发表一系列让人印象深刻的学术论文能够将一个年轻的科学家推动到学术研究的下一个阶段，反之，文章发表记录的贫乏会使科学家的事业脱离轨道。发表论文是科学家公开他们工作的主要方式，他们的成就最终也是通过这些论文来评判的。
那么如何写出好的论文呢？最基本的要素当然是研究本身要出色。在你能找到的最好的实验室里，与你能找到的最好的科学家一起工作。如果你周围是这样的环境，你将能够在你的训练期间最大限度地学习到如何做好出色的科学工作。然后确保你研究的问题在这个领域中是重要的而且是别人感兴趣的。作为《科学》杂志的编辑，我发现最成功的论文是那些展现创新研究的文章。但是，最好的论文也要以一种清晰并且有逻辑的方式将他们的故事呈现出来。论文背后的思路很清晰，写作也就清晰明了。要写出具备上述所有的要素的研究论文需要有一点战略思维、练习实践以及技巧。
选择一个能发表好文章的环境
当你给自己的学位论文或者博士后研究选择实验室的时候，你应该考虑的一个标志是这个实验室发表文章的记录。寻找那些持续发表好文章的实验室，因为这表示这个实验室运行良好，并且该实验室负责人将科研项目管理得很成功。不同的实验室成员都应该有第一作者的文章，因为这表示项目及荣誉是分配给每个人的。确保那些论文在你想要出版的期刊上，然后阅读这些论文找出实验室科学家们的写作技巧。论文的写作思路清晰吗？它们是否能说服你相信做这些实验是很重要的？你能够很容易的得出重要结论吗？
学习写出一流论文的最好方法是尽可能多的练习。在决定进哪个实验室之前，在调查实验设备并寻找团队中的成员的时候，也务必要询问写作过程。请博士后或研究生写第一稿吗？他们从实验室负责人或者其他同事那获得了有价值的信息吗？或者只是实验室负责人写论文，然后展示给大学生或博士后，这样的话对他们是不是就没那么有帮助了呢？
用图表的形式思考
一旦你在新的实验室工作，快速的得出实验数据，就需要判断什么时候有足够的数据可以开始写论文了。写的太早了可能会浪费时间，等的太久会冒着被别人抢先的风险。当获得的数据足够写一篇完整并有意义的论文的时候停下实验开始写作。关键是在你做实验的同时要把论文一直记在脑海里，思考能够放入论文中的图表以及它们包含的信息。仅仅依据你做出的结果基础上，读者必须得出跟你相同的结论，因此问问你自己，在理解了你的图表表达的结果之后，读者是否能够被引导到正确的结论？还缺什么有说服力的实验吗？还有没有其他可供选择的解释呢？如果有，你需要收集什么数据来剔除其他的可能性呢？在进行一项新的实验之前都要问问你自己，它对论文的逻辑性有怎样的帮助。
当你沉浸在工作的细节中时，你可能难以保持客观的心态并且发现其中的漏洞，可以向同事测试你的论证，例如通过使用你做好的图表做一场演讲，然后询问他们你讲的是否合乎逻辑及能否使人信服。
选择一个合适的期刊
将你的论文投在最合适的期刊上能够节省很多精力并能更早的向世界展示你的研究结果。所谓的顶级期刊看重的是创新的、令人意外的发现，而其他的期刊可能对仔细、全面地分析重要的过程（例如，生物）更感兴趣。调查各种各样的期刊，看看你的文章最适合哪个。向同事以及这个领域中有作者、审稿人或者杂志编辑经验的人询问建议。把论文投到一个顶级期刊还是很诱人的，即使你的研究结果并不具有很高的创新性或能引起广泛的兴趣。但是如果你先把它发给一个合适的期刊而不是等待被顶级期刊拒绝，你可以节省时间并且减少因此而带来的不必要的困扰。
提交一篇高质量的论文
在你的读者（包括编辑和审稿人）的眼中，论文的质量直接反映出它背后的科学研究的质量。粗心的写作方法能破坏最细致的实验。因此在论文中要避免疏忽，特别是数据上的错误。检查并复查使所有的信息是一致的，图片和图表所表达的要和你写的它们表达的意思一样。此外，图表是传达你的内容的最好方法，所以要让它们容易被理解。每个图表上应该标一个或几个相关点，它们能使整篇论文的所有重点容易被理解。把尽可能多的关于数据信息和实验情况的信息直接放在图表上。附图说明很重要，但最好是尽量让读者更少的来回参考。
