由于SCI收录并统计了期刊和论文的被引证资料，因而其在具备其他专业性检索系统所具有的文献检索功能以外，还绝无仅有地具备期刊和论文的影响力评估、科研绩效评价等功能。
目前，SCI的应用方面大致有：
(1)用于比较不同国家的科研能力及全面评价某个国家的科研状况
由于ISI 建立的数据库具有学科全面、学术影响大、覆盖的国家广泛等特点，因而被其收录检索的期刊和论文常被称作国际主流期刊(Mainstream journals)和国际主流科学(Mainstream science)。国际上的科学计量机构及国际性组织在对国家或科研机构的科研能力及绩效评估工作中，常用ISI 的数据库作为统计源。
(2)作为图书馆管理员进行期刊订购和剔旧的参考
大量的文献计量学研究结果表明，相对较小量的期刊发表了大量的科学研究成果，对于所有学科来说，全部的核心期刊皆存在于约2000种期刊中。例如，2006年JCR收录的6165种科技期刊中，发表论文数处前10%的期刊(617种)占总发表论文数的45.3%，被引频次处前10%的期刊占总被引频次的66.3%。
ISI每年发布的JCR将收录的所有期刊分为约160个研究领域，并将每个领域的期刊按影响因子的大小排序，从而使得不同学科的图书馆可以很方便地利用有限的资金征订相对重要的刊物。Garfield博士甚至推算，大约500种期刊即可满足发展中国家的综合性图书馆的基本需要。
(3)帮助科研人员选择阅读和投稿的相关专业性期刊
由于期刊的影响因子和被引频次的大小最直接地表征了期刊的被利用程度(影响力)、显示度及潜在的读者数，因此，科研人员可根据这些引证指标来有效地选择自己用来收藏和经常阅读的期刊，以确保及时地了解所从事领域的主要研究进展。此外，作者也可根据自己的稿件内容和期刊的引证指标来权衡投稿方向，使自己的稿件在最合适的期刊上得到发表，并在同行中得到有效地交流。
(4)用于定量地分析特定期刊的读者群分布及与其他期刊间的关系
同样，期刊编辑和编委可通过期刊的各项引证指标及期刊的自引、他引情况，分析相关期刊的学术地位、读者群的学科分布、与其他同类期刊间的关系，等等。
统计分析表明，不同学科期刊的影响因子和总被引频次差别很大，这一方面与不同学科的引证行为(如论文中参考文献数目、论文被引半衰期等)有关，另一方面也与不同领域研究群体和相关期刊数目的大小密切相关。
(5)用于分析、追踪热点研究领域、判断科学发展的宏观态势
由于SCI不仅检索、收录了不同学科的研究论文，同时也详尽地检索、统计了这些论文的被引用情况，这就使得科研人员、政府的科技决策部门和科学基金资助部门可以较方便地通过论文的产出及引证状况来追踪特定研究领域的国际研究热点，并进而由论文的产出及引证的演变来预测相关学科的发展趋势。
基于SCI文章有着以上的重要作用，所以我们在选题的时候也应该结合这些作用进行考虑。故而，SCI选题的时候我们需要做好：
1、选题确定之前，要查阅文献资料。目的在于了解本学科的研究历史与现状，明确在本学科中过去已经进行了哪些研究，有什么成果;了解本学科的研究现状，以便弄清现阶段的研究达到了什么程度，以及哪些问题尚未得到解决。
为此就要到图书馆查阅有关的报刊目录索引、专题目录索引以及年鉴等工具书。另外，还要做文献目录卡片。这种卡片可以先从最近发表的新的文献资料调查开始，按年一项项写出来。卡片的写法是，记上作者、标题、杂志名、页码。若是单行本，要写上出版单位，报纸要写上发行的年月日。
2、发挥想象力进行积极的思考。在查阅文献资料、做目录卡和对目录卡进行分类整理的过程中，大脑的思维就已经开始工作。论文作者应该充分运用自己的思考力(分析、综合、演绎、归纳、分类、组合、加减、反逆、类推等等)，对文献资料进行积极的加工，这是一种创造性的想象，缺少它就得不到新的题目。
在阅读资料、进行思考的同时，既要注意资料的记录，更要注意思考的记录，尤其是对突然来临、转瞬即逝的灵感的记录。
3、借助工具选题：
①查阅有关领域的检索工具，这些工具各高校都有;
②了解SCI收录期刊所反映的科技动态，ISI期刊信息可从http://www.isinet.com查 获，也可从SCI印刷版每期A、D分册的来源出版物目录(Lists of Source Publications)查找，还可从ISI引用期刊报 告 (Journal Citation Reports，简称JCR)了解期刊信息，该文献有印刷版、网络版(JCR on the Web)和光盘 版 (JCR on CD-ROM);
③利用ISI提供的选题工具，如能对正在开展的工作进行分析以保证用户科学研究同科学发展趋势一致 (Essential Science Indicators)，介绍有关最杰出人物研究状况、有关领域研究热点和发展趋向的 (ISI Highly Cited.com);
④利用网上数据库了解国际学术研究动态及有关资料。只要有心参与国际学术竞争，选择与国际学术研究接轨的 课题并不存在难以克服的障碍。
4、课题选择和国际接轨
SCI论文期刊以国际期刊为主，想在国际核心期刊发表文献，就必须了解国际研究动态，选择与国际学术研究合拍的课题。由于多方面因素的影响，我国科学研究选题与国际先进水平还有一定距离。我国一家权威科研机构不久前在国内挑选了许多前沿领域的研究课题，准备参与国际合作，但到美国后发现近三分之二的课题已经不属前沿，在美国很少有人研究。
5、课题要有可发展性
课题可发展性对高水平论文的持续产出具有极大作用。中国科技大学范洪义另辟蹊径，发展了诺贝尔奖得主狄拉克(Dirac)奠定的量子论的符号法，系统地建立了“有序算符内的积分理论”，1998年有24篇论文被SCI收录;他对自己论文高产的解释是，研究“具有开创性，突破一点以后就可以向纵深发展，使研究工作自成系列、成面成片”。
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