在论文中，「研究方法」一节必须回答以下两个问题：一是资料是如何搜集到或者衍生出来的，二是资料是如何分析的。换句话说，你要告诉读者你是怎样得到你的研究结果的。
但是为什么你须要解释你怎样得到你的研究结果呢？不习惯现代西洋人学术思考方式的华人研究者，对此也许会感到困惑不解。他们在撰写研究计划或者论文本文时经常不晓得要写些什么，尤其不晓得为什么要花那么大的力气去交代研究过程，好像过程比结果更重要 ──结果不对而过程对可以是好论文，反而结果对而过程不对就不是好论文，没有瞎猫抓到死老鼠这种好事。以下姑且依据西洋人对学术论文的可能想法，列出六点理由略加说明。
第一，因为研究方法会影响到研究结果。譬如说，如果你在探讨台北市捷运乘客对台北市捷运效能的看法，而你所使用的是可作多项选择的问卷而不是对个别乘客进行访谈，那么你所得到的结果就会有所不同。读者若知道你用甚么方法得到资料，即有助于他评估你的研究结果是否有效和可信。
第二，同一个研究问题可以有多种探究方法，你必须交代为何你决定选用某种方法来研究，而舍弃别的相关方法。
第三，读者也想知道你得到资料的方式是否合于探究主题之常理。譬如说，如果你使用问卷调查法来探究台北市捷运乘客对于捷运效能的看法，而你的问卷中却只提供「1.非常好2.很好3.好」等三种正向选择的回答而完全不提供负向选择的回答，即不合于此种探究主题之常理。
第四，读者也想判断你所使用的研究方法是否协合于研究目标。譬如在上述所例举的探究中，你只个案研究一位乘客，这显然就不协合于研究目标。
第五，你也必须谈一下你如何预防本来预期会发生的问题，而假如真有问题发生时你又如何把问题的冲击力道减到最低。
第六，如果你交代得够清楚的话，有时候别的研究者会直接采用或者变相借用你的研究方法论（研究方法交代方式），特别是你的研究方法论颇有新意，又或者借用者慧眼独具之时。
至于在全篇论文中又该在什么地方和以什么方式交代你的研究方法呢？当然最重要的是「研究方法」这一章节了。在这一章节中你必须集中而扼要地说明你的研究方法。不过，并不是在这一章节中交代过就算了事了。在论文的其他章节中，也须适时酌量附带说明一下。以下依论文章节安排略为提点一下：
【绪论】研究问题介绍、研究目标介绍、研究程序介绍、主要研究结果与结论之选择性介绍
【文献回顾】回顾与你的研究问题有关的已有文献（针对它们如何界定、说明和正当化此一研究问题而谈）、回顾已有的相关研究方法论文献（同样针对它们如何界定、说明和正当化而谈）、回顾已有的相关研究结果文献（特别针对可信度等来谈）
【研究方法】对获取资料的方式和分析资料的方式详加解释、对方法论问题及其解决办法和效果加以说明
【研究结果及讨论】研究结果之呈现、关于研究结果之诠释与延伸讨论（譬如跟已有的研究结果作比较等）
【结论】说明研究问题是否有所「解答」、在何种程度上本研究达成了目标、我们从此研究结果中学到什么、从此研究结果中所学到的知识有什么用、此研究有何缺点等等。
般初学的研究者在交代研究方法时常犯有以下几种错误：
（1）无关的细节讲太多。
（2）不必要的初学者方法知识和程序细节仍然交代得清清楚楚，徒增篇幅。
（3）忽略了讨论搜集资料时所遇到的问题，以及没有交代如何克服困难和权衡轻重时的考量点。
在论文中，有哪些研究方法？
一、归纳方法与演绎方法
归纳就是从个别事实中概括出一般性的结论原理;演绎则是从一般性原理、概念引出个别结论。归纳是从个别到一般的方法;演绎是从一般到个别的方法。
归纳是从经验事实中找出普遍特征的认识方法，是各门学科在积累经验材料的基础上，总结出科学定理或原理的一种重要方法。归纳必须建立在大量的个别事实的基础上，事实不可靠和不充分，都不可能通过归纳得出科学的结论与原理。归纳是从个别到一般的推理，因而它是一种扩大知识的方法，但它又总是不完全和不严密的。因为我们永远只能观察到部分事物，不可能穷尽个别。所以列宁说：“以最简单的归纳方法所得到的是最简单的真理，总是不完全的，因为经验总是未完成的。”通过归纳人们只能知道“是什么”，不能知道“为什么”。
