aBIOTECH | 中国农科院作科所野生稻保护利用团队构建植物lncRNA与表型数据库

种质资源作为现代育种的物质基础，在新品种的培育，重要优良性状的挖掘等方面意义重大。近年来，随着研究的深入，科研工作者发现长链非编码RNA（lncRNA）是遗传调控密码中一种关键的调控因子，在维持种质资源生长发育、逆境响应和基因组稳定等方面发挥重要作用。但由于lncRNA类型多，数量大，作用范围广以及lncRNA低表达，低保守的特性，人们对于基因组中非编码区的研究还很有限，许多lncRNA的生物学功能还未得到阐明，功能研究进展缓慢。因此，深入探究非编码区对于我们进一步挖掘优异种质基因区段，实现种业创新，加快种质资源的开发利用意义非凡。

近日，中国农业科学院作物科学研究所水稻优异种质资源发掘与创新利用团队在aBIOTECH杂志上发表了题为“LncPheDB: a genome-wide lncRNAs regulated phenotypes database in plants” (点击题目查看原文) 的数据库文章。该数据库资源报道了水稻等9个重要模式植物与多种表型之间潜在的调控机制，是继2019年我们发现lncRNA对水稻农艺性状多样性驯化遗传机制工作的又一延续。为挖掘lncRNAs的潜在调控功能，促进种质资源的开发和利用奠定坚实的基础。

研究人员整合了NCBI中2,324个RNA-Seq数据集以及现有资源，并手动筛选出了421篇高质量全基因组关联分析文章，构建了一个在全基因组范围内探究lncRNA与表型相关联的功能型数据库（LncPheDB）。LncPheDB使用统一的参考基因组注释，收集和整理了203,391个已知和预测的lncRNA序列。同时，从421份高质量的参考文献中手动筛选了2,000个表型性状和120,271个显著关联位点。并最终发现了68,862条lncRNA序列与表型相关。LncPheDB主要展示了全基因组范围内lncRNA的注释，靶基因的预测，变异位点与性状的相关性，基因与表型的相关性，lncRNA与表型的相关性等。LncPheDB还提供了一个用户友好的界面，一个基因组可视化平台，以及多层次、多模式的便捷数据搜索引擎。该数据库的构建为lncRNA功能机制的研究奠定坚实的基础。

该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金和三亚崖州湾科技城项目的支持。中国农业科学院作物科学研究所水稻优异种质资源发掘与创新利用团队娄单敬为本文的第一作者，杨庆文研究员和郑晓明研究员为本文共同通讯作者。该研究也得到了中国农业科学院水稻研究所钱前院士、菲律宾国际水稻研究所(IRRI)叶国友研究员、Sung Ryul Kim研究员和Ajay Kohli研究员的指导和支持。

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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