一：审稿意见
期刊可能会对如何写审稿意见给出指南性要求，例如设定一些指标档次，要求审稿人勾选，并要求审稿人在给定的空白栏书写一份评价。另一种情况是审稿人自己发挥，书写一份审稿意见。
乌什马·尼尔（Ushma S. Neill，2009）针对一个方向的论文给出了如何写审稿意见的详尽描述和举例。本文摘要中的第一段话——期刊编辑要成功处理一份稿件，有几件事是最重要的：收到的是一份写得好、新颖的手稿，遇到的是一位知情、公正的编辑，找到的同行审稿人会写出建设性意见——便是乌斯玛·尼尔在该文中指出的。
这里仅对第二种情况，介绍艾伦·迈尔（Alan Meier,1992）建议的标准化审稿意见（目前，常见的审稿意见便是这种形式）。
审稿意见一般会包含6个部分的内容，这六部分内容分别是：1 稿件信息，2 简介，3 论文的优点，4 重点评论，5 次要意见，6 推荐意见。
标准的审稿意见一般按顺序给出这六部分内容。下面介绍包含六部分内容的审稿意见标准形式。
第1条：稿件信息（Title and author of paper）
审稿意见的抬头是稿件的标题和作者，作者太多时可以只给出第一作者（加上“等”，“et al.”）。也可以加上稿件编号。
稿件的这些信息在收到审稿邀请时一般会提供，因此不需要自己录入，从邮件中复制粘贴即可。
有的审稿人会在稿件信息前加上"Comments on"或者“Referee‘s comments on”或者“Review‘s comments on”之类的短语。
第2条：简介（Summary of paper）
在简介中指出作者考虑了什么问题，做了哪些工作，报道了什么内容。
在简介中，对论文的优缺点不做评价。简介为进行具体评论提供对象或进行铺垫。
第3条：给出论文的优点（Good things about the paper)
从论文涉及的问题的重要性、论文的观点、采用的方法、得到的结果、对结果的解释、给出的结论、成果的价值和论文的写作等几个方面，遴选出值得称赞的地方，借此说明论文有什么值得肯定的优点。如果认为优点不突出，这一条也可以不写。
指出论文有优点会让作者感觉愉快，即使最后的意见以负面为主，也有利于缓和作者与审稿人的关系。
第4条：重点问题（Major comments）
在重点问题（main remarks，major points）中，一般先用几句话概述论文有什么重要不足，用明确的语言告诉作者需要如何面对这些问题。
接下来按条目给出具体意见。条目顺序一般遵循所指出的问题在论文中出现的前后顺序。如果一些问题与论文前后几个部分有相关性，则在最后一个相关部分对应的位置进行评论。
以下是写具体意见时可以参考的几个方面。
具体意见
1） 指出稿件中存在的主要不足并给出修改建议。从整体思路、分析深度、写作、假设、方法、结果、结论、图表、数据、数学符号与公式、文献引用和逻辑推理等找出可能的不足。
2） 指出一些不太清晰从而无法判断其价值或对错的描述，以便对一些要点的重要性或正确性进行进一步判断。
3）对作者本人没有意识到的稿件中的重要贡献进行赞扬性评价，以便作者在修改稿中用适当语言突出。
4）必要时，要求作者补充一些研究，以便提高论文的价值、弥补一个空缺或回答一些值得关注的问题。
5）指出稿件中可能存在的错误及其影响。
6）指出作者没有意识到的与现有文献或常识有冲突的结论或观点，要求作者补充文献，并提供解释。
第5条：次要问题（Minor comments）
次要问题（minor points）涉及写作风格、拼写、语法、图表质量、术语的解释、失误、交叉引用错误、漏引文献和表述方式等。
当次要问题对论文影响较大时，也可以放到主要问题中。
审稿人认为语言存在较多问题时，会建议在修稿时寻求语言专家帮助。
第6条：推荐意见（Recommendations）
最后一段给出推荐意见。有时，推荐意见不会发给作者，只发给主审编辑。
给主审编辑推荐意见示例（Ushma S. Neill，2009）
最终推荐意见当然是录用或拒稿（有时会客气地说成“改投它刊”）。但在前几轮审稿过程中，推荐意见一般有四类：
四类推荐意见