演绎的主要形式是三段式，就是以大前提和小前提推出结论来。推出的结论能否正确，取决于推理的前提是否正确，推理的形式是否合乎逻辑规则。因此，进行演绎推理的前提必须真实，演绎过程必须遵守严格的逻辑规则。
归纳与演绎是辩证统一的关系，是两种相反相成的推理方法。它是科学研究工作都必须应用的逻辑方法。
二、分析方法与综合方法
分析就是把客观对象的整体分为各个部分、方面、特征和因素而加以认识。它是把整体分为部分，把复杂的事物分解为简单的要素分别加以研究的一种思维方法。分析是达到对事物本质认识的一个必经步骤和必要手段。分析的任务不仅仅是把整体分解为它的组成部分，而且更重要的是透过现象，抓住本质，通过偶然性把握必然性。分析的过程是要着重弄清事物在运动变化中各方面各占何种地位，各起何种作用，又以何种方式与他方面发生制约和转化。简言之，分析的过程，就是揭露矛盾和认识矛盾的过程。因此，科学的分析必须从实际出发，对所分析的对象进行实事求是的系统周密的调查研究。分析方法最基本的职能就是深入事物内部了解它的细节，搞清它的内部结构、内部联系，抓住事物基础的东西。
要科学地、正确地分析事物，必须做到：
第一，对事物作全面的分析。要分析客观事物矛盾的多方面：既要看到正面，又要看到反面;既要把握肯定方向，也要理解否定方向;既要分析主要方面，又不能忽视次要方面，否则就会出现片面性。
第二，对事物做历史的分析。考察事物，应该分析它们的过去、现在和将来的状态。从事物的发生、发展和灭亡的过程中，揭示事物的本质，预见未来的发展。
第三，对事物作具体分析。就是对不同的研究对象采取不同的分析方法，就是具体问题具体分析。
第四，坚持从实际出发的原则，进行调查研究，实验，观察
如何科学研究都离不开分析方法。但是分析的方法有它的局限性，由于它着眼的是事物的局部，就可能出现以偏概全，只见树木，不见森林。为了克服这些缺点，就必须用综合的方法把分析与综合结合起来。
综合是同分析相反的一种思维方法。它是在分析的基础上，把客观对象的各个部分、方面、特性和因素的认识联结起来，形成对客观对象的统一认识，从而达到把握事物的有机联系及其规律性。综合不是把各个部分、各方面简单的相加和随便的凑合，也不是任意的、主观的臆造，而是按照对象各部分间的内在的有机的联系，从整体上把握事物的本质和整体的特征。
总之，分析与综合是辩证统一的关系，它们既相互对立，又相互统一。只有把两者结合在一起，才能成为一个完整的、科学的逻辑方法。
三、因果分析法
就是分析现象之间的因果关系，认识问题的产生原因和引起结果的辩证思维方法。使用这种方法一定要注意到真正的内因与结果，而不是似是而非的因果关系。要注意结果与原因的逆关系，一方面包括“用原因来证明结果”，同时也包括“用结果来推论原因”。不同的事物，一般都一身二任，既是原因，又是结果，而且一个结果往往有不同层次的几个原因。因此，在研究过程中，对所分析的问题必须寻根究底。
四、比较分析法
比较分析法又称类推或类比法。它是对事物或者问题进行区分，以认识其差别、特点和本质的一种辩证逻辑方法。在资料不多，还不足以进行归纳和演绎推理时，比较分析法更具有价值。康德说：“每当理智缺乏可靠论证的思路时，类比这个方法往往能指引我们前进。”
比较有多种形式，如纵向比较、横向比较、经验教训比较、正反比较、各种异同的比较。采取哪种形式，可视需要而选择。
五、定性分析法与定量分析法
就是通过确定事物的质的关系和数量关系以认识问题和分析问题的辩证思维方法。任何事物或任何问题都是质和量的统一，事物的质量，既表现为一定的量，又表现为一定的质。因此，我们在研究中，只有弄清质的方面，又弄清量的方面，才能找出其中规律性的问题。在研究中，定性分析就是据事论理，划清事物质的界限。定量分析就是对问题的规模、范围、数目等数量关系的情况及变化，进行精确的统计，计算、分析、对比，就是弄清事物发展中量的变化关系。
定性分析与定量分析是对同一问题从不同方面进行研究，二者必须结合，才能得出比较科学、完整的结论。
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