大部分稿件在被期刊采纳之前至少要修改一遍。尽管在大多数情况下，作者和科研人员在写稿时会下很大功夫，但最后仍需做或多或少的修改。对于大多数作者来说，在他们等待期刊做出反馈的那段时间，心中总是会有一种捉摸不透的既兴奋又焦虑的感觉。不管对审稿人的评论有何期待，或者后续做何反应，作者在对此类评头品足做出回应时都要遵守某些礼仪。在论文被最终接受前的这一阶段，作者往往要面临一个问题，就是如何写回应函。
一旦收到投稿期刊关于论文被要求做或大或小的修改时，作者都必须根据同行审稿人的意见或建议修改稿件。在向期刊提交修订稿时，要同时提交一封对审稿人意见逐条回应的函件，另外还要附一个对修订稿的说明函，和对审稿人意见的回应一起发送。该函件常被称为回应函（response letter 或rebuttal letter）。
在发送修订稿时，附一封得体的回应函很重要。写回应函有两种方式：
1. 写一个说明函，并附一个独立的文件来回应审稿人的意见。
2. 还可以将回应函分为两部分：引言部分写给期刊编辑，第二部分则列出对审稿人意见的详细回应。
信的开头要指出稿件的标题和编号，并要写一小段文字感谢审稿人抽出宝贵的时间提出中肯的建议。要说你感谢他们的建议，并指出他们的建议对你修改稿件有很大帮助。回应函如果能向审稿人提出感谢，那整封回信就表现出了积极的态度。例如：
Ms. Ref. No.: ABC-D-000000
Title: Levels of xxxx
Dear Editor,
We would like to thank you for giving us the opportunity to revise our manuscript. We have made revisions based on your kind suggestions and the reviewers’ comments. Changes in the manuscript are underlined in bold text for your convenience. Below is our point-by-point response to the reviewers’ comments. The revised manuscript has been proofread by native English-speaking experts of BioMed Proofreading®, LLC.
Reviewer 1
Thank you for reviewing our manuscript. It has been revised according to your suggestions and comments.
Comment1. xxx
Response: xxx
如果你的回应函分在两个文件里，就要在一个文件中概括地说明你根据审稿人的意见在稿件中做出了重要修改，要说明你另附了一个文件，里面有对审稿人意见的逐条回应。如果详细的回应在同一信函中，就要说明下一部分列出了你的回应。
回应审稿人意见可能并非易事，特别是在意见很多很长时。在回应审稿人意见时有几点注意事项：
1. 回应编辑和审稿人的每个意见：将每条意见逐条复制在你的回应函中，并在每一条之后简明地写出你的答复。确保审稿人/编辑提出的每一个问题都得到了回应。即使你不同意某个观点，或者没有按建议修改，也要指出这一点并说明这么做的原因。
2. 逐条回应：给审稿人的意见要加编号，并按顺序做出回应。在稿件中对相应的修改进行突出显示，或注明该修改在原稿和修订稿中的行号。可以考虑将审稿人意见设置为粗体或斜体字，以便将其与你的回应区分开。这会方便编辑/审稿人查看你所写的内容。
3. 将审稿人意见进行分类：如果意见过多，就最好对意见进行分类。比如说，所有与方法相关的意见可以归为一类，与语言相关的归为一类，等等。如果你要这么做，那一定要加上一句说明，比如“I have separated my responses to the reviewers’ comments according to several categories in order to achieve an integrated approach in my responses.”
4. 如果意见是以段落格式提出的，就要将它们分成几个要点：如果审稿人的意见写了几大段，那就要将它们分成几个要点，这样你就可以逐个回应。如果你不确定某个特定的意见是什么意思，那在回应时要先解释你对这条意见的理解。
5. 如果你觉得审稿人误解了某个意思，要礼貌地明确指出：审稿人是各自领域的专家，他们对该领域有广博的知识，如果你觉得审稿人误解了某一部分内容，那很可能是因为你的陈述不够清晰。遇到这种情况时，要礼貌地指出这个误解，并加以必要的澄清。例如，你可以这样写：“I am sorry that this part was not clear in the original manuscript. I should have explained that….I have revised the contents of this part.”
6. 如果你无法处理某个建议，要给出原因：如果你无法处理审稿人的任何一个意见，都要解释原因。例如，当审稿人要求你提供更多数据或进行更多实验，而你觉得没有必要时。避免提出个人原因，比如缺乏资金或没有时间。不要表现出消极的态度。回复时要有礼貌。首先，感谢审稿人的深刻分析和实用意见。接下来，解释你为什么不完全同意审稿人的建议。你的答复应该清楚并合乎逻辑，并要有事实依据，可以引经据典并列出参考文献。
7. 在添加新数据或图表时，要提及它们在稿件中的位置：如果你添加了新的数据、表格、图表等时，要指出你将该信息添加到了什么地方：要说明页码、图号等。必要时可附上这些资料，这样审稿人/编辑就有了所需要的一切资料，而不需要自己去文中查找。
8. 要从头到尾保持礼貌：要记住，为了评审你的稿件，审稿人花了大量的时间和精力。即使有些意见看起来是负面的，也不要觉得这是针对你个人。审稿人评论的是你的论文，而不是你本人，而他们的看法对你的论文很有价值。即使你感觉有些意见令人不快或没有道理，也要保持礼貌。有时候，几个审稿人的看法可能会相互冲突。但要记住，他们中每一位都会阅读你的回应函，所以最好对所有的审稿人都同样礼貌。回应函的语气非常重要。
9. 写出合适的结语：要注意回应函结尾的写法。下列结语可能听起来过于自负：“Since all the corrections have been made, we hope the manuscript will now be accepted without any further changes.”一个坦率但礼貌的结语是“We look forward to hearing from you regarding our submission. We would be glad to respond to any further questions and comments that you may have.”这样的结语正式而礼貌，并表明在必要时你愿意做进一步的修改。
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