如何“白嫖”高大上的单细胞分析
2022/6/6 9:09:50 阅读:271 发布者:
自2019年被Nature期刊评为最值得期待的生物技术之一以来,单细胞测序技术一直被认为是文章和课题中的高端技术。谁都想自己的课题里能有单细胞分析的图。
但自己样本测序价格又很贵,用公开的单细胞测序数据吧,又不会代码...
科研者之家家族的临床生信之家,近日上线了单细胞可视化分析工具,全程零代码,鼠标点点点就可以实现“高大上,公司动则大几千”的单细胞分析。
首先进入到官网www.aclbi.com,首页可以看到很多功能模块,我们选择单细胞Single Cell。
这个工具整理了GEO数据库里公开的的单细胞数据,可对样本进行可视化的样本选择,再分组,数据预处理,分群鉴定,组间或细胞群之间分析等,全程无需任何代码基础,鼠标点点点就可以高清出图和对应的原始数据。全程按照顶部导航栏按步骤操作就行啦。很贴心,每一步都会有视频介绍。
第一个框是样本选择,输入框里输入关键词,就可以搜到感兴趣的单细胞数据了。
比如,标题搜索乳腺癌,就是乳腺癌的单细胞数据,然后点看样本,就可以看到单个样本,然后选中,就可以将其保存至我的样本库用于后期分析了。
第二个框是数据预处理,主要用于细胞质控,批次去除。可以默认参数,也可以根据意见调整。
第三个框就是开始分群鉴定,主要细胞群图分析,寻找每个cluster的Marker基因以及细胞群重命名。
最后的两个框就是根据重命名后的细胞群进行各种分析啦,比如看不同分组的细胞比例差异、某个基因在不同细胞群的表达(x基因在T细胞,B细胞之间的差异),不同细胞的Hallmark通路表达差异,不同细胞的代谢差异等等。
怎么样,以上公司要大几千的单细胞分析,这个工具全部都可以鼠标点点完成哦,高清分析图,原始数据都有啦。
分分钟实现单细胞自由
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