一个科研小白开始做科研完成一篇论文,那么他大致需要先经历以下几个阶段:
查文献选题:具有充分临床意义的课题(选别人没有做过的边角想法)
查文献做题:标准的分析流程、统计学方法(依葫芦画瓢)
查文献写题:学习别人精炼的词句(改改主语宾语)
借用组里师兄师姐们的话讲就是:“从文献中来到文献中去”,“文献是最好的老师~”
换句话总结起来就是:查文献,查文献,还是查文献。可见查文献和会查文献的重要性。
而一说到查文献,大家肯定立马想到,几乎所有科研打工人天天都要接触到的文献检索神器——PubMed。
对于PubMed, 相信做科研的大伙都是很熟悉,也是用的非常6的啦。
不过有的小技巧可能有的小伙伴还不曾知道,或者是知道又这么一个功能但是没有善于运用。
小编作为一名刚刚入门接触科研的小白,在这里和大家分享一些自己的用法技巧心得,与大家交流学习,希望对大家查文献选题、做题、写题有一定帮助~~
PubMed的概况
先来介绍一下pubmed~
PubMed是由美国国立医学图书馆的国家生物技术信息中心研制的基于Web的文献数据库,是世界上权威性的生物医学书目型数据库。
网址:
PubMed (nih.gov)
收录地区:
全世界范围内70多个国家和地区近8000种生物医学类期刊论文
收录时间:
从1946年开始,部分期刊回溯至创刊年
收录语种:
主要收录英语语种期刊(占87%),少部分其他语种期刊(国产中华牌杂志也是有的哦)
学科范围:
涵盖基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、营养卫生、药理和药剂学、预防医学、卫生管理、医疗保健和情报科学领域,2000年起新增生物、环境科学、海洋生物、生物医学工程、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学领域
做科研的同学不会有人不用PubMed吧,不会吧不会吧,不会有人用zhiwang吧🐕
PubMed的基本检索策略
敲重点敲重点~怎么又准有全地查文献~
自动词语匹配检索
在PubMed中输入有实际意义的检索词检索,系统会按照自动词语匹配的原理进行检索。
这里简单理解就是在文献全文范围内查找所输入的词语。
举个例子,如下:
在PubMed框中输入peripheral artery disease词条检索。
那么,PubMed具体执行的策略会是:
先是在主题词中寻找,然后在全文范围中查找所检索的词条。
因此,当你想要peripheral artery disease这个字段连续出现在全文当中的文献:
而不是这样的文献:
那么你需要加上“”进行精确检索“peripheral artery disease”。
Mesh主题词检索
这个是非常推荐的检索方式,查全率和查准率都很高。
PubMed采用的主题词表是由美国国立医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings ,简称MeSH) 对所收录数据进行主题标引,具有规范化、动态化、单一性等特点。
不过并不是所有的词条都有主题词。
进入的办法是点击PubMed主界面的右下角MeSH Database
随后进入到此界面,输入你想要查找的词条
然后点击add to search builder,最后再点击search PubMed就可以啦。
当然,有的时候可能没有MeSH就不会出现结果,或者是出现多个相关的MeSH词,这时候选择其中一个自己所想查询的,用类似add to search builder,最后再点击search PubMed即可。
字段限制检索
点击PubMed检索界面下的Advanced(高级检索)进入可方便选择
界面左侧点击即有多个字段限制选择,诸如author、title、abstract、journal字段进行检索。
这里说到author字段检索,在小黑屋听过读书会分享的小伙伴应该都知道,小黑屋的师兄师姐们在分享大咖文献的时候都喜欢在开讲前介绍一下文献大咖既往的研究情况。这里的话就可以:
①先找到PubMed作者标准著录格式:姓在前用全称,名在后用缩写。然后在高级检索中选择使用作者字段[author]方式检索,如Zhong NS[author]。
②或者直接在PubMed文献下面作者目录中点击作者即可
。
如下。但有时可能需要到增加检索作者地址来查准。
③还可以到researchgate网站上查找
截词检索
在词后加*,如heart attack*,*可代表其他字母。
但要注意的是截词检索将关闭PubMed的自动单词匹配功能以及MeSH主题词的扩展检索功能。
布尔逻辑组配检索
包括AND, OR, NOT。
可在高级检索界面中轻松实现:
或者在界面下方的history中选择
最后是检索结果的导出和保存
在检索结果界面中点击Save,选择要保存的文献和格式(可以保存为PubMed格式、CSV格式等),然后点击create file即可
这里给大家补充一个小技巧:
如果大家想详细查阅某一领域文章时,可先通过查询一篇典型的meta分析范文(做过meta分析的小伙伴应该很熟悉~),然后查看其检索策略(多在附件中),借鉴其检索策略就可以啦,具体大家可以去寻找范文查看一下
PubMed的MyNCBI
最后和大家分享一下PubMed中MyNCBI~
PubMed的MyNCBI是可以免费注册,注册之后才可以获得nice的便利。主要有以下两点:
永久保存检索策略以及追踪学术前沿
创建了MyNCBI之后,可以在检索结果界面中选择create alert或者在高级检索界面中选择create alert
然后弹出以下界面,这里可以选择保存的检索策略(search terms),订阅更新的邮箱,更新的时间频率,更新文献的格式(summary或者abstract等)。
可以说是非常方便,还能根据自己的检索策略侧重不同:
比如可以订阅心血管三大临床顶刊Circulation、EHJ、JACC杂志的文献更新;
或者是冠心病检索策略下所有文献的更新;
每天用自己的手机查阅自己的邮箱即可知道最新发表文章~
真乃秀才不出门,便知天下事呀~
过滤器设置
可根据个人喜好设置review或者不同影响因子的过滤器。
可在PubMed检索结果界面左边my NCBI filters点击可方便进入,然后再点击create custom filter即可。
小编这里设置了期刊影响因子大于10和大于15两个过滤器。
不过这里影响因子设置还需要另一项工具,也就是之前师兄师姐们推文当中曾推荐过的小插件- Scholarscope(之前免费使用,现在似乎要收点费用了)。
先在浏览器扩展当中搜索安装Scholarscope,安装好后点击Scholarscope,在弹出的界面中选择PubMed filter生成器生成相应的影响因子范围的代码,再复制到my NCBI filter中就行啦。
Scholarscope也是阅读文献的法宝之一,可以使得PubMed检索出来的文献标题下显示期刊名称、影响因子、分区排名、发表年限等,让人在PubMed阅读文献的过程中心情舒畅~
总结
最后小结一下~
PubMed是强大的生物医学书目型数据库(二次文献-经整理便于检索)
PubMed检索策略包括自由词语匹配检索、主题词检索、字段限制检索、截词符检索、布尔逻辑组配检索等
MyNCBI可提供文献更新订阅、影响因子过滤器设置
科研工具法宝Scholarscope插件
好了,关于PubMed的一些使用小技巧小编就分享到这里啦,如果你有哪些更好的PubMed使用小技巧也可以留言和大家分享呀~
转自:双鸭山科研小黑屋
如有侵权,请联系本站删除!