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复现Cell图表:双侧柱状图展示上下调GO富集结果

2022/6/1 10:49:01  阅读:290 发布者:

今天我们做一下这篇《Cell》文章的富集结果图。

这是一个双侧柱状图,特点是,可以理解为上下调分开展示。当然,还可以将P值等信息添加在图上。其实我们之前好几篇文章做过双侧柱状图,但不足之处是没有像这篇文章一样,坐标轴位于中间,且通路分别展示在两侧,以及添加更多信息!

接下来盘它!

读入数据,可以将上下调提前标记分开。

setwd("E:/生物信息学/复现Cell双侧柱状图GO")

A <- read.csv('GO.csv', header = T)

library(ggplot2)

library(tidyverse)

A$group <- ''

A$group[which(A$ratio >0)]='up'

A$group[which(A$ratio <0)]='down'

ggplot作图:

ggplot(A,aes(reorder(Description, ratio),ratio,fill=group))+

  geom_col()+

  theme_bw()+

  theme(panel.grid.major=element_blank(),

        panel.grid.minor=element_blank(),

        panel.border = element_blank(),

        legend.title = element_blank(),

        axis.text = element_text(color="black",size=10),

        axis.line.x = element_line(color='black'),

        axis.ticks.y = element_blank(),

        axis.text.y = element_blank(),

        legend.position = 'none')+

  coord_flip()+

  geom_segment(aes(y=0, yend=0,x=0,xend=18.5))+

  geom_text(data = A[which(A$ratio>0),],aes(x=Description, y=-0.01, label=Description),

            hjust=1, size=4)+

  geom_text(data = A[which(A$ratio<0),],aes(x=Description, y=0.01, label=Description),

            hjust=0, size=4)+

  geom_text(data = A[which(A$ratio>0),],aes(label=Padj),

            hjust=-0.1, size=4, color='red')+

  geom_text(data = A[which(A$ratio<0),],aes(label=Padj),

            hjust=1.1, size=4, color="red")+

  scale_fill_manual(values = c("#1084A4",

                               "#8D4873"))+

  scale_x_discrete(expand = expansion(mult = c(0,0)))+

  ylim(-0.5, 0.5)+

  labs(x='', y='Ratio')

转自:KS科研分享与服务

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