Nature Protocols | 最快3天就能出结果！陆发隆/刘玉胜/王加强发布poly(A)的全长RNA异构体测序方法

Poly(A) 尾以非模板方式添加到大多数 mRNA 的 3' 末端，并在转录后调控中发挥重要作用，包括 mRNA 输出、稳定性和翻译。测量 poly(A) 尾巴对于了解它们在生物学和医学研究的几乎各个方面的调节作用至关重要。以前分析 poly(A) 尾巴的方法需要大量输入 RNA（微克级总 RNA），这限制了它们的应用。

最近基于 PacBio 测序开发了一种包含 poly(A) 的全长 RNA 异构体测序方法 (PAIso-seq)，具有单卵母细胞水平的灵敏度（单个哺乳动物卵母细胞含有约 0.5 ng 的总 RNA），能够准确测量全长 cDNA， poly(A) 尾长和 poly(A) 尾体内的非 A 残基，为使用非常有限的输入材料研究珍贵的体内样品提供了机会。

2022年7月13日，中国科学院遗传与发育生物学研究所陆发隆，刘玉胜及东北农业大学王加强共同通讯在Nature Protocols（IF=17）在线发表题为“Transcriptome-wide measurement of poly(A) tail length and composition at subnanogram total RNA sensitivity by PAIso-seq”的研究论文，该研究描述了从单个小鼠卵母细胞或离散的卵母细胞样本制备 PAIso-seq 库的详细方法。此外，该研究提供完整的生物信息学管道来执行从原始数据到下游分析。PAIso-seq 双链 cDNA 制备所需的最短时间约为 14.5 小时，高保真模式下 PacBio 测序需要 2 天，初始数据分析需要 8 小时。

poly(A) 尾是几乎所有 mRNA 和长链非编码 RNA 的重要转录后修饰，已知在 RNA 稳定性、核输出和翻译效率中起关键作用。在卵母细胞和早期胚胎中，poly(A) 尾巴的长度已被证明可以正向调节 mRNA 的翻译效率，它在卵母细胞到胚胎的转变中起关键作用。神经元突触的局部翻译调节也可以通过神经元刺激后的细胞质再多聚腺苷酸化来实现。最近的研究表明，非 A 残基可以添加到 poly(A) 尾的 3' 端，发现 3' 端 U 残基在促进 mRNA 降解中起作用，而 3' 端 G 残基对稳定 mRNA 很重要 。最近，非 A 残基也被证明广泛分布在 RNA poly(A) 尾部的内部，其功能仍有待探索。

PAIso-seq的应用（图源自Nature Protocols ）测量 poly(A) 尾巴对于了解它们在生物学和医学研究的几乎各个方面的调节作用至关重要。以前分析 poly(A) 尾巴的方法需要大量输入 RNA（微克级总 RNA），这限制了它们的应用。最近基于 PacBio 测序开发了一种包含 poly(A) 的全长 RNA 异构体测序方法 (PAIso-seq)，具有单卵母细胞水平的灵敏度（单个哺乳动物卵母细胞含有约 0.5 ng 的总 RNA），能够准确测量连同全长 cDNA， poly(A) 尾长和 poly(A) 尾体内的非 A 残基，为使用非常有限的输入材料研究珍贵的体内样品提供了机会。该研究描述了从单个小鼠卵母细胞或离散的卵母细胞样本制备 PAIso-seq 库的详细方法。此外，该研究提供完整的生物信息学管道来执行从原始数据到下游分析。 PAIso-seq 双链 cDNA 制备所需的最短时间约为 14.5 小时，高保真模式下 PacBio 测序需要 2 天，初始数据分析需要 8 小时。

转自： iNature

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