文献收集的目的是了解这些文献对论文的选题有无关联和帮助。
由于我们在选择课题之前对相关问题的研究状况并不熟悉，所以在收集资料时我们一般会采取宜粗不宜细、广种薄收的策略，使用一些简单的内部特征，如关键词等检索，来获取大量的文献材料。这样收集资料时其查全率较高，但查准率又低。进一步地，为了将这些文献材料应用于论文写作，我们还需要进行研究分析，以及辨别这些文献的可靠性，从而弄清文献材料与论文选题之间的关联度。显然，这是一个去粗取精、去伪存真的过程，能够帮助我们对课题更加深刻地理解。
一、资料整理和阅读（如何归类及阅读的方法）
归类阅读是科研学者们在收集文献资料时一个重要的步骤，旨在将主题相近的文献放在同一类中，以利于后续深入理解及比较分析。此外，这种阅读方式也有助于建立起快速了解特定主题研究现状，将类似文章的观点、方法、结论归纳并进行比较，从而迅速形成自己的观点，并将之融入自身的学术积累当中。
文献阅读有助于科研学者对于自己选题的研究水平有较深入的了解。阅读既可以确认已解决的问题，也可以发觉存在争议的问题，以及有可能开拓的未被发掘的领域。此外，它还提供了一定的启发，可以指导学者完成自己的研究工作，并最终撰写出优质的论文。因此，文献阅读对完成优秀论文具有重要的意义。
时间和精力有限，提高阅读效率是每个科研学者都面临的挑战。若提高阅读效率，则需要重点审阅文献的论点、事实、数据、理论论据、研究角度或论证方法等内容，以便对自身所研究的课题予以深入分析。同时，对于与自己所研究课题关联度较小的部分，可以进行较为简单的阅读，或可以选择直接舍弃。
问题导向阅读法在阅读过程中，采取“问题导向”的阅读方法，可以让我们的阅读更加有指导性和目的性。所谓“问题导向”，即在阅读前，根据我们所想解决的问题，结合文章的结构，确定阅读目标，从“设疑”到“求疑”，实现从思考到探究的过程，从而激发创造的活力。这样的阅读方式能够事半功倍，效果显著，具有良好的实用价值。
如同肖伯纳所说，许多学者准备论文时，会感觉自己的头脑空空，无从下手，因为别人的知识结构已取代了他们的思维结构。对于要准备论文的学者而言，总是会感觉自己头脑空空，想法不突出，正如肖伯纳所言，“别人的想法在头脑中不断跳跃”，导致他们的思维模式被第三方的知识结构取代。
问题导向的阅读——掌握批判型思维习惯科研学者应具备良好的批判型思维习惯，以便进行更有效的科研活动。在1927年，顾颉刚先生在厦门青年会作了《怎样读书》的演讲，介绍他的问题导向的阅读方法：“我们的读书，是要借书本的记载寻出一条求知的路，而不是要让书本来管束我们的思想。故此，读书的时候，要随处怀疑，即要用自己的思想去批评它。只要敢于批评，就可分出哪一句话是对的，哪一句话是错的，哪一句话是可以留待商量的。”因此，阅读时积极思考、不断追问，将发现、想法记录下来有助于培养自身发现问题的能力及判断问题的能力。
有了可疑之处，就应深究。唯其如此，才不致人云亦云。
有人将深层阅读过程归结为读、思、记三个字，这个描述非常恰当。仅仅读本身是收获有限的，只有不断思考，才能够真正提升自己的学习收获；另外，若不将自己的思考记录下来，随着时间的推移，思想的淡忘很容易发生。科研工作在某种程度上也需要灵感，而记录是将这种灵感转换成创新的有效方式。将读、思、记这三者相结合，一次性解决问题，故称为“一次综合法”。
二、材料的运用（参考文献的运用）
经过费尽心思的搜索、整理、阅读、思考、消化和吸收，大部分收集到的文献资料将会被抛弃，而留下来的就可以用于论文中的参考和引用。这些文献将被纳入论文的参考文献列表中，被称为参考文献。
对这些参考文献，作为一位科研学者，我们需要结合自己的研究方向，仔细解读他们的论点和方法、实验及数据、理论依据与结论，将它们吸收、融会贯通，变成我们自己的知识积累与学术成果。这个过程其实也是构思论文的过程。在阅读参考文献的时候，我们需要发问：为什么是这样而不是那样？优点和缺点分别是什么？在方法、论证、结论等方面有无改进的可能？可提出的改进思路是什么？还有没有遗漏的研究内容？如果我们对参考文献中的内容有了疑问，就需要深入研究：比如，感觉可能存在的公式错误，则需要根据作者的思路，重新推导一遍；若是实验和数据有疑问，则可以按作者提供的实验设计，重新实验一遍。在完成这个过程后，我们对自己选题的理解将得到深入，并有可能细化修正选题；而且，论文的主题、重点、组织方式、切入点、证据采用以及结论基本已经构思出来，实现了论文的初步构思。
参考文献的运用应该遵守一些基本原则，例如真实性原则、准确性原则、创新性原则、简洁精确原则、避免孤立原则等。此处就不再详述。
需要说明一点：参考文献并非越多越好。太多的资料会增加阅读和理解的难度，以及利用费时费力；另一方面，繁多的资料也会使论文的主题混淆、头绪模糊，难以把握重点，甚至会出现材料堆砌的错误。可以说，参考文献不能太多，也不能太少，要保证材料的代表性，足以支撑作者的观点。
学位论文需要考核作者文献阅读情况，因此通常有相对规定的参考文献数量，如博士学位论文推荐200篇左右，硕士学位论文50~100篇，学士学位论文或毕业论文20~50篇。不过，这一参考文献数量标准取决于不同学校的规定，学术论文则没有这样的要求，而取决于题目的类型及专业，例如偏向理论的论文参考文献多于应用型；社会科学论文比自然科学论文多；综述型论文比一般论文多，等等。
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