研究方法的描述在英文文献里是非常关键的一章。但很多中文文献基本没有这一章，有的就用一句话带过，比如使用“文献梳理”四个字。如果我是读者，我根本不知道这位作者是怎么梳理的？是传统的手工梳理一篇一篇人工阅读？还是用某些方法比如使用软件工具甚至使用人工智能算法等？具体怎么梳理文献得到该文所需要的数据并进行编码、整理、分析的？梳理流程怎样？读者和审稿人并不清楚。如果样本数据采集的程序不规范，样本不准确，那么因此而进行所谓的分析得出的结论就值得怀疑，因此谨慎的审稿人会提出质疑。
什么是研究论文的方法部分？
研究文章的方法部分包括对用于进行实验的程序的解释。对于科学研究论文的作者，目标是清晰简洁地展示他们的发现，并提供足够的信息，以便可以重复实验。研究文章包含非常具体的部分，比如引言，文献综述，方法，结果，讨论，结论等，每篇研究文章都应在引言（含文献综述）之后包含详细的方法部分。
为什么方法部分很重要？
方法部分（也称为“材料和方法”）很重要，因为它为读者提供了足够的信息来判断研究是否有效和可重复。
研究论文中方法部分的结构
在设计一项研究时，作者通常会决定他们试图证明的关键点或研究对象之间的“因果关系”。很简单，该研究旨在实现目标。方法部分包括以下三个子部分：参与者、设备和程序。比如生物学中的方法部分可以这么组织：在生物科学中，方法部分应该尽可能地详细，目标是清晰简洁地呈现研究，使其易于理解并可以复制。如果在研究中使用动物（包括人类受试者），作者应确保包括根据概述的方案对它们进行治疗的声明，以确保治疗尽可能人道。赫尔辛基宣言是世界医学协会制定的一套伦理原则，旨在为涉及人类受试者的医学研究的科学家和医生提供指导。在机构中使用人类参与者进行的研究由其附属机构审查委员会监督，其目的是保护人类受试者在参与研究期间的权利和福利。
文献检索
进行文献检索是为了从以前的研究中收集尽可能多的相关信息。它们对于提供有关该主题的证据并帮助验证研究很重要。大多数是使用关键字或短语来搜索相关数据库来完成的。例如，MEDLINE 和 PubMed 都提供有关生物医学文献的信息。根据美国心理学会的说法，谷歌学术（Google Scholar ）是“开始进行文献搜索的个人可用的最佳资源之一。” 各个学科还有一些专门的数据库，作为定位该科学和相关文献文章的首要数据库，而不是单一地查找Web of Science或知网。
现在由于研究数据管理服务的发展，很多数据库厂商开发了文本挖掘工具（text mining tool），如ProQuest的文本挖掘实验室（TDM Studio），通过 ProQuest TDM Studio 使用 R 或 Python对ProQuest 内容产品，包括政府、档案、论文和新闻数据库进行分析。再如Gale的Digital Scholar Lab数字学者实验室，使用数字人文工具探索来自 Gale Primary Sources 的馆藏。通过对历史文本（包括报纸、书籍、档案馆藏等）的分析和可视化，重新发现和解释过去。美国的共享数字文献库HathiTrust 研究中心分析（HathiTrust Research Center Analytics）能够对 HathiTrust 数字图书馆 (HTDL) 中的学术作品进行计算分析，以促进馆藏的非营利研究和教育用途。HTRC 为基于文本、数据驱动的研究创建和维护一套工具和服务，例如 HTRC 算法和数据胶囊，并从事大规模数据分析的前沿研究。HTRC 在非消费性研究范式下运作：HTRC 将馆藏用于计算分析，同时清楚地保持在法院认可的适用于文本分析的合理使用权的范围内。该中心致力于在非消费文本挖掘领域开辟新天地，使学者能够充分利用 HathiTrust 数字图书馆的内容。还有JSTOR的文本挖掘支持工具Data for Research，这是一项免费服务，适用于希望通过各种可视化工具分析 JSTOR 内容的研究人员。
研究论文的方法部分（method）应该包括什么？
研究论文中一个经常被误用的术语是“方法论”（methodology）。方法论是指科学哲学的一个分支，它涉及科学方法，而不是方法本身，因此作者应避免使用它。以下是应包含在研究论文方法部分中的主要小节列表；作者可能会更清楚地使用副标题来描述他们的研究。
文献检索：作者应该引用任何有助于他们选择方法的来源，以及使用的研究数据工具比如文本本挖掘工具。作者应指明过去研究的时间范围及其特定参数。
文献梳理：如果某论文仅仅使用文献梳理的方法，则需要说明梳理流程怎样？使用何种方法比如使用软件工具甚至使用人工智能算法等采集文中数据？具体怎么梳理文献得到该文所需要的数据并进行编码、整理、分析的？数据可否共享和其他学者再利用？
研究参与者：作者应该引用他们收到任何非人类受试者的来源。应列出使用的动物数量、年龄、性别、它们的初始条件以及它们的饲养和照料方式。如果是人类主题，作者应提供特征，例如地理位置；他们的年龄范围、性别和病史（如果相关）；和科目的数量。如果使用医院记录，作者应在研究开始时包括受试者的基本健康信息和生命统计数据。作者还应说明每位受试者都提供了书面知情同意书。
纳入、排除标准：作者应描述他们的纳入和排除标准，它们是如何确定的，以及有多少受试者被淘汰。
组特征（可与结合研究参与者一起叙说）：作者应描述所选组如何划分为子组及其特征，包括对照组。作者还应描述使用的任何特定设备，例如住房需求和饲料（通常用于动物研究）。如果对患者记录进行审查和评估，作者应提及审查人员是否对其不知情。
过程或程序：作者应描述他们的研究设计。必须解释任何必要的准备工作（例如，组织样本、药物）和仪器。作者应该描述受试者如何“被操纵来回答实验问题”。应包括时间表以确保程序清晰（例如，“大鼠被给予 XX 药物 14 天”）。对于处死的动物，应概述使用的方法和遵循的协议。
统计分析：应该描述数据的类型、它们是如何测量的以及进行了哪些统计测试。注意：这不是“结果”部分；任何相关的表格和数字都应该在后面引用。必须引用使用的特定软件。
在撰写研究方法时注意避免无助研究的背景信息。避免提供很多关于人类受试者的细节。作者应该更多地关注他们的方法如何用于满足他们的目标而不是机制。方法的局限性以及它们如何被克服的（通常在您的“研究局限”一章中讨论）。这将有助于验证结果。
一个深思熟虑的方法部分是期刊稿件中最重要的部分之一，其中研究数据是关键，现在美国大于50万美元的研究项目在申请基金时都必须提交研究数据管理计划（data management plan），研究成果出来后，有些出版商也要求提供研究数据以供共享和再使用。
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