Mol Plant | 华中农大构建柑橘多组学数据库

近期，华中农业大学生物信息团队陈玲玲教授课题组（现工作单位广西大学）和柑橘团队徐强教授课题组在Molecular Plant在线发表题为“Citrus Pan-genome to Breeding Database (CPBD): A comprehensive genome database for citrus breeding”的数据库文章，整合了柑橘属下多个物种的基因组、转录组、变异组和表观组的数据，开发相关在线工具，为柑橘的理论和育种研究提供了重要平台。

该研究构建的柑橘泛基因组辅助育种数据库CPBD (http://citrus.hzau.edu.cn/)涵盖17个柑橘物种的23个基因组、13种园艺作物的4038套转录组、167种柑橘资源材料的变异组数据以及44个柑橘样本不同组织和发育时期的DNA甲基化组数据，为目前已发表的最新和最为完整的柑橘基因组、表观组和园艺作物转录组数据集。同时提供23个基因组的同源基因查询、共线性区块分析和基因功能/通路注释等信息。

CPBD提供了多样的查询方法，以表格和可视化方式展示查询结果，保证展示全面和准确的同时方便用户在不同尺度上查询数据。同时，该数据库还提供了实用的分析工具包括基因搜索、序列获取、BLAST、基因ID转换、KEGG/GO富集等常规分析工具，此外还提供了CRISPR设计和全基因组关联分析 (GWAS)两个实用的功能挖掘模块。基因编辑作为高效的育种手段，其精确选择敲除位点依赖于组装完整的基因组，“CRISPR设计”模块可以用生物信息手段寻找目标片段上的可能敲除位点，并计算在全基因组范围上的潜在脱靶位点，为基因编辑相关研究者提供参考。GWAS模块充分发挥平台具有丰富的基因组和变异信息这一优势，能够在线运行GWAS，将性状和基因组位点进行关联。

此前，柑橘相关数据分散在多个不同数据库中，少数几个柑橘数据库也只涉及单一类型数据，CPBD是目前能够提供最全面的多组学数据检索平台，页面简洁、用户友好。该研究不仅为柑橘理论研究和育种实践提供重要支撑，同时也为其他作物整合和利用多组学数据辅助育种提供了参考。

华中农业大学博士研究生刘韩明子、王霞研究员为论文共同第一作者，陈玲玲教授和徐强教授为共同通讯作者。该研究获国家重点研究开发项目、国家自然科学基金和湖北省自然科学基金项目资金资助。

转自：“植物科学SCI”微信公众号

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