1） 直接录用。
2）做小修改后可以录用（this manuscript may be accepted after minor modification）。
3）重大修改（major revision or substantial revision）。对于这种情况，最终推荐意见还需要依赖修改稿做出。
4）拒稿（rejection）。
也有不少审稿意见将按自己的顺序书写，例如，把第2-4项揉在一起介绍。有的审稿意见一开始就给出推荐意见，往下的具体意见只是给推荐提供依据。
例如，乌什马·尼尔（Ushma S. Neill）建议把以上介绍的前两个部分合为一段，概述你认为的作者的假设是什么、他们的主要结果和得出的结论是什么。
尼尔认为这样写出的第一段很重要，因为它向我们展示了审稿人认为的主要进展，而不是作者自己可能认为的主要结论。 这使得编辑和作者能够了解到该领域的专家如何看待这篇论文。第一段不需要很长，最好以结论是否得到数据的支持以及是否需要重大或微小的修改来结束。
审稿意见第一段示例（Ushma S. Neill，2009）
二：审稿中的问题与真实审稿人
同行评阅有两个主要目的：第一是替期刊把关，帮助主审编辑筛选满足学术期刊质量要求的论文，第二是帮助作者提高论文水平，避免或减少由于认识不足或失误带来的错误。
1.审稿中存在的问题
对于第二个目的，一些审稿人往往忽略人的情感因素，站在匿名者的角度对论文的一些不足给予的评判带有令人难以接受的犀利言辞。
另外一个常见的不足是意见很模糊，没有清晰地指出问题所在和要求作者做什么，而是一种自言自语的评论。有的意见模糊到让作者不知道是否需要回应。
一个比较致命的情况是推荐意见不坚决，误导主审编辑，让作者经过旷日持久的多轮修改后才给出明确的拒稿意见。
审稿拖延时间、先答应审稿最后不回信也是审稿中常见的问题。
情况往往是这样：主审编辑发出审稿邀请时，潜在审稿人只是收到论文的标题和摘要，而不是全文，因此，审稿人往往需要凭摘要决定是否接受审稿邀请。
由于一些摘要不能清晰地反映论文的具体内容，因此可能会导致审稿人答应了审稿、但最后被派送全文后才知道无法评阅的情况。由于不少审稿人会在系统催审截止日期临近时才开始审稿，因此，当发现审阅该稿件不符合自己的知识结构时，已经耽误了一个审稿周期。
如果收到全文后，立即预览论文，就可以提前作出收回审稿承诺的决定，及时告知主审编辑这一情况，以便邀请别的审稿人。
约翰·格雷科（John Greco，2019）还指出了审稿中的一些其它问题。
2.审稿人的真实面目
然而，不要对审稿人有太多畏惧。大多数情况下，审稿人会积极和正面地面对一份稿件。作为作者，我们可以从伊丽莎白对审稿人的采访稿——科学采访稿|审稿人是如何审稿的 —— 了解到审稿人一般是如何面对审稿的。
这份采访稿邀请审稿专家回答了这样几个问题：
1）当你决定是否接受审查论文的邀请时，你会考虑什么？
2） 一旦你接受审查文章的邀请，你将如何处理这篇文章？
3）你如何着手起草审稿意见？你会签名吗？
4）你是什么时候和怎样决定你的推荐意见的？
5）你审查一篇文章要花多长时间？
6）对于那些对同行评审过程不熟悉的研究人员，你有什么进一步的建议？
从审稿专家们对这些问题的回答看，审稿人更多的是对作者和期刊采取了一种负责任的态度。例如，英国拉夫堡大学工作心理学高级讲师Eva Selenko在回答你是如何写推荐意见时答道：
以我的经验，大多数的论文要经过好几轮的修改，我才会推荐发表。一般来说，如果我能在稿件中看到原创性和新颖性，而且研究是以坚实的方式进行的，那么我就会给出“修改和重新提交”的建议，在建议中强调需要拓展什么分析。然而，如果被测试的机制不能真正提供新的知识，或者如果方法和研究设计的质量不足，那么我对稿件的希望就相当低了。我的评论的长度和内容一般与我的决定的结果无关。我通常在论文修改过程的第一轮写相当长的评论，这些评论往往会随着稿件质量的提高而缩短。
