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如何查找某个基因在各肿瘤里面的突变表达情况?

2023/2/13 10:43:00  阅读:135 发布者:

还在用PUBMED一篇一篇查找某个基因在各种肿瘤中的突变?过时了!

今天给大家介绍一个数据库网站 cBioPortal,它供了研究分析癌症基因数据的可视化工具,无需编程,通过简单的筛选点击就能分析各种肿瘤中基因的突变以及表达情况。

1 首先我们打开如下网址:http://www.cbioportal.org/。可以勾选所有的肿瘤,也可以选择你关注的肿瘤。

2. 接下来输入你要查看的基因,你可以输入多个基因,多个基因之间用空格隔开。本文中输入RB,系统自动检测提示为RB1。然后点击“Submit

3. 稍等片刻,出来的结果中显示了150个肿瘤标本研究中的信息,可以看出在肺癌中接近80%的存在突变:

4. 还可以看突变的位点

5. 表达水平

上图中的不同颜色圆点代表的意思如下:

6. cBioProtal中还提供了一些其他工具,如Oncoprinter, 你可以根据自定的数据来展示信息

转自:“医学科研小坑”微信公众号

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