亚麻荠二倍体祖先Camelina neglecta高质量基因组测序助力亚麻荠属作物进化和遗传改良研究

Camelina neglecta是亚麻荠属（Camelina Crantz）的一个二倍体物种，该属包括了多用途的油料植物六倍体亚麻荠（Camelina sativa）。这些物种与拟南芥和经济上重要的芸苔属作物物种密切相关，使该属成为解剖重要农艺性状的有用平台，同时也为研究多倍体的进化提供了工具。

近日，Plant Biotechnology Journal期刊在线发表了题为“Sequencing of Camelina neglecta, a diploid progenitor of the hexaploid oilseed Camelina sativa”的文章，该研究证明了Camelina neglecta是六倍体亚麻荠的二倍体祖先。

Raju Chaudhary等人利用太平洋生物科学公司的长读测序技术和染色体构象捕获技术，获得了一个N50大小为29.1 Mb的高连续染色体水平的C. neglecta基因组序列。将其基因组与六倍体C. sativa的基因组进行比较，发现其与C. sativa的亚基因组1具有显著的一致性，两者之间只有一个主染色体重新排列。对预测的34061个基因的同义替换率分析表明，C. sativa的1个亚基因组中约有1.2 mya直接来自C. neglecta。

六倍体的基因具有较高的功能和发散性，这是由更多的独特的直系同源群和不同的相似抗性基因组成所证明的，这可能是在基因组合并后的一种即时适应策略。与二倍体C. neglecta相比，六倍体C. sativa亚基因组之间的基因片段没有基因组偏差，也完全没有减数分裂特异性基因的片段，证明了C. sativa的近多倍体身份。

本研究中组装的基因组将为进一步研究亚麻荠属基因组进化过程提供工具，同时也将为亚麻荠属作物改良中新变异的鉴定和开发提供工具。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/pbi.13968

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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