不要忽略了格式。至关重要的是，论文的逻辑需要明确清晰，并且不包含拼写或语法错误。把你的论文给你最爱挑剔的朋友和同事看，认真听取他们的意见。同时，还要确保所有的作者都看到并已经批准提交论文。
帮助确保评审过程顺利进行
期刊可能是由专业编辑人员（例如《科学》，每年收到大约12000投稿），或者担任过一定时期编辑工作的专业学者管理的，这两种类型的编辑将论文发送给同行评审——工作于评估你论文的准确性、逻辑性和科学价值的科学家。一些期刊有初期筛选步骤（例如《科学》），在这步中不太可能通过审核过程的论文就会被拒绝。《科学》的编辑通过董事会审核编辑的建议做出初期筛选的决策，董事会审核编辑是由100多位科学工作者组成的团队。
通常这些编辑会利用大量的期刊的数据库以及在这个领域的知识储备从具有专业领域里知识水平的人选中选出更适合的审稿人。编辑很快就发现一个事实，一些科学家比其他人更适合当审稿人——他们更挑剔，更周密。审核过程在任何地方进行，时间可以从几天到几周。审查之后，编辑把所有收到的反馈信息作为参考，来决定发表的论文。和评审的知识水平及他们做出评价的背景一样，期刊编辑的目标（有时期刊决定对某些领域感兴趣或减少兴趣）也是一个决定因素。
你可以通过提供一封说明信帮助评审过程顺利进行，说明信要以明了的语言、简单的方式写出论文的整体逻辑使他们明白论文的重要性及主要内容。如果编辑和评审还有其他要列入考虑的特殊要求，包括说明信里的这些内容，还可能有你自己的可用性信息、其他期刊上正在审核的相关着作（你的实验室或别的实验室的）、或者是致力于同样问题的其他科学家的名字，所以在审查你的论文的时候可能会有利益冲突。你的列表要简短，否则编辑就不得不忽略它或者不能获得有意义的信息。如果有必要的话，找几个审核被拒绝的人，询问一下被拒绝原因。
所有不包含在论文主体部分的相关数据必须让审稿人可以清楚地看到，可以做一个附录或者通过一个公开可用的数据库展现给他们。
积极的并有建设性的回应评审的问题
好消息：你的论文要在期刊上发表了！但是，只有极少数情况下评审会不经过校正就接受你的论文。新实验（通常是那些可以在几周内完成的实验）通常会在他们要求校正的范围里。《科学》的编辑经常会给作者大量的关于如何校正论文的建议。
要记住，编辑和审稿人对你的论文是感兴趣的，他们想看到它的改进和发表。如果你把评审提供的建议设想为有建设性的批评，那么你的论文被接受的几率就会增加。做所有可能的尝试来顺从他们的要求，包括进行多余的实验，即使你认为它们是不必要的。当然，有时候审稿人的要求是有误导性的或者依据了有误的推论，在这些情况下，特别是如果你已经同意处理其余的评审的评论的时候，编辑可能愿意考虑一个合理的措辞，说那个要求不需要被满足就可以接受你的论文。
当你把修正好的论文寄回给期刊的时候，你要详细的、逐点的解释你是如何处理每一个审稿人的评论的。记住，编辑可能会把你的回复寄给评审，所以如果你拒绝处理某个评论，要仔细地写出你的依据，并且不能有所冒犯。
要尊敬的对待审稿人的评论和动机。对审稿人进行人身攻击或者对评论进行品评不是好主意。同样，对编辑要礼貌，如果编辑心情愉快的话，他会是最愿意和你一起工作的人。
如何处理被拒绝
尽管你已经尽了最大努力，还是收到了你选择的期刊寄回的拒绝信，这并不意味着你的论文就是不好的。在《科学》期刊，我们需要拒绝90%以上的寄来的论文。
被拒是令人沮丧的，但往往明智的是至少在24小时之内想出自己的下一步。向编辑发一封有愤怒情感的邮件说明期刊的筛选过程为什么不公平又有偏见可不是个好主意。如果经过慎重的考虑之后，你认为有误解或有错误，一些期刊会允许申请复议，通常需要以一封清晰的信或者短消息的形式来解释你的观点，有些编辑可能愿意电话交流。
在大多数情况下，最好的并且最有效的办法是迅速重新评估你选择的期刊，修正在审查过程中可能会被指出的任何弱点，给你第二次选择的期刊重定论文格式，然后把它发送出去。大约70%被《科学》拒绝的论文最终被发表在别的地方。即使提交的论文最终被拒绝，这也是磨练你的写作和编辑技能的一个机会。
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