实用！南京农业大学张绍铃团队构建梨多组学数据库PearMODB

梨（Pyrus）是我国第三大果树，因其多汁、美味且具有清心润肺、止咳平喘等功效深受消费者喜爱。中国是梨的原生中心，分布有丰富的梨种质资源，我国的梨栽培面积和产量均位居世界第一。近年来，随着基因组测序技术的快速发展，梨研究领域积累了大量基因组、转录组、表观基因组和群体重测序等多组学数据。建立综合性数据库平台，整合并高效挖掘梨多组学数据将极大促进梨基因组学、遗传学和育种研究。

2023年7月，国际数据库领域知名期刊Database在线发表了南京农业大学张绍铃团队题为“PearMODB: a multiomics database for pear (Pyrus) genomics, genetics and breeding study”的研究论文，报道了梨多组学数据库PearMODB（http://pearomics.njau.edu.cn），该数据库整合了7个已发表的梨基因组、296份梨转录组、113份梨种质的群体变异数据和不同组织的DNA甲基化数据，开发了多样化在线分析工具，包括基因序列检索、多维基因组信息浏览、BLAST比对、基因时空表达图谱、基因家族分析、共线性分析等，提供重复基因、功能注释、转录表达谱等多种类型数据下载服务。

此外，该研究首次对梨基因组中的生物合成基因簇（Biosynthetic gene clusters，BGCs）进行了系统鉴定和分析，并在PearMODB建立了专门化的BGCs检索和可视化页面，以期为梨次生代谢及重要功能性物质研究提供参考。该数据库的建立将为梨基因组学、功能基因筛选和遗传育种等研究提供重要数据平台。

南京农业大学已毕业硕士研究生胡健为论文第一作者，乔鑫副教授和张绍铃教授为该论文的共同通讯作者。殷豪副教授、齐开杰高级实验师、谢智华高级实验师以及研究生黄百莎、吴玛艳、李弘翔、李琼厚等多位师生参与了该工作。该工作得到国家重点研发计划（2022YFF1003100-02）、国家自然科学基金（32172511, 31830081）、江苏省种业振兴计划（JBGS(2021)022）等项目资助。

转自：“iPlants”微信公众号

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