期刊介绍：Cell子刊，影响因子大涨32%

在刚刚公布的2020年SCI影响因子中，Cell Host & Microbe的影响因子从21.023上升到27.287，涨幅达32%！值此值得庆贺的时刻，我们非常自豪地发布《Cell Host & Microbe 2020年度精选》。

前言

从 Cell Press 首次推出“年度精选”合集到现在，已经过去了整整十年，包括 Cell Host & Microbe 在内的许多期刊都一直在进行这个项目。全球大流行在去年给人们留下了许多并不太好的回忆，至今仍历历在目。在与 COVID-19 的斗争中，科学站到了风口浪尖。全球的科研人员直面挑战，向世界展示了目前科学发展之进步，合作成果之非凡。本次的年度精选文章也重点收录了相关成果。

我们从2020年发表的文章中，挑出了见刊后访问量最大和被引用次数最多的，并精心遴选出了12篇论文和综述。诚然，没有任何一种标准能够判断，哪篇论文可在某一特定时期内称之为“精华”，某些发现更是需要让时间去充分证明其价值所在。我们通过比较截止2020年底对某篇文章的PDF和HTML全文的请求数量来确定哪些文章的“访问量”最大，之后综合考量文章访问量与引用次数，并从组成结构优化角度进行调整，使得本期刊涵盖的所有微生物学领域都能得以体现，最后“精选”出了这12篇文章。我们相信这些论文能够代表 Cell Host & Microbe 去年所有见刊论文的最高水平。

本期“2020年度精选”合集包括一篇评论文章、一篇综述文章和十篇研究论文。囊括了SARS-CoV-2 基因组及其系统发育特征的最早相关报道、HIV病毒治疗期间存活率及其潜在治愈策略的讨论、特定纤维定向调节肠道微生物组及其代谢健康潜力的随机临床试验评估、噬菌体介导肠道微生物组调节治疗儿童发育障碍等一系列极有价值的内容，这些都是本杂志读者最关心的前沿热点话题。

如需在线查看本期“Cell Host & Microbe 2020年度精选”，请登陆www.cell.com/bestof，您可以在这里查看 Cell Press 旗下期刊目前已出版的所有“2020年度精选”合集。如需查阅本刊在微生物学领域发表的最新发现，请登陆www.cell.com/cell-host-microbe/home。您还可以随时登陆www.cell.com，查找Cell Press发表的其他高质量论文。最后还要感谢各位赞助商对本次合集出版的大力支持。

Cell Host & Microbe编辑部

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Cell Host & Microbe合集

评论文章

1. 中国发现的新型冠状病毒（2019-nCoV）基因组组成和分化情况

中国疾病预防控制中心谭文杰、美国加利福尼亚大学程根宏、中国医学科学院北京协和医学院蒋太交团队合作发表评论文章，对新发现的冠状病毒（2019-nCoV）基因组进行了深入的分析，揭示了2019-nCoV与严重急性呼吸系统综合征（SARS）或SARS样冠状病毒之间的差异。系统比较发现这些冠状病毒之间有380个氨基酸的替换，这可能是2019-nCoV功能和致病性分化的原因之一。

综述文章

2. HIV-1潜伏库的生物学特性及其对治疗策略的影响

抗逆转录病毒疗法（ART）可以抑制HIV病毒的复制，但不能完全治愈。美国加利福尼亚大学Steven G. Deeks团队发表综述文章，描述了可能导致治疗期间HIV病毒持续存在的机制，并强调描述了细胞增殖在该过程中的重要性，这也是最近众多研究的共识。生物学角度的持续研究有助于开发HIV的有效治疗性干预措施。

原创研究

3. 通过与拮抗性竞争细胞的可编程粘附，有针对性地消耗混合群体中的细菌

某些情况下，有选择和有针对性地清除复杂群落中的个别物种或菌株，比传统的广谱抗菌剂更加可取。美国华盛顿大学Joseph D. Mougous团队开发了程序化抑制剂细胞（PIC），它能指导VI型分泌系统（T6SS）对特定目标细胞的强大的抗菌活性。PIC能有效消耗低丰度目标细菌，且不会对复杂的微生物群落造成重大的附带损害。PIC靶向的唯一已知要求是革兰氏阴性细胞包膜和独特的细胞表面抗原，因此本方法未来可应用于更加广泛的细菌，并在医疗、研究和环境应用中具有潜在价值。

4. 人类卡介苗可通过造血祖细胞区激发受训后免疫

卡介苗（Bacille-Calmette-Guérin vaccination）诱导的受训后免疫可介导有益的异源效应，但其持久性和规模的机制仍然难以确定。荷兰奈梅亨拉德伯德大学Mihai G. Netea团队发现健康人类志愿者接种卡介苗会诱导一个持续的转录程序，该程序与骨髓中造血干细胞和祖细胞（HSPC）区间的骨髓细胞发育和功能有关，肝脏核因子（HNF）家族成员1a和b是这种转录转变的关键调控者。转录组的HSPC重塑从表观上传达给外周CD14+单核细胞，在卡介苗接种三个月后显示出激活的转录特征。

5. 茉莉酮酸信号增强水稻的RNA沉默和抗病毒防御能力

小RNA介导的RNA沉默是高等植物中一个重要的抗病毒机制。北京大学李毅团队发现茉莉酮酸（JA）信号转录激活了RNA沉默的核心元件Argonaute 18（AGO18），它可通过封存miR168和miR528，抑制关键的抗病毒防御蛋白来促进水稻的抗病毒防御。在机制上，JA反应性转录因子JAMYB直接与AGO18启动子结合，激活AGO18转录。水稻条纹病毒（RSV）衣壳蛋白（CP）引发JA积累并上调JAMYB以启动这个宿主防御网络。本研究揭示了JA信号传导和抗病毒RNA沉默途径之间存在调控串联，并阐明了单子叶作物中CP介导的病毒抗性的分子机制。

