科研的目的到底是为了什么，是为了发文章吗。其实发文章只是评估科研工作的指标之一而已。只要你身处科研中，大都需要文章。
而文章，怎么才能好发一点？或者说如何提高课题设计思路的水平呢？大多文章，除了研究分子富有创新性之外，机制的深度决定了该课题的深度。
1：高分文章
高分文章，机制必须是直接互作。在一个研究领域，首次发现了一个新的功能基因（一般是在动物模型上发现），去探讨，这个基因发挥功能下游是怎样的（直接互作下游）。
还可以往上游走，在一个领域中，是谁调控了他。举例说明：P53作为转录因子，下游调控基因有很多，基本上都是高分文章。那么P53的上游，调控他的基因，基本上是CNS的level了。
所以，看看CNS，别人在研究什么，我们借鉴来，用到我们自己的课题设计上。其实，不少人在这么做。但，走偏了，或者说借鉴思考程度太低，模仿重复的概率贼大。
人家发了nature，做的是乳腺癌。OK，我拿来到肺癌上做做。这种移植研究，从高水平的角度来说，不是借鉴。那应该怎么做呢。跟大牛们学，找这个基因A的相关基因B。找到新的基因B，分两类，这两类都可以作为高水平研究的目标。
1、在研究的功能领域是首次发现，这是OK的。这也是很多人所期望的。B基因跟A基因的关系，在这一类中，可以是直接关系，这是最好的，也可以是间接关系。获得间接关系的B（其实就是相关性的B基因），相对而言容易些。
2、在研究的功能领域，B基因报道过。这个时候，如果B与A的关系是直接的，也就是创新性在于这两者间的直接互作，这也是可以的。但如果是间接的，就不太好了。
2：具体思路
假设，A基因在乳腺癌中已发表nature。现在需要找个B基因，作为我们肺癌课题研究的目的基因（仅举例，疾病均通用）。
一、A基因在肺癌中是否为功能基因
在肺癌细胞中，重复乳腺癌的功能实验。如果OK，再往下。
二、A基因在肺癌中的直接相关基因
已知一个基因，寻找直接互作基因。这个方案其实一直以来都是大牛们在探索的。
1、酵母双杂交。
2、哺乳动物双杂交系统。
3、IP-MS。
4。。。。。。
这里的方法，没有一个是公认最保险的，只能去试。试出来的基因还要往下走。这里试出来的基因list设为list A。
三、list A基因功能筛选
这个环节，由于list A会有不少基因。传统上是一个基因一个基因去尝试。现在呢，有高通量功能筛选方法了。
这一步获得有功能的与A基因存在直接互作的B基因。
四、B基因与研究问题的相关性
假设为肺癌研究了，所以，就看看B基因在肺癌中的临床相关性。这里是风险所在，很可能B基因没有临床相关性。那就草草了事，发小文章了。
上述4步完成，获得与A基因存在直接互作，具有临床相关性及功能的B基因。顺便说一下，B基因的课题，机制上可以把A和B的直接互作作为机制。看看A和B互作，为什么会互作（研究透本身就是创新点）。
3：思路plus
在list A出来后，去做功能，有功能的B不一定具备临床相关性。所以，出现了plus思路。
步骤一和二与前面一样，获得与A存在直接互作的list A。
三、相关性基因筛选
拿肺癌，癌和癌旁寻找差异基因。获得list B。
四、功能筛选
List A和list B进行分析，取交集。获list C。List C去进行功能筛选。这样，出来的基因就具备，临床相关性，功能及与A的直接互作关系。
plus思路，看上去比原思路要保险。但其实还是有风险的。list A和list B不一定存在交集。需要看获得list B是用什么方法。比如，如果是用测序的话，那么list B就不一定和list A存在交集了。如果是用芯片的话，如果A是激酶，B是底物，那么这个底物，也一定在芯片的list B中出现。这里面要考虑的要素有很多，想成功，真不能大意。需要每一步都要考虑严谨。
4：灵活借鉴
运用到生信课题设计，生信除非分析的芯片数据是直接作用而来的，否则绝大部分只能停留在“相关性分析”的层次。可借鉴的点：
1）已知CNS研究A基因，我们去寻找A相关的B基因们，作为可研究对象list A【可研究的单基因靶标】。
2）list A功能筛选——保证B基因有临床相关性，筛选出来的作为list B【有临床意义的单基因靶标】。
3）list B与疾病差异基因取交集，作为list C【差异基因+有临床意义靶标】——这样可以筛选出目标单基因并进行初步可行性分析了。剩下就是对目标单基因展开全面多组学分析，注意：机制的深度决定了该课题的深度。
小结：生信这门技能，科研的应用越来越广！而越年轻的时候，能否有一些SCI打基础，对未来的发展差别还是很明显的，越早做打算越好，预计还有2年时间，需要SCI的早点学起来~
转自：科研指导
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