投稿之后，得到的结果不外乎拒稿、修改再投、接受三种可能。而究竟是哪种结果，我们往往能从编辑来信中得知。而对于编辑的来信，我们需要对其进行相应的修改和回复。那么对于这部分的内容我们应该如何做好呢?
首先，我们需要先针对编辑修改意见进行有针对性的修改。针对于审稿意见我们大致可以从四个方面入手：结构、数据、材料和语病。
第一步是关于文章的结构，我们要调整文章的结构，结构的条理要清楚，但是要尊重文章的原有结构，否则可能越改越乱。结构的修改我们要从三个方面去考虑。
A.层次是否清楚，思路是否通畅。考虑SCI论文修改时，通常可以先从主副标题之间的关系来看论文的思路和层次。如果论文没设副标题，则就需要从内容去判断。如论文在内容上是否符合“提出问题，分析问题，解决问题”的逻辑联系;全文的布局、层次和段落的安排是否合乎条理;层次的脉络是否分明、顺畅;各段的分论点是否明确、协调;对杂乱无章的阐述要疏理通顺;删去重复和矛盾的地方，补上缺少的部分，达到全文意思上连贯通畅。
B.完整的结构。每一篇论文都会有一个完整的结构。一篇论文要有绪论、本论、结论三大部分，协调一致，即要有引人入胜的开头，有材料有分析的论证，有鲜明有力的结尾。同时还要审视各个部分的主次、详略是否得当。
C.严密的结构。一篇论文分为论点与论据，大论点与小论点之间有严密的逻辑性。如果论文结构松散，要加以紧缩，删去那些多余的材料，删去添枝加叶、离题太远或无关紧要的句段。为使结构严谨和谐，对全文各部分的过渡和照应、结构的衔接、语气的连贯等方面，也要认真地考虑和修改。
第二步是关于文章的数据，要保证数据的准确性和真实性，对那些表述模糊的数据和案例要进行适当的删减，如果数据不充分的话，需要寻找相关的数据进行补充。
第三步是对论文的材料进行再次的整合与修改。去粗取精、去伪存真。对引用的材料进行整合，使其能够简练准确地支持论文的观点。对不能支持文章的观点要大刀阔斧的进行删除，否则就会造成论文的冗长。对于证据不足的文章，要重新去寻找充分的证明材料。对于引用的数据和名言之类的一定要保证其真实性。
第四步是关于语病的问题。由于一般论文的学术性很强，在语言的表达上面需要表达准确，同时要保证语句没有语病。如果论文投的是外文期刊的话，需要对翻译的句子进行修正，最起码要符合外语的表达习惯，不要出现语法的错误和单词拼写的错误。
审稿人一般会对我们的论文提出意见，但是不管怎样我们都不能改变论文原本的中心论点。在整体的表达上面，表达的脉络要清晰，语句上要表达通顺，论点清晰，论据充足。
紧接着，编辑来信我们自然需要做出相应的回复。所以在修改完稿件之后，再投稿的时候需要附上回复信(即response letter)。对于回复信的写作，我们需要秉持以下的原则：
首先，回应审稿人的批评，最重要的是要体现诚意，要让编委和审稿人觉得你认真对待他们的意见。
除非学术编委十分喜欢你的论文，一心要接受其发表，否则国际高水平杂志大多数都会以锱铢必较的态度认真对待审稿人的每一条批评，并要求作者作出必要修改。多数情况下，修改稿要与审稿人再见面，并作重新评审。寄希望于编委和审稿人高高举起而轻轻放下，是不切实际的，可能性不大。正是由于这一过程过于冗长甚至耗费审者和作者的过多精力，部分学者认为应予改革。
美国微生物学会新开办的跨学科杂志 mBio 就申明，凡要求作较大修改的论文都干脆不予接受，以免作者和审者疲于应付。但这样的做法目前仍非主流，因此，向编委和审稿人体现诚意，让他们感觉到你已作出巨大努力提高论文的质量，仍是至关重要的。
第二，凡是审稿人建议而应该做或可做可不做但不难做到的实验，都要补做实验，加入新数据。
否则，下一轮评审可能就连修改的机会都没有了。很多作者内心太浮躁太急，结果往往适得其反。有些作者认为审稿人都已经说了不少好话，不会在乎个别细节，这样的判断往往也是错误的。修改稿不必加入新实验新数据就过关的情况，在大多数有一定水平的杂志是不会发生的。
当然影响因子 3 以下的个别杂志可能有例外。以为国际杂志也可以仅靠磨几下嘴皮或轻描淡写几句就可以不做新的实验而蒙混过关，迟早是会碰壁的。
第三，要尽量避免攻击审稿人、质疑其专业水平或对多条审稿意见提出抗辩。
情绪化或质疑审稿人歧视作者，往往于事无补。多数情况下作者的回应及修改稿要跟原审稿人见面，言语上的失敬只会增加审稿人的敌意。编委要依靠审稿人义务审阅大量稿件，有时甚至是私人朋友，感情上很难不偏不倚。希望编委完全站在作者的立场上并彻底推翻审稿人的意见，常常是事与愿违。
当然对于审稿人意见中明显失当或其要求完全不可能达到之处，应该心平气和地指出，并列举实际数据或文献支持。如果发现审稿人有疏忽之处，也应客气地解释，而不必意气用事地抱怨。这就是前面讲的摆事实讲道理。选其中重要的一两点提出抗辩，但对较次要的各点则尽量满足，往往是比较策略的做法。纠缠于无伤大雅的枝节问题，对作者有害而无益。
最后，要注意不要乱诉苦或试图博取同情。
过分强调自己实验室条件的不足，甚至坦言发表不了论文就毕业不了，在编委那里不仅不会加分，甚至只会减分。例如审稿人要求做定量 PCR，有作者表示做不了，这样很难得到编委的同情。希望编委降低要求帮急需论文的学生一把，大多数编委都会嗤之以鼻，只能是作者的一厢情愿。
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