JCR对包括SCI收录的3500种期刊在内的4700种期刊之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子（Impact Factor）等指数加以报道。一种期刊的影响因子，指的是该刊前二年发表的文献在当前的平均被引用次数。一种刊物的影响因子越高，也即其刊载的文献被引用率越高，一方面说明这些文献报道的研究成果影响力大，另一方面也反映该刊物的学术水平高。
一、缺陷
(1) 引文统计年限范围。期刊在某年的影响因子实质上是表示该刊前二年所发表的论文在该年的平均被引次数。由于统计的只限于论文在发表后1-2年内的被引次数，因而相当一部分论文的引证高峰期并没有反映到影响因子中，尤其是那些出版时滞较长的刊物，因为文献老化（超过2年）的原因而没有被统计参与影响因子的计算，从而降低了影响因子值。分析表明，我国科技期刊的出版时滞普遍偏长，是国内科技期刊影响因子普遍偏低的主要原因之一。
此外，以2年期的论文和引证来计算影响因子也难以较客观地反映引证规律，并由此造成同种期刊在不同年份的影响因子波动较大。如通过对200种化学类期刊的总平均影响因子分析后发现，其2年期的影响因子值在不同年份的波动范围常超过20%，但5年期的影响因子值则显示出一条较平滑的曲线。鉴此，有些引证分析研究机构甚至逐年对ISI采集的引文数据以更长的时间跨度重新计算，或分别以某年期刊的论文及其在出版后若干年的被引次数为分母和分子来计算“历时影响因子”。
(2) 统计论文类型。ISI在影响因子计算公式中的分子、分母取值也存在很多问题，即影响因子的计算公式中，引证次数（分子）统计了相应刊物中所有论文被引证的总次数，而刊载论文数（分母）则只统计论文(Articles)、简讯（Notes）和评述（Reviews）类栏目的文章数，对社论(Editorials)、来信（Letters）、通讯（Correspondence）和其他一些常被引证的栏目的文章数目则不进行统计。
实际上，这些未被统计部分的被引证频次对影响因子的贡献很大。分析表明，大约40%医学类期刊公布的影响因子比实际影响因子高10%以上，其中的5%甚至达到40%或更多。
(3) 期刊大小。 详细的统计比较表明，以2年期的论文和引证计算的影响因子随相应期刊所发表论文数的多少呈现出较大的波动。统计比较发现，小期刊（年发表论文数少于35）影响因子在相邻年间的波动超过40%，对于年发表论文数超过150的期刊来说，其影响因子也有15%左右的波动。因此，在评价中若考虑到影响因子在一定范围的这种随机变化性，是难以给影响因子定量化的。
除影响因子计算公式本身的几个要素外，期刊和论文的类型、不同学科间引证行为和规律的差异（如不同学科的论文在引证半衰期和平均引文数上存在很大差异）等对影响因子的影响也十分巨大，这也是在评价中需要特别强调的。
二、综述
因此，JCR以其大量的期刊统计数据及计算的影响因子等指数，而成为一种期刊评价工具。图书馆可根据JCR提供的数据制定期刊引进政策；论文作者可根据期刊的影响因子排名决定投稿方向。
一般来说学术期刊被引用得越多，影响因子通常越高，也就是说杂志被关注的越多impact factor 就越高，医学类好多杂志如《新英格兰杂志》、《柳叶刀》等因为看的人比较多，影响因子有些是很高的，尤其是综述类杂志。但是，问题也不是绝对的。不能单单凭影响因子（IF）的高低来判断期刊的权威性，如美国科学院院报（PNAS）虽然每年的IF在10.0 左右，但是大家都知道其在学术界的影响力和权威性与、等IF在30.0左右的杂志几乎旗鼓相当。而且几乎每个学术领域都有自己的顶尖杂志，如糖尿病学、肝脏学等，暂且不管其影响因子大小，公认的权威杂志就是含金量最高的。而古生物学、系统分类学等领域的很多杂志也有SCI收录的，由于专业性太强，很少有人看懂，也基本没什么应用价值，IF就很低。但是在其自己的领域，也有可能是最权威的。
美国《科学引文索引》（Science Citation Index, 简称SCI）于1957年由美国科学信息研究所在美国费城创办。40多年来，SCI（或称ISI）数据库不断发展，已经成为当代世界最为重要的大型数据库，被列在国际六大著名检索系统之首。它已成为国际上最具权威性的、用于基础研究和应用基础研究成果的重要评价体系。科学引文索引（Science Citation Index, 缩写：SCI）是由美国科学情报研究所(Institute for Scientific Information,简称ISI)于1960年编辑出版的一部期刊文献检索工具，其出版形式包括印刷版期刊和光盘版及联机数据库。
影响因子（Impact factor，缩写IF）是美国科学情报研究所（ISI）的期刊引证报告（JCR）中的一项数据。指的是某一期刊的文章在特定年份或时期被引用的频率，是衡量学术期刊影响力的一个重要指标。由美国科学情报研究所创始人尤金·加菲得（Eugene Garfield）在1960年代创立，其后为文献计量学的发展带来了一系列重大革新。
自1975年以来，每年定期发布于“期刊印证报告”（JCR）影响因子（Impact Factor,IF）：即某期刊前两年发（S, T）表的论文在统计当年（U）的被引用总次数 X（前两年总被引次数）除以该期刊在前两年（S, T）内发表的论文总数 Y（前两年总发文量）。这是一个国际上通行的期刊评价指标。公式为：IFU =（X(S,T) / Y(S,T)）。 例如，某期刊2005年影响因子的计算；本刊2004年的文章在2005年的被引次数：48 ；本刊2004年的发文量：187；本刊2003年的文章在2005年的被引次数：128 ；本刊2003年的发文量：154；本刊2003-2004的文章在2005年的被引次数总计：176 =（48+128）；本刊2003-2004年的发文量总计：341 =（187+154）；本刊2005年的影响因子为0.5161 = （176÷341）。
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