最后，伊丽莎白指出，良好的同行评审需要学科专业知识、敏锐而批判的眼光和得体与建设性的方法。年轻科学家随着专业知识的发展和有一定的知名度，他们越来越有可能收到审查研究论文稿件的邀请。这对科学界来说是一项重要的技能和服务，但学习审稿的道路极其艰难。为了撰写一篇好的评阅意见，需要掌握这一领域的专业知识、对研究方法有深入的了解、具备批判性的思维、具有提供公平和建设性反馈的能力，以及对作者收到评阅意见后会有什么感受高度敏感。
三、如何面对审稿意见
作者收到审稿意见后，如果是需要修改后再审，那么需要按审稿意见修改论文，并书写回应审稿人的答复函（reply letter to reviewer's comments）。
1. 如何答复审稿意见
不少作者认为只需要聚焦于修改论文，而会忽视答复函的质量及其对审稿人给最终推荐意见的可能影响。为了提高审稿人接受修改稿的概率，诺布尔（Noble WS）提出了修改稿件和书写答复函的十条规则：
答复审稿人的10条规则（诺布尔）
回复意见应包括两大部分，第一部分是概述（overwiew，or general reply），说明你整体上是如何修改的，第二部分是逐条回复。第一部分有助于综合所有审稿人的意见，让每位审稿人了解到还有哪些自己没有要求的修改。
礼貌并尊重所有审稿人，不要用不礼貌的言辞回应待审稿人的负面意见。
接纳审稿人对论文工作的指责，哪怕是审稿人没有搞清楚，也要反过来为自己没说清楚而道歉。
让回应自成一体，便于审稿人节省再审时间。对于每一条修改意见，指明你在修改稿中什么位置进行了修改，如何进行了修改，避免审稿人在修改稿中找来找去才能搞清楚你如何修改的。指明位置时，可以精确到第几页、第几段和第几行。
回答审稿人提出的每一条意见或评论，避免审稿人觉得你没有搭理他/她的某些意见。因此不能将几条意见合在一起回应，一石多鸟肯定会留下不好的印象。
在回复函中，使用不同排版方式来区分审稿人的意见、你的回应和你所做的修改。就是说，你可以逐条拷入审稿人意见（用一种字体），紧接着用另外的字体写下你的回应，以及你如何做的修改。
对于每条评论，在可能情况下直接先回应“是”与“否”，再说明你是如何修改的或不修改的原因。
尽可能按照审稿人要求去做，除非你能指出足够的理由。
指明修改稿相比于前一版本有什么变化，可以在上传的修改稿中，用标亮的方式标注被修改或添加的内容，并在回复函中说明有哪些重要变化。
最好两次书写答复意见。第一次是在修改论文前书写，用于指导修改论文。第二次是正式的，在准备上传修改稿时书写，在上传修改稿时提供。
第8条可能是这样的情况，审稿人要求你补充一些研究，而你认为没有必要，那么需要从科学层面解释为何没有必要。把经费不足、时间不够、学生赶毕业、自己要升职称和给基金等任务交差等当作你无法完成这些工作的理由，可能会让审稿人无法接受。
诺布尔法则的详细介绍见漫谈论文投稿之——征服审稿人之“诺布尔法则” 。
对一篇提交期刊发表的论文的同行评议做出良好的回应，是一种成熟的学术和知识外交礼仪行为。 校对服务机构Proof Reading Service 对此提供了一些建设性建议，以帮助作者制定一个专业和有效的回复，来答复审稿人，详细介绍见如何在提交期刊论文时回复同行评议意见。
2. 主审编辑的决定与拒稿
论文审稿的最终结果由主审编辑决定。主审编辑一般会邀请多名审稿人审阅论文，综合几位审稿人的意见和自己的判断来做出录用、修改或拒稿的决定。可能有两位审稿人建议录用或修改，一位建议拒稿，此时，如果主审编辑认为拒稿建议有道理，那么就会采纳拒稿建议。
以下10种情况可能会成为拒稿的理由：
拒稿的可能理由
1） 论文的主题没有意义
2） 结果和结论没有价值
3） 论文逻辑或写作不严谨
4） 存在重大原则性错误
5） 低水平工作
6） 基于陈旧方法的工作
7） 结果和结论不可靠
8） 论文内容与目标期刊不符
9） 论文工作质量与目标期刊的要求相距甚远
10）疑似有学术不端。
比较让作者难以接受的是，审稿人明显是出于认识不足或者有误解而作出拒稿建议。
如果主审编辑依据审稿人的建议作出了拒稿决议，那么一种方式是给主编写申诉信，另一种方式是按审稿意见改进稿件后再次投稿。
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