首先是修改地方的标识。文字部分比较简单，word里面可以加彩色标识，LaTeX可以用easyReview这个package里面的highlight功能来标注颜色。图片我一般不标记，只标记图片的标题，所以我觉得你可以不用纠结图片的标记。删掉的图片我也不会特地在正文中写一个注释，说我把Figure. *删掉了。关于图片的更改的说明，一般会出现在response letter里面，例如根据审稿人的意见，我更新/删除了图1。
其次是回复审稿人意见。具体来说，我遇到过的意见可以分为五类。对于每一类情况，又有一些具体的评语，我也试图给出了一些应对的建议。你可以根据自己收到的意见对号入座。
（1）创新性不足
审稿人可能会用以下说法：
你与别人方法差异不大：承认大方向上的相似，如果跟审稿人死磕，很可能会遇到十分较真的审稿人；指出区别之处，强调自己方法中的优点；指出论文其他方面的贡献。
你用的是简单的方法A+B的组合：澄清不是简单的组合，而是结合了自己的观察，背后有合理之处;强调方法的其他优点；用其他审稿人的意见加以佐证，例如其他审稿人认可我在方法上的贡献。
会议版本的Extension不够：明确列出你在会议论文版本的基础上，又补充了什么内容，例如新的实验，更多的证明等。
（2）描述错误
陈述有问题：如果审稿人言之有理：大胆承认并改正错误；如果审稿人理解错误：大胆指出审稿人理解错误的地方，并澄清错误，同时在论文中做出相应调整，以避免其他读者也理解错误。
假设不合理：联系实际应用的场景来说明实验假设的合理之处；分析在实际应用过程中，假设不成立的时候，效果会如何
（3）效果不明显
这也是一个很常见的情况，也许你的方法确实相比之前的方法有提升，但审稿人还不满意，觉得提升非常有限。那么你可以解释效果提升不明显的原因，例如没有用到别的方法拥有的额外信息等；或者是指出自己的方法在提升性能的同时带来的其他好处，例如轻量级、速度快等。不要纠结在性能提升究竟是很大还是很小这个点上跟审稿人死磕。
也有可能大家在复现前人方法的时候得到的结果不如前人的论文写得那么好，审稿人可能会对此有疑问，那么可以指出不同方法设置不同之处，例如模型的训练参数等；实验细节的不公平之处，例如图像的分辨率，实现的框架等。
最后针对审稿人对于方法的怀疑，还可以进一步讨论后续继续改进算法、模型的思路等，例如受限制于目前的计算设备，我们没有尝试***，但是我们认为加上更多的数据/更先进的设备（联系money is all you need哈哈），我们的方法会有更加明显的优势。
（4）实验不充分
审稿人可能会质疑你的实验部分明明还可以补充更多的情况。
如果你可以补充实验：尽量补充实验，例如参数选择实验、不同设置的评估、不同方法的比较、不同数据集上的验证等。然后在正文和回复意见中更新新的结果。
如果你难以补充实验：在回复意见中解释清楚原因，例如原始数据无法获取、硬件要求过高、时间不够、实验要求不合理等。
（5）细节问题
语法和结构：逐条修改，哪怕审稿人给出的修改意见细枝末节，也建议照改不误。
参考文献遗漏：该加就加，我们也不用考虑是不是审稿人给自己“夹私货”，让我们引用他自己的论文，我觉得确实是相关的研究就可以加上；如果确实是完全不相关的“私货”，如何跟Editor-in-Chief申诉，可以等有经验的小伙伴来给大家介绍下。
之前自己也写过一些回复意见，也在审稿的过程中看到别的作者写的回复意见，但具体内容不太适合给大家举例，那最后分享一个公开的回复模板：
先是总体回复：
Dear editor and reviewers,
Thank you very much for reviewing our manuscript xxx and giving very valuable comments.
During the past days, we have considered these comments carefully, and highlighted the corresponding modifications in the revised manuscript with yellow background.
Once again, many thanks for considering possible publication of our manuscript.
然后是逐条回复：
Review 1
Comment 1: xxx
Response: xxx
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