环境DNA

环境DNA作为一个方法手段，被应用生态学中的生物监测，本人就浅谈一下环境DNA。

基本概念

环境DNA(eDNA)：

是指可以从环境样品(如水、土壤、空气、冰芯等)中直接提取到的DNA片段的总和，是来自微生物、动物、植物等不同物种DNA的混合物，既包含生物体经由皮肤、尿液、粪便、粘液等释放到环境中表皮细胞中的胞内DNA，也包括细胞死亡后裂解释放到环境中的胞外DNA。

（Helen C.Rees，2014）

环境DNA技术：

从环境样本中捕获DNA，并对其进行保存、提取、扩增、测序和分类，进而确定取样环境中生物的分布状况。

（Kristy Deiner et al，2015）

DNA条形码：

是通过一段或几段短的、通用的标准DNA 序列对物种进行识别和鉴定的技术。即利用有足够变异且容易扩增的相对较短的标准DNA片段，在种内的特异性与种间的多样性中建立的一种新的生物身份识别系统，从而实现了对物质进行快速、准确的识别和鉴定。

( Hebert et al，2003)

高通量测序（HTS）：

是相对传统测序（桑格测序）一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定。同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序。

(Kircher et al, 2010)

可操作分类单元（OTUs)：

通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性，继而设置特定的分类阈值，获得同一阈值下的距离矩阵，进行聚类操作，形成不同的分类单元。

(Blaxter et al，2005)

方法流程

根据不同的采样来源可能方法流程有所差异，因为水生生物研究的较多，所以介绍偏向于水生生物。

信息学分析的软件等都是基于自己使用过的，可以根据自己的情况进行选择。

应用

可以根据样品来源、目标物种、研究方向进行区分。

总结

环境DNA作为一种调查手段，不能取代传统调查方法，因为虽然其能快速高效调查物种，但是也存在着一定的缺陷。

并且环境DNA可以结合建模、地信等应用到更广阔的领域。

最后分享一些有关eDNA的网站和视频

网站：

http://dnaqua.net/

https://ednasociety.org/en/about-2/

https://www.earthwatch.jp/?product=edna

视频：

http://www.cornell.edu/video/ruth-richardson-lab-water-monitoring-technology-new-york-state-parks；

https://www.usgs.gov/special-topics/water-science-school/science/environmental-dna-edna?qt-science_center_objects=0#multimedia

转自：黑犬的科研干货

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