SCI论文投稿过程中，收到Major或Reject的意见，该怎么回复才能顺利通过？
如果Editor给你的综合意见不是Reject而是Major，那就说明大体上还是认可你的文章。所以，只要认真分析审稿人的意见和ta的提问意图，精准修改，还是有很大机会接收的。据我统计我看过的几百篇稿件，80%都有至少一个Major的意见，那些全都是Minor或Accept意见的反而不多。
当然，Major的具体意见也分很多种。下面我就来总结一下，Major或Reject的意见都有哪几种，该怎么有效回复：
1 质疑实验没有创新性或创新性不够
这是论文的重点，也是reviewer最看重的问题。就是对领域进展有没有贡献。
比如一个多中心的临床样本分析结果。Reviewer质疑样本量太少，并且往年这样的文章有很多，样本量也比你多，本实验没有提供什么新的信息。那你可以从：1，首先你的研究肯定是最新的，提供了最近年份的流行信息；2 你的是多中心的样本分析，覆盖地域更广；3 多做一点生信分析，探讨一下变化趋势。总之，一定一定要提炼出1-2点创新性。但是，也不要过于夸大，加一些for the first time/ novel这种强行拔高，引来审稿人的第二轮质疑。此外，创新性是一篇论文的重中之重，我们在Introduction/ Discussion/ Abstract中都要点出来。不要等着审稿人给你总结或者在peer review中质疑你。
2 质疑实验的合理性
实验设计不合理，结论站不住脚。如果确实是硬伤，绕不过去，那就果断补充Reviewer要求的实验，增加说服力。大段的回复解释没有用。
要求补充某个实验，加个对照，能加就一定要加。如果实在实验条件所限，做不了。那就实话实说。同时，表明在现有的条件下，我们也很好的证明了结论。并在Discussion中加上关于limitation的文字。一定不要绕过去不解释，或者顾左言他。
如果是跟实验结论不太相关的实验。比如你做信号通路相关的分子机制，做了体外实验，很好的进行了论证。审稿人建议你补充体内实验。你觉得已经很充分的说明了问题。但是，咱也不要跟审稿人硬刚，委婉一点。先感谢审稿人的helpful comment。然后说我们下一步的实验计划会在体内进行验证。最后稍微提一下，本文的意图是聚焦于分子机制。
千万不要觉得有道理，上来就怼审稿人。我们看过好多活生生的例子。作者直接一句“本文聚焦xxx，因此不需要体内实验。”硬邦邦回给审稿人。结果审稿人也很刚，二审又一个Major判给你，非得要你补这个实验。这种就很没有必要啊。本来稿件质量还不错，很快就能接收定稿的。作者跟审稿人这么battle，一来二回，时间又耽误了好几个月，最后还有可能被拒稿。咱们的目的是顺利把文章发了。语气礼貌，适当卖个惨博同情，最后谦卑表达观点。审稿人都是本领域的，一看就明白怎么回事。
对你的具体实验方法、实验过程的单方面疑问。如果只是reviewer单方面的疑问，而不是实验方法有纰漏，这种只要你回答清楚了，且言之有理，一般审稿人看了就会给过。其实审稿也是作者和审稿专家之间的学术探讨和交流。既然审稿人愿意审稿，TA无疑是对你的研究是感兴趣的。而且，审稿人和你的领域可能不会完全契合。审稿过程中的探讨和交流也很常见。作者还是要保持礼貌，有礼有节的回复。不要觉得审稿人怎么像个外行，问这么low的问题。不愿意回复或者语气傲慢。
比如某个实验，你用的条件和已发表的文献都不一样。审稿人就开始质疑了，这个条件的使用是你随意更改的还是经过测试或是有原因的？更改条件后，会引发细胞的连锁反应，得到的结果和别人对比，还是不是可信？
那么在回复信里，你需要给出可信服的理由。首先，这篇文献我们肯定是参考过了，对于本实验，我们使用之前文献的条件会导致xx的负面结果，所以我们进行了优化。而调整到文中的条件会有什么优点。综合考量，我们选用了当前的实验条件。
这样一段分析下来，审稿人基本不会再有意见了。
3 笼统的意见
比如论文创新性不够，写作太差，实验没有合理性等等。但是，又没有给你具体指出来，该改哪里。很多同学对待这类意见很迷茫，不知道该从哪下手改。
确实，这样的意见不太好改。一般是审稿人看了你的论文方方面面感觉都很不好。包括语言读起来磕磕巴巴不顺畅；逻辑不清晰；图表设计有缺陷等等。如果要每一个都具体指出来，要花很多时间，而TA时间有限，所以没有给你点对点指出来。
对作者来说，那就每个方面都针对性改一下，同时具体回复。We have revised the manuscript thoroughly according to the reviewer’s comments. Firstly, the novelty of the study has been highlighted in the Introduction and Discussion section, please see highlighted parts in page xx line xx. Second, the English writing has been thoroughly improved by a native speaker. Third, we supplemented xx and xx to better demonstrate the mechanism of xx. Please see Figure xx and Figure xx.
这样一套下来，让reviewer看到，你是花了很大功夫认真在修改，且整个论文的质量相比初稿有了很大提升。复审的时候，怎么都不会给你Reject。一般就是给个小修，提几点好改的意见，或者直接接收。
4 有失偏颇的意见。
审稿人对你的文章理解错误，或对背景不熟悉，给出了错误的意见。这种也可以理解，毕竟实验的细节很多而reviewer时间有限，或者ta不是你这个领域的。
比如 The author claimed that xx were not uncovered in previous studies. However, xx were shown in the paper by xx. (作者声称之前的研究没有报道过xx，实际上xx作者之前发表过的文献xx已经证明了xx，作者需要仔细分析并和之前的研究对比，表明你的研究的新的进展和不同之处。)
实际情况是之前的实验是在不同的细胞系中做的，且只验证了某一个因子。而本研究则在另外两个细胞系中展开，更符合生理条件，且我们验证了多个因子的功能。
回复信还是先感谢审稿人的建议。然后把以上情况说明。最后根据审稿人的建议，我们在Discussion中补充了xx对比分析，见page xx line xx。这样复审的时候，审稿人一看，是我理解有偏差，而且作者还听从了我的建议，补充了对比讨论。这样的作者，我还有什么可挑剔的呢？
千万不要一上来就回复We don’t agree with you。虽然Response letter是给你机会跟审稿人argue的。但是咱们要注意语气态度放在第一位，理由排第二。
总结一下，本文主要总结了Major和Reject的审稿结果中，主要的几类意见。包括：
1 质疑论文创新性；
2 质疑实验和结果的合理性；
3 笼统的意见；
4 有失偏颇的意见。
同时，还详细提供了各种意见该怎么回复，帮助大家从容应对各种棘手的peer review意见，助力论文顺利发表。
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