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《自然—方法学》:纳米孔RNA测序可直接检测A-to-I的编辑位点

2022/8/25 9:03:09  阅读:187 发布者:

新加坡南洋理工大学Meng How Tan课题组在新研究中发现,纳米孔RNA测序可直接检测A-to-I的编辑位点。

2022613日,《自然—方法学》杂志在线发表了这项成果。

研究人员介绍,肌苷是动物中普遍存在的一种RNA修饰,当腺苷被ADAR家族的酶脱氨后形成。传统上,肌苷是由Illumina RNA测序数据间接识别的变体,因为它们被细胞机器解读为鸟苷。

然而,这种间接方法在外显子通常较短的蛋白质编码区、具有稀少注释的单核苷酸多态性的非模型生物中,或在未知DNA突变普遍存在的疾病背景下表现不佳。

研究人员发现,牛津纳米孔直接RNA测序可用于识别转录组中的含肌苷位点,且准确度高。研究人员训练了卷积神经网络模型来区分肌苷与腺苷和鸟苷,并估计每个编辑位点的修改率。此外,研究人员在人类、小鼠和爪蟾的转录组上证明了它们的效用。

这个方法扩大了研究腺苷到肌苷(A-to-I)编辑的工具箱,并可进一步扩展到研究其他RNA修饰。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41592-022-01513-3

转自:“小柯生命”微信公众号

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