在一篇论文中，引用参考文献论证自己的观点或者理念是十分必要的。对于别人已经研究过的内容，我们便不需要重复的实验研究，通过参考文献的引用，便能简要的体现我们想要表述的内容。但并非一篇论文的内容都由参考文献堆积便可，正确的选用参考文献至关重要。
一、避免选用脱离论文主题的参考文献。
选择参考文献必须紧紧围绕主题，为表现和论证主题服务。凡是能有力地说明、突出、烘托主题的就选用，否则就舍弃，这是选择参考文献的一个基本原则。有些论文在运用参考文献时常常犯不忍割爱的毛病，将一些与主题无关的参考文献，写进文章里，参考文献与主题脱节，影响了主题的表达。
甚至于有些论文只是为了体现论文的参考文献的新颖，直接使用了与论文主题无关的最新参考文献，这不但没能体现论文的参考文献新颖，反而是内容累赘、多余。
二、选择参考文献不够典型。
所谓典型参考文献，是指那些最有特征、最有代表性，能有力地揭示事物的本质，能集中地表现论文主题的参考文献。围绕主题选材，但没有必要，事实上也不可能把与主题有关的参考文献都写进去，必须精选典型参考文献。
对于十分经典的参考文献，要考虑是否过旧，过旧的参考文献或者广为人知的参考文献，我们应该简要概述。即便是十分典型的参考文献，太旧或者已广为人知的参考文献虽然能论证我们的主题但是却让文章的内容显得不够新颖。
三、选择的参考文献不够真实。
论文中用的参考文献只有真实，才有力量。所谓真实，是指参考文献确是客观存在的，能反映客观事物的本来面貌。论文中所运用的参考文献真实，论点才站得住，才有说服力。而有些论文选材不准，没有鉴别真伪，引用的历史人物、事件、时间、地点、数字、引文等等没有认真地核对，出现误差。
这样，文章不能叫人信服。这里也有需要特别注意的一点，便是在引用参考文献的时候，对于参考文献的详细内容，我们要细心做到每个细节都不能出错，对于数字的摘写要绝对的准确，不能因为自己的疏忽导致原本准确无误的真实参考文献变成了错误参考文献或者非真实参考文献。
四、选择参考文献不新颖。
撰写论文，选择参考文献要新颖。新颖，就是新鲜，引人注目。写文章选择新颖的参考文献，能增强论文的现实性，使入耳目一新。这就要求在写论文时，要注意发现新生事物，选择这方面的参考文献。
要写别人没有写过，或很少写到的人和事。要从不同的角度选材，给人新鲜的感觉。要注意选择新出现的有特色的参考文献。有的论文，选择不新颖，而是用一些过时的陈旧的事例，看上去是老面孔、老腔调，摆出的参考文献是“陈年烂谷子”，没有新鲜感和现实性，文章就显得没有说服力。
根据普赖斯指数的原理，相对而言，引用5年内的文献越多，则普赖斯指数越高，过时的文献越少，说明论文所涉及的问题越接近当前的前沿课题。实验性文章的年代距离越远，参考价值可能越低，因此一般要求所引用文献的50%——70%应为近5年内发表的文献。
若老化的文献所占比例较大，则说明论文内容也较陈旧，如果论文所涉及的问题是目前国内外正在研究的热门课题，则近5年内的文献引用比例应较高，这可反映作者对同行的研究成果了解和掌握的程度。如果发现所引文献确实过于老化，编辑有责任建议作者查阅较新近的文献，因为作者在接受新文献后可能会改变原来的认识或结论。如果所研究的问题的确很有价值，且很难查找到近5年内的相关文献，当然有必要引用5年前，甚至是几十年前的文献。
如果在整个研究期间不追踪查阅有关文献，就可能忽视近几年来已被同行证实或解决的某些重大问题，而自己仍停留在课题研究时的认识水平，可见查阅近期文献和尽可能着录近期文献的重要性。有些作者甚至以为引用的文献越老，越能说明自己的研究结果可靠，这是一种误解。
如有一篇关于农村改革的文章，写作时间是2015年，文中运用的数字事例都是2010年，显然是调查不到家，用了一些过时的数字。但是，这并不意味着为了新颖的参考文献便能牺牲论文本身要论述的主题，即不可为了新颖而使用与论文呢主题无关或者关系不大的参考文献，这样的论证只会本末倒置，得不偿失。
五、参考文献引用不当
参考文献的着录格式及标注均有较严格的规定，医学期刊一般采用改良的温哥华格式着录参考文献。近年来发现，一些具有较高学术价值的论文因参考文献着录格式的不规范或引用不当而延期发表或遭到退稿，分析其原因主要有如下几点：
(1)着录中的作者名缺少，稿约中明确规定，参考文献中的前3位作者应全部列出，3位以上者只列前3位，后加“等”字或相应的外文。在不少来稿中发现只写1位作者后加“等”的情况，因其他作者无从查证而耽搁了及时发表;
(2)着录项目残缺不全，有些论文缺少题名(书名)，亦有缺少刊名、年或卷、期及页码等;
(3)在正文中未标注参考文献序号，无法证实参考文献的实际用途;
(4)引用不当。未公开发表的观察资料、内部交流资料及涉及保密的资料等均不宜作参考文献。由于内部资料尚未得到公认且不够成熟，其原理、论点、论据及论证尚需修改、变更或充实，又因其发行量很少，读者面窄，无从查考，起不到参考作用。
六、参考文献引用重复累赘
主要表现为参考文献引用不对应，标引参考文献过多，规模庞大，而在文内不完全使用;或是文内使用很多，文后又不标明;或是不按出现顺序排列而颠倒使用等。这都是论文完稿后未对参考文献进行认真整理所致。一般而言，论着类论文的参考文献数目要控制在15条以内，综述类文章可略多，但不宜超过25条，且要有明确的引证目的。此外，同篇文章在参考文献着录时反复使用现象亦应引起重视，尤其在综述类文章中屡见不鲜。同篇文献固然可以在文内引用多次，但无必要每引一次均重新着录，即不管文内引用多少次，该篇引文在参考文献栏内只能占一个位置。
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