6. 离散膳食纤维结构精确调控微生物组，引导产生短链脂肪酸

膳食纤维影响肠道微生物群的方式通常被认为是有益的。加拿大阿尔伯塔大学Jens Walter团队通过在健康人中使用三种IV型抗性淀粉（RS4）的剂量反应试验，发现结晶和磷酸盐交联的淀粉结构对微生物群组成产生了有差异且高度具体的影响，这些影响与丙酸盐或丁酸盐输出的定向转移有关。本研究表明使用离散的膳食纤维结构来实现对肠道微生物组及其与健康有关的代谢功能的定向操作具有一定的可行性。

7. 发育不良儿童体内噬菌体可调节特定年龄段人群肠道菌落

发育迟缓是一种严重的多代生长障碍，全球有22%的5岁以下儿童罹患此病。我们描述了孟加拉国38个月以下发育不良儿童的肠道细菌和噬菌体社区。加拿大麦吉尔大学Corinne F. Maurice团队发现患病儿童拥有不同于健康儿童的肠道噬菌体。这些肠道噬菌体具有体外感染性，并能以特定年龄的方式调节细菌的丰度和组成。这表明这些噬菌体可能是发育不良儿童体内细菌群落变化的原因之一。

8. 未培养的人类肠道细菌胆固醇代谢可影响宿主胆固醇水平

人类微生物组编码了广泛的代谢能力，但我们对肠道微生物与人类代谢的联系机制的理解仍然有限。美国哈佛医学院和麻省总医院Emily P. Balskus团队针对肠道微生物群将胆固醇转化为吸收率低的甾醇共烷醇的过程，开发了一个识别功能性酶和微生物的框架。研究者预测并验证了一组有助于共烷醇形成的微生物胆固醇脱氢酶。这些酶由一个未培养的微生物支系中的ismA基因编码。这些微生物的胆固醇代谢可能在降低肠道和血清胆固醇浓度方面发挥重要作用，直接影响人类健康。

临床与转化报告

9. 合并严重呼吸系统衰竭的COVID-19患者的复杂免疫失调

更好地了解疾病的发病机制才能对COVID-19患者进行恰当的管护。希腊雅典大学Evangelos J. Giamarellos-Bourboulis团队研究了54名COVID-19患者的免疫反应，其中28人患有SRF。所有SRF患者都显示非常低的巨噬细胞激活综合征或人类白细胞抗原D相关（HLA-DR）表达，并伴随着CD4淋巴细胞、CD19淋巴细胞和自然杀伤细胞的深度损耗。COVID-19患者的血浆抑制了HLA-DR的表达，IL-6阻断剂托珠单抗（Tocilizumab）可部分恢复这种表达。本报告表明，重型COVID-19免疫失调具有独特模式，其特点是IL-6介导的HLA-DR低表达和淋巴细胞减少，与持续的细胞因子产生和过度炎症有关。

10. 真菌跨界动态与溃疡性结肠炎的粪便微生物群移植（FMT）疗法的反应性有关

针对肠道微生物群的粪便微生物群移植（FMT）最近已成功应用于溃疡性结肠炎。然而，只有一部分患者对FMT有反应，而且迫切需要反应性的生物标志物。美国康奈尔大学Iliyan D. Iliev团队分析了溃疡性结肠炎的FMT大型随机对照试验的样本。FMT前的高念珠菌丰度与临床反应有关，而FMT后念珠菌的丰度下降则表明疾病严重程度有所改善。尽管在安慰剂组中检测到了抗念珠菌抗体的升高，但这种升高在FMT接受者中被消除了。本研究表明FMT可能会减少念珠菌以遏制促炎症免疫。

研究资源

11. 肠道菌群数据库揭示人类肠道内菌群多样性的年龄依赖模式

肠道微生物组深刻地影响着人类的健康和疾病，其感染的病毒虽然可能具有同等地位，但由于参考数据库的限制却常被忽略。美国俄亥俄州立大学Matthew B. Sullivan团队建立了人类肠道病毒数据库(GVD)，包含了16个国家1986人的2697个病毒颗粒或微生物元基因组，评估了其有效性的同时，也报告了一个元分析案例，揭示了肠道病毒在健康西方人中的年龄依赖模式。GVD包含33242个独特的病毒种群（大体为物种级别），和病毒RefSeq和IMG/VR相比，其平均病毒检测率分别提高了近182倍和2.6倍。这些基础资源、标准化指南和元分析结果共同提供了一个系统性的工具包，可以帮助研究人员最大限度地了解病毒在健康和疾病中的作用。

12. 功能和计算基因组学揭示弓形虫代谢中前所未有的阶段灵活性

弓形虫（Toxoplasma gondii）作为细胞内寄生虫，为了在具有不同营养物质供应的不同宿主环境中生存和增殖会重新规划其代谢。瑞士日内瓦大学Dominique Soldati-Favre团队为其快速复制的速生虫阶段建立了一个基因组规模的代谢模型（iTgo），并将其与实验观察到的表型相协调。研究过程中对寄生虫显著的灵活性有了意外的发现，解决了在感染的急性和潜伏阶段对脂肪酸、嘌呤核苷酸（AMP和GMP）、维生素（吡哆醛-5P）和辅助因子（血红素）的生物合成或补救作用的依赖。这一代谢网络使我们对寄生虫的生物学特征有了更深入的了解。

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