生信SCI：
课题设计思路如何升级（三）？
科研的目的到底是为了什么，是为了发文章吗。其实发文章只是评估科研工作的指标之一而已。只要你身处科研中，大都需要文章。
而文章，怎么才能好发一点？或者说如何提高课题设计思路的水平呢？大多文章，除了研究分子富有创新性之外，机制的深度决定了该课题的深度。
1：高分文章
高分文章，机制必须是直接互作。在一个研究领域，首次发现了一个新的功能基因（一般是在动物模型上发现），去探讨，这个基因发挥功能下游是怎样的（直接互作下游）。
还可以往上游走，在一个领域中，是谁调控了他。举例说明：P53作为转录因子，下游调控基因有很多，基本上都是高分文章。那么P53的上游，调控他的基因，基本上是CNS的level了。
所以，看看CNS，别人在研究什么，我们借鉴来，用到我们自己的课题设计上。其实，不少人在这么做。但，走偏了，或者说借鉴思考程度太低，模仿重复的概率贼大。
人家发了nature，做的是乳腺癌。OK，我拿来到肺癌上做做。这种移植研究，从高水平的角度来说，不是借鉴。那应该怎么做呢。跟大牛们学，找这个基因A的相关基因B。找到新的基因B，分两类，这两类都可以作为高水平研究的目标。
1、在研究的功能领域是首次发现，这是OK的。这也是很多人所期望的。B基因跟A基因的关系，在这一类中，可以是直接关系，这是最好的，也可以是间接关系。获得间接关系的B（其实就是相关性的B基因），相对而言容易些。
2、在研究的功能领域，B基因报道过。这个时候，如果B与A的关系是直接的，也就是创新性在于这两者间的直接互作，这也是可以的。但如果是间接的，就不太好了。
往期 | 生信SCI：课题设计思路如何升级（一）？（单击查看具体链接）
往期 | 生信SCI：课题设计思路如何升级（二）？（单击查看具体链接）
2：具体思路（三）
假设，A基因在乳腺癌中已发表nature。现在需要找个B基因，作为我们肺癌课题研究的目的基因（仅举例，疾病均通用）。
一、A基因在肺癌中是否为功能基因
在肺癌细胞中，重复乳腺癌的功能实验。如果OK，再往下。这个是必须的。
二、A基因下游基因检测
在肺癌细胞中，干预A基因后做全基因组表达谱芯片，筛选差异基因（有些GEO芯片数据有）。获list A。这个list A中，就是A基因的下游基因。受A基因调控。但是否为直接调控，不知道。
三、A基因直接下游基因检测
这个地方就有两个方法了。一个是信息学预测。一个是实际实验。
信息学预测
公开数据库有很多。我们可以把A基因进行预测看看可调控哪些下游基因。获list B。
实际实验
CHIP on CHIP，或CHIPseq。不过做这个工作，需要找个好的CHIP抗体，获list C。
List B和list C取交集，获list D。
四、下游功能基因筛选
第三步，不管是通过什么方法，手上有啥list。都与list A取交集，交集基因进行功能实验筛选。获得list E。这里大家注意，这个功能筛选，成功率比其他方案要高。因为进入高通量的基因，是A基因的下游（A在细胞内干扰后的下游改变基因），而A的功能是明确的。
五、相关性检测
List E基因，进行临床相关性检测。
通过上述4步，获得A基因的直接下游调控基因B，B基因具有临床相关性及功能。可以继续往下做了。
3：思路plus
把四、功能筛选和五、相关性检测调整下顺序。
四、相关性基因筛选
肺癌，癌和癌旁进行全基因组表达谱分析。获得差异基因list H。注意，转录因子对下游基因的调控，是转录水平调控。所以，这里要用表达谱芯片进行筛选。
五、功能筛选
步骤三的A基因下游的基因list与list H取交集，进行功能筛选。这个方案中，功能筛选成功率会更高些，因为list又经过临床样品的筛选了。后续实验要求与其他都一样。
上面的方案，不是绝对的。而是可以相互拆分组合。千变万化。
4：灵活借鉴
运用到生信课题设计，生信除非分析的芯片数据是直接作用而来的，否则绝大部分只能停留在“相关性分析”的层次。可借鉴的点：
1）已知CNS研究A基因，我们去寻找A相关的B基因们，作为可研究对象list A【可研究的单基因靶标】。这里的list A可来源于RNAi -A基因的芯片数据，也可通过直接预测或做实验的方法确定直接下游基因list A。
2）list A与疾病差异基因lits B取交集，作为list C【差异基因+A相关靶标】——这样可以筛选出目标单基因并进行初步可行性分析了。
3）list C进行功能筛选——保证B基因有临床相关性，筛选出来的作为list D【有临床意义的单基因靶标】。
剩下就是对目标单基因展开全面多组学分析，注意：机制的深度决定了该课题的深度。
小结：生信这门技能，科研的应用越来越广！而越年轻的时候，能否有一些SCI打基础，对未来的发展差别还是很明显的，越早做打算越好，预计还有2年时间，需要SCI的早点学起来~
转自： 科研指导
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