Genome Biology︱中国科学院昆明植物研究所联合芝加哥大学等讨论融合基因鉴定及起源演化问题

由两个或两个以上的母基因融合而成的新基因，能够绕过漫长位点突变演化带来的有害步骤，对于理解生物的表型演化至关重要。然而，没有外类群参考的情况下，我们很难将基因融合与基因断裂事件区分开来。

为了深入研究融合基因起源及演化，2022年6月15日，中国科学院昆明植物研究所种质库章成君课题组（http://bioinfor.kib.ac.cn/；周艳丽博士为第一作者）联合芝加哥大学龙漫远教授和阿卜杜拉国王科技大学Rod Wing教授在Genome Biology杂志（IF = 17.9）上发表研究型长文（Article）：Gene fusion as an important mechanism to generate new genes in the genus Oryza，开发了一个新的流程去动态鉴定融合基因，讨论起源演化机制。

研究选取了稻属10个种进行分析，以4个年轻物种为目标种共鉴定到310个融合基因，基于此平均估算的融合基因起源速率为63融合基因/物种/百万年，基于SNP calling的遗传群体固定频率约为16融合基因/物种/百万年，其速度远高于果蝇等物种的融合基因起源速率。基于转录组测序数据，我们发现超过44%的融合基因能够表达且90%的融合基因对受到强烈的纯化选择，表明其可能具有潜在的生物学功能。进一步CRISPR/Cas9敲除实验表明这些融合新基因能够调控种子萌发、根长和茎长等表型，且在干旱逆境胁迫中响应最为明显，因此可能对于其适应干旱具有重要意义。

总的来说，本研究对于理解新基因打开了崭新的视角，并为大数据时代基因组分析提供了方法和理论借鉴。

Genome Biology

doi:10.1186/s13059-022-02696-w

转自： BMC科研永不止步

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