Discovery Studio教程药效团篇：安装PharmaDB药效团数据库

原创 利刃君 叮当学术 2022-05-06 11:15

药物潜在靶标的识别对于早期药物分子的研发、安全性评价和老药新用等领域都有着非常重要的意义，但是受制于通量、精度和费用的影响，实验手段的应用难以广泛开展。作为一种快速而低成本的手段，计算机辅助的靶标识别算法的开发正在受到越来越多的重视，发展快速、精确的靶标识别预测方法对于靶向性药物开发、药物-靶标相互作用网络图谱的构建和小分子调控网络的分析都具有十分重要的意义。

寻找靶标的过程，称为反向找靶，即建立表型活性和分子靶标的关系。目前，通过计算机辅助进行反向找靶主要有三种方法：反向分子对接（Target Fishing）、药效团模型搜索（Compound Profiling）及基于配体分子相似性分析（Lignad Similarity Search）。

我们在公众号之前的推文中为大家介绍了在Discovery Studio中基于PharmaDB药效团数据库进行反向找靶的方法，该文中使用到了PharmaDB数据库，因为有小伙伴提问为什么自己没有该数据库，其实是因为没有进行安装，这里就对PharmaDB数据库的安装方法进行介绍。

Windows系统：

首先我们需要找到PharmaDB数据库安装程序所在的路径：

\public\DS

路径为安装PPS时的目录，比如说利刃君这里的文件路径为：

D:\Software\DiscoveryStudio2020\PPS\public\DS

在该路径下找到“PharmaDB.exe”双击进行安装即可。

安装完成后，会出现“PharmaDBv3”文件夹，该数据库16034个复合物晶体结构构建的，包含超过250,000个药效团模型。

Linux系统：

Linux系统下安装PharmaDB数据库也是类似的，打开终端，进入相应文件路径，运行安装程序即可。

cd /public/DS

sh PharmaDB.sh

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