自然科学基金制是一种本质上区别于行政拨款的科学拨款制度。它的特点是依靠科学家进行民主管理，把竞争机制引入基础研究。这种机制给科学家创造了一个宽松的环境，在这种环境下，科学家有可能萌发出创新的学术思想或新颖的学术观点。这些创新的学术思想或新颖的学术观点，用计划经济的模式是计划不出来的，但政府应该利用宏观调控手段为科学家从事基础研究提供更理想、更宽松的研究环境。
相对而言，基金会的资助制度是当前各种科研经费分配制度中比较合理、比较公正的。主要原因是它的评审制度具有较强的制约性，与其他经费分配部门相比，对具体参加受理工作人员的制约性更强。具体方法如下：
(1)学科初审：根据《国家自然科学基金管理规定》(试行)国科金发计(2002)61号文中第三章第十五条规定，有下列情况之一者，不予继续评议和评审：(一)申请者不具备申请资格或违反了自然科学基金会的有关规定;(二)申请手续不完备或申请书不符合要求;(三)申请项目主体内容不符合国家自然科学基金资助范围或申请经费超出基金项目资助能力;(四)申请者以往获资助项目执行不力。
(2)同行评议：除了初审不合格的申请项目外，每项申请送5位同行专家对申请项目独创性、研究价值、研究目标、研究方案等做出独立的判断和评价，一般以小同行为主，采取通讯评议方式;
(3)科学处对同行评议意见进行综合分析：对返回的同行评审意见(至少有3份明确、具体的评议意见)进行综合，根据评议优劣、创新程度，从中遴选出计划批准数的130%以上的申请项目送专家评审组审议;
(4)专家评审组审议：科学处向专家评审组报告说明当年申请项目的初审、同行评议情况以及计划资助指标等问题。专家评审组经充分讨论审议项目后，以无记名投票方式向基金会建议资助项目。通过的项目须获投票人数二分之一以上的赞成票;
(5)复议项目：专家评审组可以提议对未建议审议项目进行复议，但须经两位或两位以上专家评审组成员提议，方可纳入审议;复议项目和申请者以往负责的基金项目在近3年内有中止、撤销、逾期结题等记录的申请项目，须获投票人数三分之二以上的赞成票方可建议资助;
(6)委务会议通过：科学部根据专家评审组的资助建议，提出科学部建议资助方案，经分管委主任审核同意后，提请委务会议审批。专家评审组会议结束后，常常有不少单位来打听评审结果。尽管除了少数项目可能在二次查重时发现超项，不能给予资助外，结果不会有太大的变化。但是，仍然恳请大家不要在委务会议审批资助结果前打听消息，以免影响基金会的正常工作或产生不必要的误解。
只有通过以上复杂的流程和评审，基金申请才有希望。那么，想要经过以上流程，首先我们需要有一份基金申请书。根据以上的内容，我们不难看出，在写作基金申请书的时候，我们需要注意以下的原则：
基础与临床需要满足创新性：(1)、前人或他人末研究过的题目;(2)、对前人或他人已研究过的题目进一步发展、补充或修正;(3)、将国外科技新进展结合我国实际进行创新性研究，填补国内空白。但是对于一个具体研究课题一般只应有一个新的内容。
选题与设计要满足科学性：(1)、以辩证唯物主义为指导思想，选题必须以事实为根据，不是主观臆想的;(2)、正确处理继承与发展的关系，选题不能与已确证的科学规律和理论相矛盾;(3)、充分反映课题申报者的思路清晰度与深刻性，选题必须是具体而明确的。
对于科研选题的可行性，必须做到：(1)、申请人除技术职称合规定外，要求具有一定的工作经验和完成申请课题的相应研究能力;(2)、课题组成员是一支知识与技术结构合理的研究队伍;(3)、与申请课题有关的研究工作，已有一定的前期工作积累;(4)、基本工作条件和工作时间有可靠的保证;(5)、申请者和每位主要成员参加的研究项目不得多于二项。
除了这些，在提高基金申请的时候，我们还需要注意哪些内容呢？
1、发表文章情况
现在医生晋升职称都需要发表学术文章，尤其是医学SCI文章。评审专家指出，现在国家自然科学基金初审过程中，没有SCI文章发表、专利技术或其他硬性指标的研究很难获得基金支持。原因在于，基金委在派发基金款项时首先是要对申报个人或申报小组的实力进行评估。当前，国内以发表SCI文章为衡量科研实力的准绳，这一现状在若干年内将不会改变。所以为了确保个人或小组的实力，必要的SCI文章发表是必须的。
2、标书合理性与严谨性
由于基金项目有限，对于能提供基金支持的课题的选题是有一定要求的，而我们要获得基金支持，则需要撰写标书，这也是标书的重要性。
光有发表文章并不够，还要有一份出彩的标书。一般情况下，能发表学术文章的个人均具备写作标书的能力。但是，很多医生由于时间紧张，草草准备，提交后往往过不了初审。我们发现多数标书在合理性方面存在欠缺。多数人的国内外研究进展写的有些牵强，多是在阅读中文文献后写出一个并不客观的研究背景。这种标书往往过不了初审。针对该方面的工作，可以通过文献检索的方式弥补。针对文章的严谨性，就要有良好的学术素养，注重细节，写出的表述要落实到细节，不能太空，因此，在选题时不宜太大。否则，很难中标。即使中标，势必也很难结题。合理性和严谨性也是作为学术研究者在进行学术工作的时候所必须的态度，所以不仅在标书的撰写中需要注意，在工作中也要养成这种工作态度。
3、整体而清晰的逻辑连贯
很多标书中题目与摘要内容不符，或者存在较大差异。这种做法势必会给评审人员留下一种研究思路不明确的印象。一个申请，从标题到目标到内容到问题到方法，应该有一条清晰的逻辑路线。也就是说，采用具体方法解决某一具体问题，进而达成一个目标(如提高某种疾病的疗效与治愈率等)。反过来说，我们应该先装着一个目标，将它归结到若干具体问题，然后想办法解决它们。在撰写标书的过程中，明确的思路是体现标书课题价值和意义的重要支撑。
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