯作者单位），四川农业大学孙敏博士、弗吉尼亚理工大学/佐治亚大学严海东博士后、四川农业大学研究生张爱玲为该论文的共同第一作者，四川农业大学黄琳凯教授和福建农林大学朱方捷教授为论文的共同通讯作者。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/pbi.14136

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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