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复现20分高分文章图表:趋势变化气泡图

2022/4/26 16:29:23  阅读:284 发布者:

原创 TS的美梦 KS科研分享与服务 2022-04-25 10:20

又是《Journal of extracellular vesicles》这个期刊,看到一个折线图,点是用气泡显示的。有两个特点,第一折线图体现随时间的变化。第二,气泡的大小(size)表示值的大小。

图形如下,感觉很有用,所以复现一下。

接下来看看具体的操作吧。数据原文没有提供,所以手动创建了一份用于作图,趋势差不多哈。首先加载ggplot2,普通的作图步骤,设置点的size,将默认颜色替换,原文气泡设置了透明度,我们也设置。

setwd("F:/生物信息学")

A <- read.csv("气泡图.csv",header = T, encoding="UTF-8")

A$X.U.FEFF.expression <- 0.01*(A$X.U.FEFF.expression)

p <- ggplot(A,aes(x = Diameter,y =X.U.FEFF.expression,

group=group,color=group))+

geom_point(data = A, aes(size=X.U.FEFF.expression), shape=21,color='grey')+

scale_size_continuous(range  = c(0, 10),breaks = c(0, 20, 40, 60, 80, 100, 120,140,160))+

stat_summary(geom = 'line',fun='mean',cex=0.5,linetype=2)+

geom_point(data = A, aes(size=X.U.FEFF.expression), alpha=0.5)+

scale_color_manual(values=c('#6666FF','#FF66CC',"grey",'#66CC66'))

p

整个雏形出来了,最后调整下theme主题,背景白净,将坐标轴标签,legend标签修改下即可,就完成了。

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