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科研工具

497条记录

  • 1.这种加了“小竖线”的组合图如何画?

    [摘要]:在展示和比较数据(比如基因的表达量、物种的丰度等)分布情况的时候,除了最为常见的箱形图和小提琴图,我们也可以试试其他更为新鲜一点的展示方法。之前在《高分文章中那些“飘逸”的曲线图如何绘制?》一文已为大家介绍过如何使用R语言绘制好看的核密度曲线图,这里再为大家介绍一种看起来更加炫酷的一种作图方法,作图效果如下。作图方法其实比较简单,无需编程,简单几步就可出图。下面就以具体的范例数据,看下如何绘制吧!... [发表时间:2022/8/10 8:43:19]

  • 2.维恩图还能筛选阈值?玩转3种维恩图绘制!!

    [摘要]:维恩图(Venndiagram)想必大家都不陌生,可以展示不同集合间的共有、特有信息,除了测序数据分析,其余场景同样适用。OmicShareTools目前已上线3个维恩图工具,三者在结果及功能上也略有不同,适配多种情况。工具链接:https://www.omicshare.com/tools/维恩图当分组为2-5组时,出图结果为普通韦恩图。可以展示出各组特有、以及组与组间共有的元素个数,点击图上的... [发表时间:2022/8/10 8:41:26]

  • 3.如何将通路图导入到Cytoscape中?

    [摘要]:安装插件首先,通过App菜单下的“AppManager”进入Cytoscape的插件管理器。App菜单下的其他选项为之前已经安装好的一些插件。在插件管理器中的Search栏中,只需输入插件的名称(如这里只需前几个字母wiki)可快速找到相应的插件,用鼠标选中相应的插件后,点击Install按钮即可开始安装。导入通路图导入Wiki网络图的方法有两种,第一种方法是通过File菜单下的Import命令导... [发表时间:2022/8/10 8:39:31]

  • 4.如何绘制高分必备的各类常见图表?要学就 all in!

    [摘要]:在探索数据时,如何做到快速又轻松获得漂亮的发表级图表呢?今天给大家推荐一款基于ggplot2的可视化R包grafify,包中内置多类科研人所需的常见图表和配色方案,代码简单,并且不同图表函数的参数逻辑一致,学会一个基本就能allin全部图表的绘制方法!发表级的散点柱形图、箱线图、箱线蜂群图、组合小提琴图、QQ图、密度分布曲线图、直方图、前后配对连线图,今天让你全部一次学会!#包的安装与载入:ins... [发表时间:2022/8/10 8:36:19]

  • 5.接力AlphaFold,星药科技发布TBind,开启分子蛋白复合物结构预测新纪元

    [摘要]:继2018年、2020年的两代 AlphaFold 的横空出世后,蛋白质结构预测已经接近实验精度,为计算赋能药物研发领域打下了坚实基础。在药物研发漫长的研发环节中,分子与蛋白质的相互作用预测是下一个计算赋能药物研发领域的“圣杯”。近日,星药科技在预印本平台bioRxiv发表了题为:TrigonometryAwareNeuralNetworKforDrug-ProteinBindingStructu... [发表时间:2022/8/5 9:26:31]

  • 6.T检验:从理解到应用

    [摘要]:通常我们实际工作面对的数据差异性并不是那么显著,而为了消除人为的主观臆断,就不得不引入统计检验。T检验是一种常用作均值判断的统计检验方法,Excel数据分析加载项和SPSS会是我们经常使用的工具,在下面会给出两种工具对应的实际操作步骤。单样本T检验:常用于样本均值与总体均值的比较。独立样本T检验:常用于两个独立样本之间均值的比较。配对样本T检验:常用于在某种程度上相关的两个样本之间均值的比较。这个... [发表时间:2022/7/29 8:54:50]

  • 7.你需要懂一点儿“Agent建模”

    [摘要]:作者:S.Gabbriellini来源: 复杂系统与计算社会学无论是危险病毒在全球范围内的传播,由少数分子引发的城区意外骚乱,还是政党派系和议会选举,人们发现:已经越来越难以理解(更不用说预测)这些复杂社会现象究竟如何是展现的了。集体行为不仅难以预测,而且在社会角色层面往往也是不受欢迎的。当众多个体行为聚集在一起时,我们可以在全局范围内观察到那些导致(不良)后果的强行为模式(比如谢林模型)。高级分... [发表时间:2022/7/29 8:53:43]

  • 8.质谱检测,你需要知道的原理和参数

    [摘要]:相比于表观修饰、转录、翻译过程,处于转录下游产物的蛋白质、代谢物往往具备更强的表型解释能力,这两个组学也常作为上游调控机制(如:基因的转录、翻译过程)的延伸,将基因调控与表型响应关联起来,多角度阐述表型差异的内在调控机制。不同于具有A、T、C、G、U碱基序列信息的DNA、RNA。蛋白质、代谢物则是由元素(C、H、O、N等)构成的立体化合物,想依赖测序技术获得大量的蛋白质、代谢物种类和丰度信息,目前... [发表时间:2022/7/28 10:53:10]

  • 9.如何查找目标基因的详细信息?

    [摘要]:基因的功能研究是生命科学研究中非常重要的一部分,而如何查找感兴趣已知基因的信息就显得非常重要。之前在《如何查找感兴趣基因的信息?》一文已经为大家介绍过一种方法,这里再为大家介绍一个类似的数据库。数据库的首页如下:数据库链接:https://www.genecards.org/关于目标基因信息的查找,共有两种方式,一是输入关键词直接搜索基因信息,二是通过ExploreaGenes输入框直接查找基因,... [发表时间:2022/7/28 10:49:48]

  • 10.SCI论文作图 | 四大原则与四大软件

    [摘要]:原则一:分辨率多数期刊对不一样的图也会有不一样的要求,一般来说有三种要求:1.lineartwork(纯纯的黑白图,没有中间颜色)。是要求最高的,1200dpi以上。2.combiantionartwork(halftoneartwork与lineartwork的组合,或彩色图与lineartwork的组合)。属于中间档,600dpi以上。3.halftoneartwork(颜色深浅有差别的灰度图... [发表时间:2022/7/28 9:51:00]

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