在论文中，「研究方法」一节必须回答以下两个问题：一是资料是如何搜集到或者衍生出来的，二是资料是如何分析的。换句话说，你要告诉读者你是怎样得到你的研究结果的。
但是为什么你须要解释你怎样得到你的研究结果呢？不习惯现代西洋人学术思考方式的华人研究者，对此也许会感到困惑不解。他们在撰写研究计划或者论文本文时经常不晓得要写些什么，尤其不晓得为什么要花那么大的力气去交代研究过程，好像过程比结果更重要 ──结果不对而过程对可以是好论文，反而结果对而过程不对就不是好论文，没有瞎猫抓到死老鼠这种好事。以下姑且依据西洋人对学术论文的可能想法，列出六点理由略加说明。这六点理由同时亦间接指示了我们应该往什么方向去交代我们的研究方法：
第一，因为研究方法会影响到研究结果。譬如说，如果你在探讨台北市捷运乘客对台北市捷运效能的看法，而你所使用的是可作多项选择的问卷而不是对个别乘客进行访谈，那么你所得到的结果就会有所不同。读者若知道你用什么方法得到资料，即有助于他评估你的研究结果是否有效和可信。
第二，同一个研究问题可以有多种探究方法，你必须交代为何你决定选用某种方法来研究，而舍弃别的相关方法。
第三，读者也想知道你得到资料的方式是否合于探究主题之常理。譬如说，如果你使用问卷调查法来探究台北市捷运乘客对于捷运效能的看法，而你的问卷中却只提供「1.非常好2.很好3.好」等三种正向选择的回答而完全不提供负向选择的回答，即不合于此种探究主题之常理。
第四，读者也想判断你所使用的研究方法是否协合于研究目标。譬如在上述所例举的探究中，你只个案研究一位乘客，这显然就不协合于研究目标。
第五，你也必须谈一下你如何预防本来预期会发生的问题，而假如真有问题发生时，你又如何把问题的冲击力道减到最低。
第六，如果你交代得够清楚的话，有时候别的研究者会直接采用或者变相借用你的研究方法论（研究方法交代方式），特别是你的研究方法论颇有新意，又或者借用者慧眼独具之时。
至于在全篇论文中又该在什么地方和以什么方式交代你的研究方法呢？当然最重要的是「研究方法」这一章节了。在这一章节中你必须集中而扼要地说明你的研究方法。不过，并不是在这一章节中交代过就算了事了。在论文的其他章节中，也须适时酌量附带说明一下。以下依论文章节安排略为提点一下：
【绪论】研究问题介绍、研究目标介绍、研究程序介绍、主要研究结果与结论之选择性介绍。
【文献回顾】回顾与你的研究问题有关的已有文献（针对它们如何界定、说明和正当化此一研究问题而谈）、回顾已有的相关研究方法论文献（同样针对它们如何界定、说明和正当化而谈）、回顾已有的相关研究结果文献（特别针对可信度等来谈）。
【研究方法】对获取资料的方式和分析资料的方式详加解释、对方法论问题及其解决办法和效果加以说明。
【研究结果及讨论】研究结果之呈现、关于研究结果之诠释与延伸讨论（譬如跟已有的研究结果作比较等）。
【结论】说明研究问题是否有所「解答」、在何种程度上本研究达成了目标、我们从此研究结果中学到什么、从此研究结果中所学到的知识有什么用、此研究有何缺点等等。
一般初学的研究者在交代研究方法时常犯有以下几种错误：
（1）无关的细节讲太多。
（2）不必要的初学者方法知识和程序细节仍然交代得清清楚楚，徒增篇幅。
（3）忽略了讨论搜集资料时所遇到的问题，以及没有交代如何克服困难和权衡轻重时的考量点。
以下介绍一些比较常见的研究类型：
【个案研究】(case study)对于一个或多个个人、团体、社群、企业或机构之背景、现况、环境和发展历程予以观察、记录、分析，就其内部和外部的诸种影响而言得出某些阶段性的变化模式来。
【比较研究】(comparative study)比较两个或多个情况之间的异同。
【相关与预测的研究】(correlation-spandiction study)求得一些因素之间在统计上有显著意义的相关系数，并且加以诠释，以作为预测未来类同情况之参考。
【评估研究】(evaluation study)判断某种计划或安排是否遵循预定的程序并且达成其明说的目标。
【设计与展示的研究】(design-demonstration study)建构、测试和评估新的体系或新的程序是否可行。
【实验研究】(experimental study)对控制其中一项或多项变异因素所求得的结果加以分析。
【问卷调查研究】(survey-questionnaire study)以问卷方式对某个特定团体的行为、信念和意见予以确定、报导并诠释。
【状态特性研究】(status study)对于一个或多个现象之代表性案例或者取样案例加以观察检验，以确定其特殊性格。
【理论建构研究】(theory construction study)寻找或描述一些可解释事物之所以如此运作的原理。
【趋势分析研究】(trend analysis study)分析目前事件之动力结构以便预测或预断事件之未来走向。
【概念分析研究】(concept analysis study)对于某些学术上使用的关键性概念作语意方面或逻辑方面的分析。
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