学术论文的类型与格式
学术论文都有着一定的规范。同样是顶尖科研期刊，《自然》和《科学》的论文就和PNAS的论文有着格式不同，甚至同样在《科学》上，ResearchArticle和Reports两种类型的论文都存在不同的细节。
学术论文常见的无非是所谓research article(狭义的论文，全长论文)、breifreport(communication等等所谓的短文)以及review(综述)。
如果你是第一次写论文，基本没有导师会把综述重担交在你身上，你一般会遇到的类型会是全长论文或者短文，这两种论文格式大致相同。
不过，不同的期刊对格式要求区别很大，需要在投稿前查阅期刊的说明。
大致来说，有些期刊（比如PNAS)需要把方法放在文章最后，而开篇的引言非常短暂，需要马上引出结果(results)部分，然后承接讨论(discussion)。而不少期刊还是遵守了传统的论文格式：从引言到方法，到结果再讨论。
这些差异看似只是把不同内容组建闪转加腾挪位置，但由于组合位置不同，写作方法也完全不同。比如PNAS这样的论文，开头部分不是严格的引言，而需要以写讨论的方式来写，一些短文通信(letter,communication)中尤其如此。
所以，最好的方法是翻看你们领域在目标期刊上的发表，仔细剖析其他人在每一段都表述了什么意思。
无论论文如何结构变化，摘要部分都是论文的初始。如何写好摘要有着很大难点，核心就是要用有限字数（一般会限制150字或250字）介绍研究的上层问题（一句），以及本研究的具体问题(一句到两句)，之后介绍本研究的大致方法（一句），以及暂述实验结果（一句）。
最后，总结实验结果（一句）以及展开实验意义（一句话）。
除此之外，你也要准确的写好致谢(acknowledgement)部分和作者分工(authors,!contribution,一些期刊强制)部分。前者一定要注意写对经费支持的所有细节，后者需要详述每个人的具体分工。
最后，千万别忘了小心引用格式，一定不要嫌麻烦，学会引用管理软件（如endnoteR)。用这些软件可以直接按照期刊要求调整所有格式，毕竟「人工的越少，犯错的越少」，不妨把工作交给机器。
初稿与投稿：一切的第一步
一般来说，你的初稿毫无疑问会被导师「毙」掉。接着，导师可能会找你开会，反复告诉你修改那些地方，又或者是亲自下手修改，留下密密麻麻的批注，视不同导师的风格而定，只要扛住这段时间压力，修改个十次八次就能过了初稿这一关。
不少同学会在第一次看到密密麻麻的修改批注后觉得自己不行，其实大可不必。有一千个读者就有一千个哈姆雷特，同样的数据和结论，你和你的导师可能有完全不同的思路和阐述方式。
因此，写论文的思路和观点必然与你会有区别，听通讯作者的话修改就好。待论文稿件准备妥当，你就可以开始准备投稿事宜了。但投稿可不是发个邮件那么轻松，投稿的那几天可能会比写论文还要折腾。
如何选择投稿的期刊
投稿得看期刊。其实，大多数情况下，论文定稿是在期刊选择之后的，因为不同期刊有不同的稿件要求，而选择期刊大多需要导师拍板。
一位经验丰富的导师在看到的你的数据后，就会根据数据的意义和大致的贡献判断出来投稿的期刊档次区间，然后让你从其中最好的期刊开始尝试。
倘若导师对这篇论文领域也没有很好拿捏时，可以从以下两个思路选择期刊：
第一，从这篇论文所探究的小领域发的较多的期刊开始入手，在拓展新领域时候，总有一些导师不知道的东西，按照别人发表的地方来办肯定没错；
第二，按照研究的大领域的传统期刊开始投，再新的领域也是来自于传统的领域，按照经典期刊起步也不是坏事。
做好投稿的准备
倘若一切准备妥当，你需要在该期刊的系统注册，然后开始投稿步骤，比如完善资料和上传文档，基本按部就班就不会有任何疑问。除此之外，有三件事可能是你不熟悉的：
Cover letter
选择编辑
推荐审稿人
Cover letter是交给处理稿件的编辑看的。编辑在选择审稿前，会看你的论文题目、作者、摘要以及这一份cover letter,所以cover letter的写作极为重要，核心就是用一面纸阐述为什么你的论文值得被审稿和接收，所以一定要讲故事。
实验室一般都有传统，照搬即可。选择编辑一样重要。期刊会列出现在能主持审稿的编辑们。一定切记，审稿通过与否是编辑决定的，审稿人只提供意见。所以，一位熟识你的领域、认可你方法的编辑会对论文发表助力许多。
当你不熟悉时候，请把所有编辑的信息查一遍，你会看到他们的名字、学校，进入主页，阅读ta的领域，略读一下他们的论文，你自然会清楚找谁比较合适。
由于科研问题繁杂，很可能你找不到完全和你论文内容吻合的编辑，不过你依然可以找到最接近的编辑。
最后就是推荐审稿人。具体是推荐几位审稿人，以及建议避开几位审稿人。这时候你的导师就该出马给出意见，总之推荐你们领域的权威总不是坏事，然后避开对你们不友好的人即可。
切记，这都需要你的导师最终拍板，谁让他「认识」的研究者比你多呢？这就是「学术社交」的重要性了。
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