Molecular Plant和Cell Research杂志同时发表论文评论超级图形泛基因组研究

近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所与中国农业大学、南京农业大学、中国水稻研究所、中国科学院遗传与发育生物学研究所等单位合作，7月12日在国际期刊《细胞研究（Cell Research）》在线发表了“A super pan-genomic landscape of rice”。该研究基于水稻的地理分布来源、基因型和表型变异，精心选择了具有高度代表性的251份水稻材料，包括202份亚洲栽培稻核心种质材料，28份普通野生稻、11份非洲栽培稻和10份短舌野生稻，并对它们进行长读长纳米孔（Nanopore）测序、从头组装、基因组充分注释等分析工作。构建了目前植物中群体规模最大的、基因组充分注释的、稻属中最为系统的超级泛基因组，该图谱的完成将极大地促进水稻功能基因挖掘和水稻种质资源利用。

7月16日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜研究员团队在《分子植物（Molecular Plant）》杂志发表题为“Super graph-based pan-genome: bring rice functional genomic study into a new dawn”的评论文章。评论文中高度肯定超级水稻泛基因组图谱相关工作，认为该泛基因组图谱的完成，对构建大规模群体水平泛基因组和水稻功能基因研究来说都是一项里程碑式的工作。这些基因组信息对水稻基因功能研究和种质资源利用具有重要的科学意义和实用价值，将给水稻功能基因组研究和分子育种带来新的曙光（图1）。

图1 | 水稻超级泛基因组图谱（Liu et al., 2022, Molecular Plant）

7月12日，《细胞研究（Cell Research）》杂志也发表了圣路易斯华盛顿大学Kenneth M. Olsen教授对于该工作的评论文章“The rice pangenome branches out”。Olsen教授认为基因组相关研究的贡献不仅取决于单个基因组的组装质量，也取决于其包含的自然变异多样性。Shang等人发布了第一个包含亚洲栽培稻和三个近缘物种在内的水稻“超级泛基因组”，该研究加深了我们对于水稻基因组的理解，相关种质资源及数据也对基础研究有重要价值。

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41422-022-00685-z

Molecular Plant评论文章链接：

https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.07.005

Cell Research评论文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41422-022-00699-7

转自：iPlants

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